同时泰西传教士：利玛窦，在传播宗教的时候，还介绍了西方比较先进的科学技术知识，并把大明帝国的传统文化介绍到西方去，叫做（西学东渐）和〈东学西渐〉之事。
2月初6日，叶赫女真部东城贝勒：纳拉·纳林布禄，闻讯哈达女真部贝勒：纳拉·吴尔古代，继承了贝勒爷职位还得朝廷敕书，让叶赫女真部东城贝勒有些嫉妒。
随即联合了漠南蒙古诸部一起去劫掠哈达女真部，总共掠走敕书六十多道。
2月14日，湖广承宣布政使司武昌府百姓，得知官府派吏役抵达武昌府逮捕明湖广分巡佥事：冯应京，时相率痛哭，愤愤不平，为冯大人呼冤号屈。
因明湖广矿税监：陈奉，利用官职肆意压榨百姓，欺负民女，又残害婴儿，故此被明湖广分巡佥事举报，怎奈这位明湖广矿税监朝中有后台，无人敢动他。
故此明湖广矿税监四处派人，到大街小巷去公布明湖广分巡佥事的罪状，一时间就引起了士民们的公愤。
3月26日，百姓们集合数万人，群起包围陈奉的矿税监衙门，声言；誓必杀奉，吓得陈奉狼狈逃匿到楚亲王府避难，但愤怒的群众遂把其党十六人投入长江溺死。
同时又恨明湖广巡抚：支可大，为恶助虐，焚其湖广巡抚衙门，威逼支巡抚让他不敢出门。
直到冯应京坐着囚车出来劝解，群众们才慢慢离开，明湖广矿税监则在楚亲王府仪卫司、楚亲王府护卫指挥使司（武昌中护卫）的保护下一个多月不敢露面。
5月11日，明司礼监太监：孙隆，督税浙江承宣布政使司、南直隶驻扎在苏州府，任意横征暴敛，肆意增加苛捐杂税，致使广大机户关厂停产，织工失业。
6月初6日，苏州府织工：葛贤，毅然领导百姓进行反抗斗争，将孙隆的随员、明苏州府税官：黄建节，等六七人投入河中，又放火焚烧明南直隶矿监税官：汤莘，等人的住宅，还包围税监衙门，并要求停止征税，史称「苏州府民变」。
事后明神宗：朱翊钧，下令逮捕参加暴动者，葛贤视死如归，挺身而出，投案自首，舍己救人，被关下狱至万历四十一年才获释出狱。
9月10日，朝廷又起用了被罢免的前任明辽东总镇总兵兼宁远伯：李成梁，希望他能够扭转当时那恶劣的局势。
明辽东总镇总兵：李成梁，上任后依旧采用了，原来对付女真各部的分化瓦解政策，他利用了明建州右卫军民指挥使：爱新觉罗·舒尔哈齐，和他兄长的矛盾，大力拉拢他，对他恩礼有加，格外器重。
为此还让二子明贵州都指挥同知：李如柏，娶明建州右卫军民指挥使的二女儿：爱新觉罗·额恩哲，为妾并建立起亲家关系，从而孤立了明建州左卫军民指挥使：爱新觉罗·努尔哈赤（佟·努尔哈赤）达到建州女真八部的内乱局面。
10月15日，因明建极殿大学士：沈一贯，等一再疏请，明神宗终于同意册立明皇长子：朱常洛，为皇太子，同时还册封明皇三子：朱常洵，为福亲王、明皇五子：朱常浩，为瑞亲王、明皇六子：朱常润，为惠亲王、明皇七子：朱常瀛，为桂亲王，并颁诏布告天下。
10月28日，明皇太子：朱常洛，服黑色冕服九章加冠，明皇三子福亲王：朱常洵、明皇五子瑞亲王：朱常浩、明皇六子惠亲王：朱常润、明皇七子桂亲王：朱常瀛，诸藩王亦加冠服蓝色冕服九章。
到此历时十六年之久的「国本之争」就结束了。
此时李氏朝鲜王国的大臣们，也纷纷上奏明神宗要求册封李氏朝鲜宣祖昭敬郡王河城大君：李昖，王二子光海君：李珲，为世子邸下却被大明礼部给拒绝。
12月初8日，因辽东都指挥使司开原卫、广宁卫，两地马市，以及义州卫木市屡次遭受兀良哈朵颜卫诸部犯边，遂被朝廷罢之。
明辽东巡抚兼都察院右佥都御史：李植，上奏辽东都指挥使司、广宁卫两地马市以及义州卫木市兴废经过，并以事关辽东都指挥使司边防，请朝廷尽快商议对策，以决大计。
又以明朵颜卫指挥使：董长昂，等人纳降并请开复市，被明神宗许其奏请。
同时辽东都指挥使司关外的建州女真八部，自明建州左卫军民指挥使：爱新觉罗·努尔哈赤，起兵之后，势力就不断壮大，他还开始创立了八旗制度。
所谓的八旗制是由牛录制扩充而来的，一牛录为三百人，首领称（牛录额真）汉译「佐领」、五牛录为一甲喇，首领称〈甲喇额真〉汉译［参领］、五甲喇为一固山，首领称｛固山额真｝汉译〖都统〗。
每一固山额真有特定颜色之旗帜，当时建州八部军共有四个固山额真，分；红、黄、蓝、白，四种颜色之旗帜。
明万历三十年公元1602年2月13日，明皇太子：朱常洛，成婚纳太子妃：郭倩，其费银达二百万两。
2月16日，明神宗因饮酒过度，加之春宵一刻熬坏了身体突然患病，急召诸大臣至紫禁城仁德门，又命明内阁首辅：沈一贯，单独入启祥宫，明神宗对他说道“朕病沉重，前兴矿税，是出于修建三殿、二宫之需，非长久之策，自今开始，矿税、江南织造、江西烧造，俱止勿行，所遣内监，俱令回京。”
当晚宣读上述诏书，并说道“对此命令，如有奸恶截阻，以及驿递应付迟慢者，指名参处。”
可是到了次日，明神宗却转危为安，马上就反悔，还下令收回诏书，但明内阁首辅不能止，明司礼监太监：王义，正在明神宗身边，遂力争道“圣言何可反汗！”
然明神宗不思己过，反而大怒，欲亲手杀死王义，但明司礼监太监也不畏死，还进一步力争，反对明神宗收回成命，终因为时已过晚，无济于事了！
此后诸大臣、言官们都请罢矿税之疏不绝，可明神宗皆不理，税使们也依旧肆虐如故。
2月21日，因明江西税监：潘相，及其随行人员恣横不法，引起公愤，致使江西承宣布政使司饶州府景德县万余名瓷工发动暴乱，摧毁瓷器厂，烧税署，打死明江西税监爪牙陆太守，还断了江西税监官员的饮食。
待明江西税监逃走之后，为了让人背锅就诬奏明饶州府通判：陈奇可，让他被逮捕下狱。
3月22日，明云南税监：杨荣，横征暴敛，肆害官民，作恶多端，激起了云南承宣布政使司腾越州人民首先奋起反抗，杀死了明云南税监委官：张安民，焚毁税厂，史称「腾越州民变」。
事后明神宗下令逮捕，真正首恶，依律处治，并经廷臣们一再请求，罗列杨荣罪状以定民心，无辜族人才免遭株及。
明万历三十一年公元1603年4月11日，户部上疏请令有司奉行一条鞭法，既酌量征收以充公费，不得佥派里长，挨月轮直，以滋苛刻。
1库役不许佥派民间富户充当。2不许于预备仓库佥编计级看管。3条鞭所载供应上官及过往使客，俱有定额，不许分外巧立富民、义民名色，借以供应。4条鞭夫马，岁有定额，输银在官，而雇役于民，不许遇夫马紧急，再于粮上重纳。5不许以保甲人户充迎送、色摄罪犯、打卯应差。6不许省祭义民充勾摄管工承委之役。7不许派民当行价值半给，支领衍期。8不许有司于罚赎之外，横肆科罪，折银充索。9征银不许粮甲串同保歇吏书任意侵没，征粮不许粮长串同吏书花户任意折乾，官收官解，则严禁火面。10通行江南直隶府州县，将一应田土查核见在户名，征粮之日，先行开派，定限收纳，拖欠者坐名查比，以免赔累。11凡内库之生绢、阔布，俱照光禄寺料银，供用库麻、蜡，改从官解。
这十一条在户部奏疏呈上后，得到明神宗批准可其请颁行。
5月初7日，明神宗册封蜀府：朱奉爵，为隆昌郡王、唐府：朱器增，为宝庆郡王，益府：朱常漴，为安义郡王、朱由核嗣罗川郡王，周府：朱肃蒙，嗣柘城郡王、朱肃溱嗣瑞金郡王、朱在预嗣鄢陵郡王。
同时明建州左卫军民指挥使带领族人迁都到赫图阿拉，设立建州女真都督府。
6月28日，山东承宣布政使司济南府泰安州大水为灾，淹死男女八百余人，毁坏民舍数千区。
7月23日，京师大雨不断，保定府祁州、安肃县，两地同时连降暴雨，顷刻间水深一尺余，拔树折木、苗稼尽伤，其中祁州因为大水，田舍俱没城垣倒圯。
8月初4日，福建承宣布政使司泉州府发生洪水，溺死万余人，毁坏民居不计其数，该府同安县还飓风大作，暴雨随至，海溢潮涌，冲坏民居、死人无数。
9月11日，江北地方及邻近各布政司州府县，因灾伤重大，不断发生饥民造反，明凤阳行都督府漕运巡抚：李三才，称“近月来江北各处大风拔木，洪水滔天，饥民蜂起，南直隶徐州有赵古元造反、凤阳行都督府毫州有李大荣造反、河南承宣布政使司归德府睢州则有杨思敬造反！陛下每有征求，心说内府匮乏，其实不然，陛下所谓匮乏者，黄金未遍地，珠玉未满天而已。小民无食，重以征求，而且鞭挞无时，官惟丐罢、民惟请死。陛下毋谓臣祸乱之言为未必然，若已然，将置陛下于何地！”
此疏呈上，明神宗置之不理。
11月初6日，明神宗命令户部拨给明福亲王：朱常洵，每年禄米一万石，今在京每年先支给三千石，大明通行宝钞一万贯，待正式到藩府之后，全数供给。
12月26日，明福亲王在京被明神宗选立女子：郭青雪，纳为侧妃结为良缘共度一生。