此时明云南税监矿使：杨荣，非但不悬崖勒马，改弦更张，反而还怙恶不悛，先将孝敬财宝不足的几位知府投入比刑部牢狱，还惨毒百倍的北镇抚司锦衣卫「诏狱」。
还将抗击开矿的明越州卫指挥使：樊高明，打断肋骨后戴枷示众，又以求马不获继续毒虐，残酷杀害居民数千人，又进一步以取马四十匹不足数为由，擅自逮捕了明平夷卫指挥使：贺瑞凤，且令明广南卫指挥使：于可继，等人大肆宣称要尽捕；云南前卫、云南后卫、云南左卫、云南右卫、云南中卫、曲靖卫，这六个卫的将领问罪。
弄得人人自危！
3月11日，明云南前卫指挥使：贺世勋、明曲靖卫指挥使：韩光大，等将领忍无可忍，带领冤民万余人，冲入杨矿税使的官署，放火焚烧，并杀死杨荣，为民申冤，还斩杀其党二百余人，释放奴隶百人。
明神宗：朱翊钧，得知明云南税监矿使被杀后，数日不进食，且欲逮问守土官，但经过明东阁大学士：沈鲤，再三劝解，以及明司礼监左少监：陈矩，详细分析利害，明神宗才怒气稍消，命令只杀明云南前卫指挥使一人。
4月初9日，因贵州承宣布政使司石阡府苗民长官使司有叛变行为，故此明贵州总镇巡抚：郭子章，就命明贵州总镇总兵：陈璘，率部一万人攻打苗民长官使司附近的水硍山。
攻克了水硍山之后，又移师到新添屯，独攻东路，又攻克后，苗民长官使司完全与外界切断，才安定下来投降明军。
5月13日，参加万历朝鲜战争的福建承宣布政使司漳州府漳浦县同里人士，明镇海卫守备：刘志迈，被罢回家之后，与明同里庠生：程可兆，等人暗中组织群众千余人，共图起事。
5月18日晚，刘志迈带领众人在漳浦县城教场上祭旗，约定于第二天发动起事，却不料遇大风雨，便改为5月25日，并分众人各自二百人于城内外相互呼应。
同里百姓：李调梅，得知此消息后，密告明漳浦县知县：黄应举，让他主持公道。
6月初6日，缅甸军民宣慰使司东吁王朝出动大军三十万人，围攻木邦军民宣慰使司都城，明木邦军民宣慰使：罕钦叔，向大明帝国云南承宣布政使司内地请救兵，结果明军兵未至而城陷。
缅甸军民宣慰使司兼东吁王朝国主：底哈都拉摩诃达马亚扎（汉名：莽良渊）立孟密宣抚使：思礼，领其众由此木邦军民宣慰使司遂亡。
7月16日，明东阁大学士：沈鲤，上奏明神宗各大尚书要职以及六部、都察院左右侍郎官员欠缺，又遇明刑科给事中：周日庠，上奏说九卿官员欠缺，明工科给事中：王元翰，论朝政说明神宗不上朝凡事交由内阁处理导致许多大臣们，都见不到皇帝一面，忠臣无法报效朝廷！并让明神宗下「罪己诏」被皇帝拒绝。
8月21日，在陕西承宣布政使司延安府绥德州米脂县河西200里的李继迁寨，一户穷苦李姓人家里出生了一个小孩，排名老大叫（李鸿基）他的父亲：李守忠，老来得子也算是福气。
李继迁寨距他的老家长峁鄢村60多里，这里在三百年前属于大宋皇朝附属国西夏王国地界，是西夏景宗西平王烈皇帝：李元昊，建国之处世代族人都属于北魏鲜卑拓拔氏党项族后裔居住地。
9月初6日，明漳浦县知县：黄应举，经过一番策划调兵后，采取了封闭城门，大肆搜捕，把叛逆：程可兆，等十余人抓捕归案。
次日在城外的刘志迈知事已败，随即逃遁而去。
9月18日，在陕西都指挥使司延绥总镇榆林卫旧安边营柳树涧堡，一户卖猪肉的屠夫：张快，人家出生了孩子，因排名老八，且是由偏房：沈氏，所生故此取名为（张敬轩）也因家境贫寒且边境时常遭遇袄儿都指挥使司河套部蒙古铁骑入侵，使得张快家业破产。
其子女八人与其偏房，一起沦落到了靠卖草鞋、卖红枣，的地步为生，为此还饿死了4个孩子！
9月18日，河南承宣布政使司归德府永城县百姓：刘天绪，流动于南直隶凤阳行都督府临淮县朱龙桥，信奉无为教，抬集教民千余人谋划起事，自称为「李王」还制造〈妖书〉出山，声言冬至日［李王］出世。
并与众徒们购造弓刀器械、勇巾红服，李王：刘天绪，自号为〖龙华帝君〗余者各封官爵。
11月初1日申时，云南承宣布政使司临安府建水州发生地震，从下午申时三刻开始，由远而近声若雷响，城垣庙宇官府及民居相继倒塌，死者数千人。
府学、尊经阁、启圣祠、乡贤祠、名宦祠及万历二十七年新建的两舍，俱皆倒塌，临安府学宫及公私廨舍，倒坏无数，杏坛亦倒塌，连震数月方止，震中烈度（Io）VIII－VX，震级（M）为6.5级。
同时李王龙华帝君：刘天绪，还约定于12月23日，长至日乘官祭陵之机起事，后因其众：陈继学，等人惧怕事发祸及，先期告变。
被明南直隶兵部尚书：孙钅广，于12月18日，发兵捕获无为教徒四十九人，杀刘天绪一人，其余发配边疆充军。
再次上任的明辽东总镇总兵兼宁远伯：李成梁，因守不住东边建州八部之一董鄂部放牧地的宽甸六堡，遂与明蓟辽总督：蹇达、明辽东总镇巡抚：赵楫，商议放弃该地，将堡内的六万户居民全部迁到内地抚顺守御千户所，凡留恋家室，不愿迁徒者，即动军队用武力强迫他们迁居，造成死亡者不计其数，还命令辽东明军后退三十里！
此事被明兵科给事中：宋一韩、明都察院湖广道监察御史兼辽东总镇巡按：熊廷弼，两人上奏称“弃地非良策，应当分兵把守。”
还大骂明辽东总镇总兵不负责任，对此明神宗俱不听，而是继续采用了明辽东总镇总兵的建议！至此辽东都指挥使司屏障尽被撤除。
幸亏此时女真诸部族的首领人物，相继死亡，又加上朝廷重开辽东都指挥使司开原卫、广宁卫，之间的马市和木市，使得各族人民友好往来，于是八年时间内辽东都指挥使司平静少事。
不过明建州左卫军民指挥使：爱新觉罗·努尔哈赤（佟·努尔哈赤）也趁机把势力扩张到了明军防线，并借此机会又去京城朝贡大明天子表示守卫边疆的忠心。
明万历三十五年公元1607年正月11日，东海女真瓦尔喀部蜚悠城主：台楚噜·策穆特黑，前来投降明建州左卫军民指挥使，为此他派出了长子明建州左卫军民指挥同知：爱新觉罗·褚英、次子明建州左卫指挥佥事：爱新觉罗·代善，前去迎接。
而东海女真瓦尔喀部蜚悠城主对两人，说道“女真语：我在投奔乌拉女真部后，屡次遭到乌拉女真部贝勒：纳拉·布占泰，的羞辱！此次希望可以归附到建州女真三卫麾下。”
随后在接待完贵宾时，明建州左卫军民指挥使就命令三弟明建州右卫军民指挥使：爱新觉罗·舒尔哈齐，以及自己的长子明建州左卫军民指挥同知：爱新觉罗·褚英、次子明建州左卫军民指挥佥事：爱新觉罗·代善。
其下还有明建州卫军民指挥同知：瓜尔佳·费英东、明建州卫军民指挥佥事：佟佳·扈尔汉、明建州卫军民镇抚：舒穆禄·扬古利，等将领率3千建州女真兵，即刻赶至东海女真蜚悠城收服部众。
此事被乌拉女真部贝勒得知消息后，就派自己叔叔：纳拉·博克多，率领1万2千乌拉兵前往截击，因明建州右卫军民指挥使与乌拉女真部贝勒有姻亲关系，所以他与明建州右卫军民镇抚使：郭络禄·常书、明建州右卫军民游击将军：瓜尔佳·纳齐布，停在山上按兵观望。
当时大雪纷飞明建州卫军民指挥佥事与明建州卫军民镇抚，分兵保护投奔之部民后，又率2百建州女真骑兵与乌拉女真军先锋在〈乌碣岩〉展开激战。
随后明建州左卫军民指挥同知、明建州左卫军民指挥佥事，各率兵五百人从两翼夹击，致使乌拉女真军大败，其中明建州左卫军民指挥佥事阵斩乌拉女真部主将：纳拉·博克多，父子俩，以及乌拉女真部副将：常柱，父子和乌拉女真部先锋：胡里布，兵败被俘。
此役建州女真军斩杀乌拉女真军三千余众，得马匹五千余、甲三千余，获得大胜。
同时乌碣岩之战也进一步地削弱了乌拉女真部的实力，而且也打通了建州女真八部通往乌苏里江流域以及黑龙江中下游之路，对后来招抚东海女真野人部起到了关键性的作用。
正月28日，明陕西总镇巡按：余懋衡，疏劾明陕西矿监税使：梁永，私自运载大宗货物到京畿，且多用民夫马匹。
此举让明陕西矿监税使大恨，指使其党明西安府判官：乐纲，收买膳夫两次下毒，企图害死明陕西总镇巡按。
但被明咸宁县知县：满朝荐，发现他不畏强权，直接逮捕了膳夫，欲置于王法，明陕西矿监税使惧祸及己，亲率其党携兵器冲入县衙内，因县中卫兵早有防备，才让明陕西矿监税使的阴谋没有得逞。
此时西安府军民皆称明陕西矿监税使必反，但他却自称“并无反意。”
而暗地里竟养甲士数百人，伺机反抗，使得西安府咸宁县、长安县、临潼县、蓝田县、咸阳县，等地亦下令严厉打击明陕西矿监税使一伙，更让矿监党徒见势不妙，多数已稍稍离去，窜到渭南县。