在军事方面，陈琦提议在六部之外成立参谋部。
和平时期，参谋部全面负责军队和将领调度，演习议程设定，指令传达等即时任务。
等到了战时，参谋部就是最高指挥机关，全权负责军队的调动和派遣，制定各部队的战略目标和战术战法；通过军令传达，协调各部队联合作战。
其实，参谋部的工作，原本就属于兵部的职能范围；正常情况下，只要朝纲不崩坏，兵部完全可以将这个工作做好的。
相反，如果兵部不能正常履行职能，那么也就意味着朝廷失去了对军队的掌控力，兵乱就在所难免了。
结局就是，要么天下大乱，改朝换代；要么军事强人出现，垄断朝政，皇室沦为傀儡……
可是，偏偏中元帝国就成了那个例外，成为了那个不正常的情况……
中元帝国有常备军三百二十万，东南西北四衙禁军各五十万，共计两百万。四境王府各自掌握边军三十万，共计一百二十万。
然后呢？就没有了……
州府的守备军和郡县的护卫军，虽然也叫‘军’，也在兵部备案了军籍，属于兵部的管辖范畴。
但是他们的军械配置和具体职能，又和军队完全不一样。更像是陈琦前世一些国家维护治安和防止暴乱的宪兵部队或是民兵。
于是，中元帝国就出现了无比怪异的一种情况，那就是中枢所在的中元城，被两百万大军护佑着，任何人不敢轻举妄动。
四境王府手握大军，拱卫边疆，外患难以攻破边境，逐鹿中原。
然后，边境到中元城的中间地带，几乎是真空的，完全不设防的。
在这种怪异的局面下，中元皇室靠着两百万大军拱卫，勉强坐在皇位之上；四境有边军镇守，暂时外患无忧。
剩下的中间地带，因为军力的不足，彻底沦为了孕育山匪盗贼的温床。
每年，朝廷收到的有关匪患的奏报就有近千封，劫掠村寨和商队，那都属于日常业务；偶尔遇上几个心大的，甚至敢纠结千百人，直接攻击郡县城池。
这当中，当然也有世家望族和地方豪绅的手笔，他们养寇自重，私自培植势力，早就不是什么新鲜事儿了。
不过，碍于朝廷军队的实力强大，加上陈伽罗特别在意世家望族和地方豪绅私藏家甲，对这方面的打击力度很大。
世家望族和地方豪绅不敢触陈伽罗的霉头，只好使些下作手段，养些匪寇了。
同时，因为四衙禁军和四境边军各行其事，鲜有交集，彼此之间很难达成互信。这种情况在和平时期倒是无所谓，但在战时，却是会要人命的。
想想前世，常凯申手下的中央军和地方军联合围剿红军时，出的各种洋相，显的各种眼，就知道了。
所以，成立参谋部，统管军事调度权和军事指挥权，是非常必要的。
此外，陈琦还将兵部进行了职能化改制，分为了军籍，军政和军械三科，明确了各科的具体职能。
军籍科负责武官选用及兵籍管理工作。
武官选用是指，兵部有权针对州府守备军，郡县护卫军的武官进行遴选，任用，派遣等工作。
兵籍管理是指，兵部要为全国所有常备军和退役军人建立标准档案，即兵籍。朝廷会根据兵籍安排军饷，发放军粮；同时也会按照兵籍，进行背景调查和家属安置。
等到战役之后，兵籍也是分封功勋，安置烈士的重要资料。
军政科负责军事行政的相关工作，具体职能包括军队架构的组织编制；武官的考核、升迁；军事关隘、设施的维护和翻修；军事驿站和军用驰道的新建、保养；军资财物的管理和发放等。
军政科是兵部组织架构中的中坚力量，他负责的工作虽然没有看上去那么高大上，但却是军队后勤保障的关键。
军政科的效率高低，直接影响的就是军队战斗力是否能够一直保持。军政科有作为，后勤有保障，前线将领就能放心大胆的扩大战果，不用担心后援不足。
军政科不作为，后勤没有保障，就会出现，‘前方吃紧，后方紧吃’的局面。战败，似乎也就不可避免了。
军械科负责全国所有地区武器装备的储藏，管理和供给等相关工作。
其中，军械科最为关键的任务，就是武器的管理工作。包括武器的订制，采购，核查，销毁。
兵部职能改制，客观上剥离了兵部对兵权的掌握，将兵部的职能固定在了辅助参谋部掌管全国军队的方面。
尤其是兵部三科的职能确认，直接将兵部的组织架构都给明确了，陈伽罗和吏部尚书可以按照组织架构和职能分配，直接安排合适的人上任就可以了。
除了兵部改制外，陈琦还提出了四衙禁军要‘精兵简政’的意见。随着陈伽罗的儿子们渐渐成年，开始尝试接掌四境军务。四衙禁军职能中，防范藩王祸乱的职能客观上是被弱化了。
趁着这个时机，四衙禁军可以考虑在内部进行优化兵员，精简冗员等工作。
四衙禁军常备的两百万军队，战斗力确实强悍，兵员中不乏以一当十的勇士。但是，想要进来混资历，混出身的关系户也不少。
一颗老鼠屎，坏了一锅粥。
这些关系户的存在，一定会导致军队的晋升不畅，管理失序。久而久之，也必然会影响军队的战斗力。
而且，两百万常备军，不去前线历练，不去经历实战，只是留在中元城周围拱卫京都，多少有些暴殄天物了。
陈琦建议朝廷可以通过考核，将四衙禁军中，能力和实力较差的一些人，组织起来，派往九道，剿匪缉凶。用实战磨砺他们，让他们快速成长起来，成为朝廷的可用之才。
总而言之，四衙禁军作为皇室的主要守卫力量，必须要保持其震慑群雄的战斗力。哪怕是陈琦等人当上了四境亲王，朝廷也不能掉以轻心，疏忽了对军队的掌握。
古往今来，藩王造反的事情人们见得太多太多了。