历史上，天京事变造成的最恶劣的影响并非信仰迷失，而是地方拥军自重，隐然独立。
尤其是太平天国后期，中央与地方矛盾重重，各个派系之间的矛盾已到了难以调和的地步。
例如，1860年，太平军二破清军江南、江北两大营。忠王李秀成取得苏南、浙江膏腴之地。英王陈玉成在苏南没有地盘，专门来到苏州谈判，要求李秀成分割苏南之地。
为此，洪秀全的族弟、军师洪仁玕亲自来到苏南，调解二人矛盾。调整到最后，陈玉成在苏南却只取得丹阳一城。
1861年，驻军苏州的陈坤书与驻守石门的陈炳文为争地盘在嘉兴城下火并。
1862年，归王邓光明与保王童容海在杭州内讧。
1865年，天京已经陷落一年。侍王李世贤兵败，投奔福建镇平的康王汪海洋。汪海洋因李侍贤威望大，害怕他会威胁自己的地位，将李世贤及其心腹暗杀。
1866年，汪海洋在广东嘉应州与湘军作战。李侍贤的余部在背后开冷枪，刺杀汪海洋。
与历史上一样，天京事变后，太平天国各地隐约出现了拥兵自立的苗头。吴捷入主天京后，立即开始不遗余力地打击各地的独立分子。
最先冒头的是东殿尚书段立刚。他曾在天京事变前被杨秀清派往安徽桐城，也算是杨秀清的心腹。此人并不服从吴捷指挥，在桐城聚众集盟，自号“代天都招讨大将军”，隐然自立。
真没想到，第一个闹独立的，竟是东殿自己人。
吴捷勃然大怒，绕过天王府，直接通令各地太平军，要他们严守本分，不得抱非分之想，不得背叛天京，妄称独立。
通令中讲道，经过天京之变，东殿元气大伤。在吴捷的率领下，东殿诸将团结一心，共同效忠杨秀清的遗孤—幼东王傅尧。
段立刚身为东殿重臣，受到杨秀清格外垂青，却背叛东殿，擅称“代天都招讨大将军”，实属大逆不道。
诛杀段立刚，既是东殿的私事，也是天国的公事。为平定段立刚叛乱，东殿将发大军前往镇压，非拿到段立刚的狗头不可。
吴捷在通令中明白指出，北殿、燕殿在天京事变中罪行累累，屠杀东王府两万人、翼殿两百余口家眷。幼天王、幼东王慈悲为怀，并不株连北殿、燕殿余党。
北殿、燕殿但凡有敢于反叛、独立者，格杀勿论！
此时的北殿兵马多集中在湖北武昌一带，由韦昌辉的弟弟韦俊率领，正在艰难抵抗曾国藩的湘军。
曾国藩已经荣膺江西巡抚。但他并不敢进攻江西，而是会同湖北巡抚胡林翼，指挥湘军主力猛攻武昌。
武昌一下，湘军将沿江东下，逼近江西。吴捷不敢怠慢，令第二师师长倪云鹏率军增援武昌，帮韦俊守住武昌。
燕殿兵马多集中在句容、溧水一带，正在和清军江南大营的张国梁厮杀。
吴捷在通令中唯独落下了石达开的翼殿。石达开虽在争夺天京的过程中落败，却依然在太平军中享有较高的威望。尤其是，他的家眷都在天京事变中被屠，为他博得时人的同情。
翼殿的兵马基本都集中在皖北，主要分布在安庆府、六安府、庐州府三地。除了翼殿本部兵马外，还有赖裕新、彭大顺等新近归附石达开的人。
段立刚在桐城自立，却并未依附石达开，而是招兵买马，隐然要另立旗帜。
11月初，吴捷派杨宜清前往桐城，要求段立刚立即取消独立，回归东殿。杨宜清是杨秀清生前认的义弟，此刻在杨辅清军中担任偏将。
段立刚甚是礼遇杨宜清，反而劝说杨宜清入伙。他说：
“国宗兄，吴捷虽为东殿旧部，既不信教，也非平在山老兄弟，却自封为东殿盟主，挟天子以令天下。国宗兄为老东王兄弟，名正言顺，何不随我一起起事，召集东殿各部，树立东殿法统，再壮东殿声威？”
杨宜清随杨辅清一起进京靖难，途中见识到吴捷兵马之强，自知段立刚这种小喽啰决非吴捷对手。他苦笑道：
“老弟，识时务者为俊杰。吴捷已被幼天王封为楚王，又是东殿盟主。即便是国宗杨辅清兄，亦对他恭敬得很。若没有吴捷，咱们东殿哪能为老东王报仇？哪能继续执掌天国牛耳？”
段立刚冷笑道：“兄弟我只知道，老东王对我有知遇之恩，我只效忠老东王一人。他吴捷都不是平在山老兄弟，凭什么把持东王府？那个两岁大的傅尧，都不姓杨，吴捷凭什么拥立他做幼东王？”
傅尧的姓氏至今没有改为杨姓，天京军民对此议论纷纷，敢怒不敢言。
并非是吴捷不愿改姓。只因傅善祥死活不肯改姓，一哭二闹三上吊。吴捷也不好强职求，撤去了她的天京支部主任一职，改由康可铨接任，统一领导东王府内务。
段立刚敢于拒绝杨宜清的劝降，也并非狂妄无备。他以桐城为根据地，而桐城地居安庆之北。吴捷想要讨伐段立刚，必须经过石达开的防区。
石达开正在闹独立，段立刚又刻意与石达开交好。吴捷那边但有什么风吹草动，段立刚可以撤入石达开的营中，也可以撤入桐城以西的大别山区。
对付段立刚这样的跳梁小丑，吴捷自然费不着劳师远征。他令骑兵师副师长姜铖率领了一支轻骑，穿过安庆，迅速突入桐城。
姜铖原是吴捷的亲兵。他只带了一百轻骑，伪装成捻子，出其不意地出现在桐城城下，声称要投奔段立刚。
段立刚在桐城举事后，前来归附的太平军并不多，只有区区千余人，多为流离失所的流民。骑兵是当时的机动部队，姜铖率一百骑兵来归，段立刚十分高兴。
来桐城之前，段立刚本是东殿尚书，一直在东王府做文官，对兵事不熟。他见姜铖的骑兵参差不齐，只携带了刀矛弓箭等冷兵器，打扮与普通捻子相似，便放下心来。
为以防万一，段立刚要求姜铖只带两个随从入城。姜铖佯怒，说道：
“段将军，小人有心投奔归附，奈何将军如何猜忌，如何成就大事？你怀疑我是奸人，我还怀疑你图谋我呢？算了，此处不留爷，自有留爷处，咱们后会有期。”
说罢姜铖引军欲走。段立刚尚且立在城头，他正缺少骑兵部队，一听姜铖要走，当即就急了。
他料定姜铖人少，不足为虑，索性下令打开城门、放下吊桥，放姜铖的骑兵入城。
段立刚也走下城楼，欢喜姜铖入伙。谁知道，才一走近，姜铖便从口袋里掏出一支小巧的转轮手枪，一枪击毙了段立刚。
得到信号后，一百多个骑兵人手一支左轮手枪，对着段立刚的叛军猛烈射击。
段立刚只有两百多个太平军，其他都是新招募的流民。太平军试图抵抗，但他们的火枪射速太慢，火力太弱。想拼冷兵器，对方又在马背上来去自如，左右冲撞。
段立刚一死，城内太平军群龙无首，人心涣散。姜铖宣布只诛杀段立刚一人，余党概不株连，任其去留，太平军一哄而散。
此次平叛，从段立刚宣布自立，到姜铖诛杀段立刚，仅用不到一个月时间。此役有效地震慑了各地太平军大将，使他们再也不敢妄想独立。