第二天，吴捷等人去了南都大学。
在复兴会推动的教育改革中，深化高等教育是其中一项重点内容。南都大学是复兴会治下的最高学府，也是高等教育改革的重要着力点。
南都大学是在九江实务学堂的基础上改建而来的。吴捷率军移防九江之初，急需各类实用人才，故成立九江实务学堂。
但九江实务学堂偏向实用，为了满足工商业对人才的需求，九江实务学堂不断增设新的学科，如铁路、蚕桑、水利、测绘等。到1856年初，学堂学科堆叠、混乱，管理上存在诸多不便。
南昌之战结束后，吴捷推动教育改革，将九江实务学堂各种应用性学科剥离，成立各种职业学校，如铁路学院、测绘学院、冶金学院等。
精简完学科后，九江实务学堂从九江迁至南昌。因南昌古称“南都”，故将其改名为南都大学。
原九江实务学堂校长李善兰担任南都大学校长。李善兰是浙江海宁人，已经五十多岁了。
他是近代有名的数学家、力学家、天文学家、植物学家，曾创立二次平方根的幂级数展开式。此乃十九世纪华夏数学界最伟大的成就。
之前，李善兰在上海墨海书馆研究西学，翻译外国书籍。复兴会现任科技部长徐寿、铸币厂厂长华蘅芳曾结伴到上海墨海书馆，向李善兰请教数学难题。
吴捷将李善兰请到九江后，先是请他担任姑塘造船厂的厂长。李善兰是个学者，不善经营。后来，吴捷派唐廷枢接管姑塘造船厂，派李善兰担任九江实务学堂校长。
事实证明，李善兰做校长比做厂长出色多了。他在实务学堂发展多种学科，营造学术自由的氛围，深受师生拥戴。这次，复兴会组建南都大学，李善兰便担任第一任南都大学校长。
南都大学建在豫章书院的旧址上。起先，南都大学看中了白鹭洲学院，想在白鹭洲学院旧址上建成南都大学。
白鹭洲学院和豫章学院同属江西四大书院，校舍完善，可容纳近千人学习、研究。新式学堂兴起，旧式书院式微。复兴会干脆把旧式书院改作新式学堂，以节省办学经费。
白鹭洲学院位于九江，豫章学院位于南昌。当时，九江研究所规模扩大，研究所所长徐寿也在寻找新校舍。舆论认为江西的新式学堂多位于九江，省会南昌却没有新学堂，不合情理。
研究所是中兴公司下属机构，与工农业生产联系更为紧密，更应留在九江。于是，教育部便将南都大学迁往南昌，定址于豫章学院。
实际上，豫章学院是江西四大书院之首，校舍条件、规模均要优于白鹭洲学院。
走在南都大学校园里，屋舍楼宇还都是旧式风格。新的给排水系统、煤气灯照明系统已经引入校园。身着新式校服的师生们来去匆匆，为古老的豫章书院注入了新的活力。
校长李善兰陪吴捷等人参观校园，为大家讲解豫章学院历史、南都大学办学方针。
豫章学院始建于南唐，距今已有一千多年历史。该书院源于南昌罗氏家族，因南昌故称豫章，故罗氏所建书院均称为豫章书院。
罗氏后人广建书院，计有广州豫章书院、福建宁化豫章书院等，形成极具罗氏特色的“书院文化”。满清康熙皇帝为豫章书院赐匾“章水文渊”，殊荣备至。
复兴会禁止私人办初级义务教育，并不禁止私人办中高等教育。但由于新式学堂蓬勃发展，豫章书院等旧式书院师生寥寥，难以为继。
在豫章书院的校址上，以九江实务学堂为班底，复兴会办起了南都大学。南都大学不同于旧式书院，也不同于九江其他专业学堂，具有以下鲜明的特征：
一、大学自治。
校长由教育部提命，经教授委员会批准，才得上任。教授委员会顾名思义，委员均从各学科教授中评选，人数在十几人不等。
但凡人事任命、教授选聘、学位授予、学科增减、经费开支等大事，都由校长与教授委员会商议后决定。
二、建立学位认证、教授评议制度。
南都大学在文、理、工、法、医、农六大学院之外，增设一个研究生院。
六大学院主要施行本科生教育，学制三年。研究生院主要施行研究生教育，分为硕士教育和博士教育，学制各两年。
学生毕业时，需提交一份论文，经学位评定委员会认定通过后，方得授予相应的学位。
南都大学最高学位为博士。学位、硕士、博士授予权在教授委员会，校长、教育部均不得干预。
实行导师负责制，每个教授都负责帮带若干个学生，每个学生都有对应的导师。
教授的选聘、晋升由教授委员会自主决定。复兴会科技部提名校长，确保大学研究方向的正确，确保复兴会对大学的领导。
各级教授需定期接受教授委员会的考核、稽查，督促教授们尽心用命，及时清理滥竽充数之徒。
三、拔高大学定位。
不同于众多职业学校，也不同军事院校、行政学院、干部学院，南都大学是复兴会治下第一所综合性大学。她不仅要承担起为复兴会培养人才的重任，还要积极开展前沿性研究。
吴捷一直强调，产、学、研要协同发展。目前，复兴会的科研机构主要有两个，即九江研究所、南都大学。
九江研究所隶属于中兴公司，所长由科技部部长徐寿兼任。研究所侧重于应用科技的研究，产、研结合紧密。
南都大学偏离九江工业区，主要定位于教学、研究。教学自不必说，是大学的主责主业，研究方面则应与九江研究所有所分工，更加侧重于理论性、基础性、前沿性的研究。
譬如，中兴公司暂时还没有大规模应用石油、橡胶、电力的计划。但此类科技已在世界各地开始研究应用，南都大学虽然偏居华夏内陆，也应未雨绸缪，开展相应的研究。
吴捷对李善兰办学是很放心的，他说：“老先生开办大学，成绩有目共睹。只是有一件事，还需您这边留心关照。”
李善兰忙问何事。
吴捷说道：“简化汉字、实施拼音教学，想必先生已经听说过了。此事争议很大，有反对的，也有主张废除汉字、全盘西化的。为了推行义务教育，扫除文盲，我们执委会已经通过决议，决心简化汉字、使用英语字母拼音教学。
“这件事，我是比较上心的。我已经设计出了一千多个简体字，拼音方案也初见眉目。到时候，教育部长王瀚会拿出一个成熟的方案，请你们南都大学文学院提出专业意见。”
吴捷亲自推动简体字，王瀚又是李善兰在上海墨海书馆的同事、朋友，李善兰自然要鼎力支持。
他说：“汉字乃象形文字，笔画、读音都很复杂，不方便普及教育。从汉字的历史发展上看，简化字体一直都是大势所趋。我们南都大学一定积极配合教育部，大力推行简体字。”