这不得不让李氏朝鲜仁祖陵阳大君纯孝郡王：李倧，怀疑到了，王姑李氏朝鲜贞明贵主的头上？便与重臣李氏朝鲜领议政：崔鸣吉，一起商量如何追究李氏朝鲜贞明贵主夫妇罪行。
然而李氏朝鲜领议政却上奏称“先王骨肉，如今只有公主殿下一人，今若起狱，则当日反正之意安在哉？且巫蛊事自古多晻昧难明。”
但是李氏朝鲜郡王却显得不满，就把他给派去出使满清去了，而李氏朝鲜领议政也趁机写下私信，撰《移陈都督咨》向原宗主国大明帝国详细写了〈丙子胡乱〉的经过，以及李氏朝鲜王国被迫投降称臣等情况。
并阐述了危机才脱，祸端未已，心在必东，势难自拔的苦衷，为此还以李氏朝鲜僧人：独步，为首故意派船夫划向大明帝国通报情况，以及后续由他充当使者，继续汇报满清情况。
随后在走到平安西道义州府时，还以辞职相要挟来恳求李氏朝鲜郡王，不要在追究李氏朝鲜贞明贵主的事，就连另一位大臣李氏朝鲜司宪府大司宪：李植，也誓死反对追究李氏朝鲜贞明贵主夫妇责任。
于是李氏朝鲜郡王最后只处死了涉案的几个宫女，并没有追究李氏朝鲜贞明贵主夫妇。
8月25日，由明詹事府左春坊左中允：陈子龙，根据明文渊阁大学士：徐光启，遗稿整理刊印，写出了《农政全书》分为；农本、田制、农事、水利、农器、树艺、蚕桑、蚕桑广类、种植、牧养、制造和荒政等十二篇。
它不但总结并保留了大明农业技术经验，也吸收发展了当时的新技术，还对刚刚传入大明帝国的番薯，作了很详细的说明并加以推广，也使得《农政全收》不仅对大明帝国，还对德川幕府（日本）、李氏朝鲜王国及至西欧各国都产生了巨大的影响。
10月11日，满清太宗：爱新觉罗·皇太极，为了彻底征服辽西走廊，打垮大明宁广防线，也为了报之前松山堡（广宁中屯守御千户所）、广宁中屯卫（满清叫锦州）与广宁左屯卫之战的雪耻，特命满清皇长子和硕肃亲王：爱新觉罗·豪格、满清豫郡王：爱新觉罗·多铎，率领清军八旗6万人南下出击。
这次明宁远卫团练总兵兼辽东都指挥佥事：金国凤，手中虽然有了上万兵马协助守城，但这些士兵都是从各地抽调而来的援辽军队，之间互不统属。
再加上此时朝廷各地军队中缺饷严重，而各级将官们又多有挪用军饷之事，因此这些抽调来的士兵们都是士气极低。
而松山堡（广宁中屯守御千户所）由于与上次清军进攻，才仅仅过去了半年时间，因此明宁远卫团练总兵压根就没有，太多的时间来整顿军纪。
眼下又得知清军再度来袭，所以明宁远卫团练总兵打算固城死守，然而援辽军队们却压根挡不住清军进攻，几次冲击下城防便快要失守了，气得明宁远卫团练总兵大怒他想要率军出战。
可结果手下将领们却并不听调，且多数将士均有畏死怯战心理，而自己本部亲兵是又所剩无几，无奈之下明宁远卫团练总兵：金国凤，只能亲率家丁数百人出城，在北山岗上与清军鏖战。
但终因寡不敌众，被清军围住与两个儿子一起壮烈牺牲！
10月15日，清军继续围攻松山堡（广宁中屯守御千户所），明辽东总镇巡抚：方一藻，见状连忙调遣军队救援，但是诸将都不敢前往！
只有明宁远卫左参将：杨振、明宁远卫监军道：李 禄，一起请求出战，但当援军们来到吕洪山时却遇到了满清伏兵，致使明军兵败，他俩还被押往松山堡城下用来劝降守城明军。
然而来到城下之时，明宁远卫左参将与明宁远卫监军道却大声告诫城中守军们，一定要坚守城池，我大明援军即日就到，且莫听信东虏建奴鞑子谎言随意开城。
两人因此被清军斩杀！
随后明蓟辽总督：洪承畴，率军前来才赶跑了东虏建奴鞑子军队。
11月初3日，尼德兰王国荷属东印度公司再次派遣了，尼德兰王国驻巴达维亚上校：朗必即·里哥，率领大型战船9艘北上，协助大员（台湾府）方面前来骚扰大明帝国福建承宣布政使司沿海地区。
并数次击败明军水师的小型船队，这很快就引起了明泉州府总兵：郑芝龙，的注意。
随后明泉州府总兵就亲率军队，携带盛满火药的竹筒泅水攻击，一连焚毁了尼德兰船队5艘，打得尼德兰王国驻巴达维亚上校狼狈逃窜。
并且明泉州府总兵还请求福建布政司衙门，调动了福建水师明军出动，最终夺回了从德川幕府到南海的全部东亚制海权，也让明泉州府总兵被称为〈闽海王〉。
从此东南海域唯郑总兵是从，来往内外商人皆用郑氏旗号为主，代替日月旗，而明泉州府总兵：郑芝龙，也因功升任为「福建总镇总兵」，负责保护整个福建承宣布政使司海域平安。
因此每一艘前来福建承宣布政使司海湾，停泊的船只，都要缴纳三千金币，一年岁入千万两，并筑城于泉州府安平城专门收纳客商税赋，抽一半上交朝廷，留一半自己享用。
当时凡航行在东亚地区的船只，都必须花钱购买明郑的令旗，若无此旗，在东亚海面上被拦截，甚至遭到海盗打击的概率超过百分之五十，若在大明福建承宣布政使司沿海，则百分之百被拦截。
最后就连台湾府的尼德兰人都不得不，偷偷地以德川幕府船只的名义购买令旗，当时大明东南沿海在明郑和平的笼罩下，正在向平稳发展，由此尼德兰人再也不敢对大明用武，而是改为互助经商政策。
明崇祯十三年公元1640年3月初7日，明毅宗信王崇祯帝：朱由检，下诏罢免各镇内臣，告谕道“各镇内员，察饬已久，兵马、钱粮、器械等项稍有改观，但战守防援，事权未能尽一。”
随即就将监军、分守等宦官俱撤回京另用，凡边务一切钱粮、兵马、边防、剿御，等事，都由；总督、知府、总镇巡抚、总镇总兵、兵备道，等官员一意肩承。
3月27日，满清太宗吸取过去强攻宁远卫、广宁左屯卫、广宁中屯卫（锦州）受挫的教训，便制定了长围久困、迫其出降的作战计划。
因此满清太宗又命满清和硕郑亲王：爱新觉罗·济尔哈朗、满清豫郡王：爱新觉罗·多铎，率军在义州卫城外驻扎屯田，并禁止大明帝国辽东都指挥使司广宁中屯卫（满清叫锦州）地方不得耕种。
并且还包围了广宁中屯卫与广宁左屯卫，切断明军后方资源，使得明蓟辽总督：洪承畴，第一时间立刻发兵救援，但双方兵力出动之后均按兵不动，还互相对持。
4月15日，明毅宗告谕吏部群臣们，说道“历年来资格畛域，抑坏人才，考选屡奉旨举贡兼收，究竟不遵，非祖宗破格用人至意，就教贡士并试过岁贡生共二百六十三人，俱着于六部司属、都察院、通政司、太常寺各司属及推知正官通行察缺，依次填补，此系特用，后不为例。”
6月29日，明毅宗还诏辑《武经七书大全》，命明东阁大学士兼内阁首辅：范复粹，为总裁，明礼部右侍郎：黄锦、明詹事府少詹事：李绍贤，为副总裁，明詹事府右春坊右赞善：胡世安、明翰林院史官修撰：刘理顺、明翰林院编修：方拱乾，等官员为纂修官，开馆编辑。
12月18日，明毅宗又下诏增加天下关税，以崇祯初年为例，关税每两增一钱，北直隶顺天府崇文门、武清县（武清卫）、山东承宣布政使司东昌府临清州（临清卫）、江西承宣布政使司九江府（九江卫）、南直隶苏州府首府吴县（苏州卫）浒墅关、扬州府（扬州卫）、崇明县（崇明守御千户所）北新关，淮安府（淮安卫），共增五万两。
不久又增二钱，但明户部尚书兼东阁大学士：陈演，就建议增加南直隶皇城南京宣课司税赋额一万，改为三万两，但明南直隶户部尚书：郑三俊，则以宣课司所收落地税无几，请税芜湖税以抵增数。
因此明户部尚书就上疏称“芜湖三万两税赋，而南直隶宣课司仍增一万两，后乃以度支日绌，增加关税二十万两。”
此举也导致了南直隶地区商人与百姓日益穷困。
12月24日，山西承宣布政使司平阳府蒲州（蒲州守御千户所）境内大旱，草木皆被百姓们吃光，官府只能在城门外掘坑以埋饿死者，但饥饿无食的人却争先前去到坑内割食其肉，甚至有父子夫妇相食者。
12月25日，山东承宣布政使司兖州府沂州（沂州卫）蝗虫遍野，所过之处百树无叶，赤地千里，迫使斗麦上涨二千两，百姓们只得挖草根剥树皮充饥。
大有父子相食，以至于骸骨纵横，婴儿捐弃满道，人多自竖草标求售，辗转沟壑者无算！
明崇祯十四年公元1641年正月10日，满清太宗：爱新觉罗·皇太极，陆续向义州卫方向运送粮草，并铸造了六十门红夷大炮，还招募千余名擅长登云梯的士兵，又买了一万匹漠南蒙古哈喇慎马匹。
这期间明、清双方还在大明广宁中屯卫（满清叫锦州）广宁左屯卫一带多次交战，但总体的作战规模并不大。
此时负责前线抵御满蒙联军的依然是明广宁中屯卫总兵：祖大寿，而满清太宗为了彻底拿下城池就命令各位满清亲王、郡王们轮番带兵进攻，为此还抽调了许多索伦女真兵前来参战，还让李氏朝鲜王国也派兵前来参加。