11月初3日，明毅宗：朱由检，下诏会推内阁成员，结果群臣们罗列出；明吏部左侍郎：成基命、明礼部右侍郎：钱谦益，等官员。
同时被会推者还有明礼部左侍郎：郑以伟、明詹事府詹事：李腾芳、明詹事府少詹事：孙慎行、明吏部右侍郎：何如宠、明南直隶礼部尚书兼翰林院大学士：薛三省、明詹事府左春坊：盛以弘、明南直隶礼部右侍郎：罗喻义、明户部尚书：王永光、明南直隶都察院左都御史：曹于汴，等共十一人。
其中明礼部尚书：温体仁、明翰林院侍读学士：周延儒，这两人以素无人望不予纳入，因此而酿成了各派之间的党争。
12月11日，由于闽南又遭遇大旱，导致饥民众多，而福建承宣布政使司泉州府南安县商民：郑芝龙，在明福建总镇巡抚：熊文灿，的支持下，再度招纳了漳州府、泉州府，两地的灾民数万人，稳定局面防止动乱。
官府每人发给白银三两、三人给牛一头，又在郑芝龙的带领下，用海船运到福建承宣布政使司对岸的台湾府去垦荒定居，还组织大规模移民，堪称大明帝国内陆移居台湾府的第一人。
也因此郑芝龙对于朝廷表现出了，剪除夷寇、剿平诸盗为己任，被明福建总镇巡抚诏授为「福建海防游击将军」任〈五虎游击将军〉之一。
离开了他多年经营的海上根据地台湾府，回到老家泉州府一带坐镇。
此时明福建海防游击将军：郑芝龙，已有部众3万余人、船只千余艘，但仍率领本部兵马，再天启七年～崇祯元年替朝廷守备沿海以防止海盗、倭寇和尼德兰人（荷兰人）的进攻，才被破格提拔为［福建总镇总兵］官职。
明崇祯二年公元1629年正月13日，后金天聪汗：爱新觉罗·皇太极，派遣后金辽阳府生员：郑信、后金海州卫把总：任大良，前去宁远卫给明辽东总镇经略：袁崇焕，送信表示要和谈和。
信中称；之前何必为了李氏朝鲜王国，而耽误我们两国的修好，去年正月就送信来要和谈了，可是竟然没有收到回信（那时候袁崇焕不在被卸任）现在听说你又上任了，所以赶紧派人送信给你。
但是这次送信因用印问题，当即就被明辽东总镇经略给驳回了。
正月21日，明毅宗召见明内阁首辅：韩爌、明东阁大学士：李标、明文渊阁大学士：钱龙锡、明吏部尚书：王永光、明南直隶都察院左都御史：曹于汴，等大臣于文华殿中，谕定阉党九千岁明司礼监掌印太监兼东厂提督：魏忠贤，逆案一事。
但是明内阁首辅等官员却不愿树敌太多，便仅仅拟定了四五十人以上作罢，这让明毅宗看后非常不悦，还传令以；赞导、拥戴、颂美、谄附，等为目地，将阉党人们罗列在其名单上。
还命南北镇抚司锦衣卫，拿出证据将党羽们统统罗列出来交由内阁群臣定罪。
2月16日，上谕曰；《会典》规定，民间有四五子愿以一子报官阉割者，有司造册送部选，敢有私自净身者，本身及下手之人处斩，全家发烟瘴地方充军，两邻歇家不举者治罪。
近来小民希图射利，违禁私行阉割，自今以后，且不收选，敢有犯者，按法正罪。十六岁以上罪坐本身及下手之人，十五岁以下罪坐主使及下手之人，其主使除嫡亲祖、父依故杀子孙律科断，如系伯兄母舅亲威人等，与同下手之人必杀无赦，倘有强阉他人幼稚希图诬赖的讯明反坐，亦不姑息，布告中外，确行遵守。
到了2月28日，后金天聪汗第二次派人送信称；老天希望我们两国修好，共享太平，我渴望和平，所以诚心派遣使者来，怎么议和，都听你们说了算。
这时后金天聪汗殷勤得不得了，一次送信没答复，就来第二次，如此反复。
3月15日，明内阁首辅奏上逆案，由皇帝陛下亲自裁定，自魏公公、客印月，磔死之外，其余阉党均以六等定罪，也因此把明太子太傅：崔呈秀，等五虎以〖首逆同谋罪〗当斩、明南直隶都察院右佥都御史兼操江提督：刘志选，等官员以〈交结近侍罪〉应斩，限其秋后处决。
明太子太师：魏广微，等11人与明东厂都督佥事：魏志德，等35人被罚充军罪，明苏杭织造太监：李实，等以交结近侍又次等罪充军、明建极殿大学士：顾秉谦，等129人以「交结近侍减等罪」坐牢三年赎罪为民。
前任明吏部尚书：黄立极，等44人被革职查办，明毅宗还下令废除（东厂）以南北镇抚司衙门来代替，并取消了司礼监总管南北镇抚司权利。
然而随即奇怪的事情终于发生了，这次后金天聪汗派来的使者，却在大明边界重镇宁远卫整整呆足了两个月之久，也就是整个三月和四月。
这段时间里鉴于东虏建奴鞑子使者频繁出现，因此明辽东总镇经略也不得不派人私信给朝中关系较好的明文渊阁大学士：钱龙锡，商量其事件。
之后到了4月初2日，明辽东总镇经略才派遣明宁远卫指挥使司副使：杜明仲，和后金使者一起前往后金国都盛京城。
4月25日，后金天聪汗派遣一个喇嘛去给明辽东总镇经略回信去了，在信里似乎表示和谈已成，后金天聪汗大谈划定双方界限，指出大明以大凌河为界，金以三岔河为界，中间则是其军事缓冲地带。
这简直完全就能够满足袁总镇经略，安安稳稳在大凌河等地修筑城池，死守宁远卫的如意算盘。
而最为关键的是在最后两句称“女真语：我愿罢兵，共享太平，乃出于至诚，尔等亦真诚言之，我等双方勿得头顶皇天而施诡计也。”
当然了还提到双方的条件，袁总镇经略对此表示非常赞成，因为他自从上任以来各方平辽兵马均受其节制，唯独东江镇、皮岛部不受征调，也许是毛总兵也有尚方宝剑以及左都督头衔，大袁总镇经略一级的原因吧！
于是在4月27日，袁总镇经略就故意下令先截断皮岛部明军们的补给和商船贸易，眼看着皮岛就要断粮，只能上报朝廷请求支援。
在关键时刻袁总镇经略又假惺惺地给皮岛送去了好多钱粮。
这让不知情的明东江总镇总兵：毛文龙，表示非常感谢，他亲自派人前去宁远卫感谢袁总镇经略，但是袁总镇经略却传话称；下个月要去皮岛视察军情？
5月10日，出现了日食现象，明毅宗立即传令因旧历法推算日食失验，欲加罪钦天监官员。
然而明都察院河南道监察御史：徐光启，却上言“台官测候，本郭守敬法，元时尝当食不食，无怪今日之失，宜及时修治，请参用西法。”
于是明毅宗准之，急诏欧洲西西里传教士：龙华民，等泰西人（欧洲洋人）编修新历法，再以明都察院河南道监察御史为监督，西历自此开始在大明与旧历并行。
5月20日，在双方谈妥了划定疆域后，明辽东总镇经略就履行了与后金的承诺，先是中断了从漠南蒙古人那里，购买后金鞑子首级的协议，结果引来了替明军打头阵斩杀东虏建奴（后金八旗）而流血牺牲的漠南蒙古人的强烈不满。
同时也给了东虏建奴鞑子更多的生存空间，之前朝廷明确规定给予漠南蒙古人30两银子买一个东虏建奴壮虏首级作为奖励，而现在袁总镇经略直接取消了这个资金，估计这笔钱都进了自己的口袋。
这还不算在与后金的议和书中，提出要运送物资，因此袁总镇经略就盗卖军用物资及大量粮食假意给漠南蒙古科尔沁部落（当时后金的附属国，也就相当于送物资给敌人没区别，只是为了不让朝廷发现才故意贩卖的）。
当然了要后金无缘无故撤出广宁卫等地，那也是要付出行动的？因此袁总镇经略就留下一封书信称“使者来时，我已出海。”
6月初5日，袁总镇经略就以阅兵为名义悄悄出海来到皮岛，岛上各兵列队迎接即将登岸的袁大人，就连明东江总镇总兵也来出迎，他站在岸边欢笑着，并询问道“不知袁督师大人驾到，敢问督师，打算何时出兵建奴啊？”
谁知明辽东总镇经略却回答道“明日即可出兵北伐。”
随后就邀其观将士们一起观看射箭，还与明东江总镇总兵设宴饮酒畅谈一番。
酉时，席间的袁大人突然说道“你在边疆这么久，实在太过于劳累了，还是待在你的老家杭州府西湖比较好。”
而毛总兵却说道“本镇也是这么想的，只是东虏建奴尚在，岂敢独自享福！”
然而袁大人则说道“待尔去后，自然会有人来替你的。”
不料这句话瞬间引起了毛总兵的关注，他连忙说“身边都是本镇之人，此处何人能够代替？”
自知理亏所以袁大人并没有回答这个问题，而是接着说道“本部院此来劳军，你且收下，兵士每人赏银一两、布一匹、米一石，均按人头发放。”
见到有物资毛总兵大喜过望，连忙说道“本镇此处共有三千五百五十七人，明日就去领赏。”
另外毛总兵还表示跟以前一样，你们不用管我，我部东江镇以及皮岛人马均自筹军费，由本镇亲自统帅皮岛兵马，抵抗后金。
由此袁总镇经略想要彻底控制皮岛的欲望被破灭了，没有得到满足，让他非常苦恼。
次日，经过一夜的反思之后，袁总镇经略就以犒赏三军为由在自己的军帐中，再次召见毛总兵，而毛总兵则代表将士们表示感谢，并把自己的几个军官也都带了过来。
到了这个时候毛总兵已经上当了，等于自己和几个手下将领们都已经在袁大人的控制之下了。