正月28日，大明缅甸军民宣慰使司兼东吁王朝国主：南达勃因（汉名：莾应里）再次率军乔装打扮，以之前的道路行军进犯云南承宣布政使司永昌军民府、腾越州，一带地区。
明云南副总兵：万国春，连夜设立火炬为疑兵，出动骑兵恐吓缅军，在发火炮打退象军，驱逐入侵缅军出境外。
并追击到莫蛮安抚使司，击败其众。
6月13日，安土桃山幕府关白先是利用自己的关白（丞相）职位，向安土桃山幕府后阳成天皇：周仁，下令派遣使者对马岛国藩主：宗义智，跨过朝鲜海峡前往李氏朝鲜王国，商谈借道朝贡大明之事。
以之前明嘉靖二年公元1523年浙江承宣布政使司宁波府「宁波卫争贡事件」为由再次向大明帝国进贡。
在派出安土桃山幕府对马岛国藩主：宗义智，作为使者前去通告李氏朝鲜宣祖昭敬郡王河城大君：李昖，表示幕府使团将于次年春天假道李氏朝鲜前去进贡（进攻）大明帝国，并请予以协助配合。
并且由关白殿下致书李氏朝鲜郡王，书信写道“幕府关白：丰臣秀吉，谨答李氏朝鲜国王足下，吾邦诸道，久处分离，废乱纲纪，格阻帝命，秀吉为之愤激，披坚执锐，西讨东伐，以数年之间，而定六十余国。秀吉鄙人也，然当其在胎，母梦日入怀，占者曰：‘日光所临，莫不透彻，壮岁必耀武八表。’是故战必胜，攻必取，今海内既治，民富财足，帝京之盛，前古无比。夫人之居世，自古不满百岁，安能郁郁久居此乎？吾欲假道贵国，超越山海，直入于明，使其四百州尽化我俗，以施王政于亿万斯年，是秀吉宿志也。凡海外诸藩，役至者皆在所不释。贵国先修使币，帝甚嘉之，秀吉入明之日，其率士卒，会军营，以为我前导。”
然而李氏朝鲜作为大明帝国的藩属国，因奉大明为宗主国不敢背叛为由而拒绝，毕竟倭寇在东南沿海劫掠人人得而诛之。
然而实际上是并非如此，这只是对李氏朝鲜王国的花言巧语罢了！真正的目地则是借道李氏朝鲜，出兵攻打大明帝国，再以大明帝国作为跳板进攻莫卧尔帝国（印度蒙兀儿王朝）这样既满足了统一幕府藩国之后无地分封，又能满足自己灭了亚欧五大帝国；西班牙哈布斯堡王朝、萨法维王朝（伊朗王朝）、奥斯曼帝国（土耳其帝国）、大明帝国、莫卧尔帝国，其中的两个。
此举直接遭到了李氏朝鲜宣祖昭敬郡王河城大君：李昖，的拒绝，认为安土桃山幕府带这么多人借道过鸭绿江，前往辽东都指挥使司这根本就不是去朝贡？而是前去攻打大明帝国。
因此不同意安土桃山幕府关白：丰臣秀吉，的请求，再加上当时的李氏朝鲜八道武备废弛，李氏朝鲜宣祖昭敬郡王河城大君：李昖，又重文轻武，导致国内各派内斗激烈，以致于；国人不知兵二百馀年，由此引发了后续的战争。
不过李氏朝鲜郡王也把此事写成奏折上报给了大明帝国。
6月30日，南直隶苏州府、松江府，发生大水，淹死数万人。
7月17日，南直隶苏州府、松江府、常州府，以及浙江承宣布政使司宁波府、绍兴府，濒海地区又发生大风雨，海溢伤害庄稼，淹死人畜不计其数。
同时明太子太保兼武英殿大学士：许国，上疏称“今四夷交犯，而内外小臣争朝务攻击，致大臣纷纷离去，谁能再为国效力？请申谕诸臣，各修职业，不得意气用事，攻击大臣。”
明神宗：朱翊钧，得知后，立即告诫六部和都察院官员们，下令道“近来或卑凌尊，或新间旧，或僚属而制官长，或长吏而排阁臣，致使国事纷纷，朝纳混乱，大臣解体，争欲去官，国无其人，朕与谁共理国事！今后再有肆行诬蔑大臣者将重治不贷。”
7月24日，明福建按察佥事：李琯，上疏弹劾论前任明内阁首辅：申时行，十大罪！其一；明盐城县训导：庞尚鸿，奏寿宫（明神宗选择的陵墓）有水、不吉利，但明内阁首辅却置之不理。其二；倡言陛下欲另立皇太子，谋拥立之功。其三；请陛下下诏禁言路。其四；将明南直隶国子监司业：刘应秋、明广东布政使司右参议：章守诚、明南直隶吏部验封清吏司主事：蔡时鼎，告发自己罪状的奏折留中不发，其欺君罔上行为甚于张阁老。其五；其子：申用嘉，假冒籍贯，中浙江承宣布政使司乡试、其婿：李鸿，假冒籍贯纳监，村民：沈璟强、汪让，代为取中。其六；纵容家人：宋九通，贿纳京卫经历使司，未尝历俸，竟得双封。其七；受明兵部右侍郎兼都察院左副都御史：郜光先，之贿金，而私授他为总制陕西三边总督军务官职，致使敌寇盘跨两川。其八；私收明辽东总镇总兵：李成梁，贿金为他掩盖败绩，阵亡八百人，竟反以奏捷议赏。其九；为明湖广巡抚兼都察院右副都御史：秦耀，报私怨，而暗中排挤明吏部尚书：宋琯，为明金门备御千户：徐春时，复私仇，而排斥明吏科左给事中：张养蒙。其十；接受被罢官回府听候处理的明漳州府知府：胡继新，之珠宝而私自将其留用，接受因罪被审问的明神武中卫指挥佥事：李时孝，之宝玉，而免去其罪。
最后还列举了明文渊阁大学士：王锡爵，的诸多不法事件，称其与前任明内阁首辅：申时行，是；同恶相济、宜并罢斥，以正欺蔽之奸。
在明福建按察佥事：李琯，将奏折呈上去后，明武英殿大学士：许国，立刻辩说法司弹劾阁臣无先例。
于是明神宗传令由；六部、六科，进行私议，处决把李琯革职为民。
8月初9日，南直隶凤阳行都督府泗州以及泗州卫大水，淹没卫指挥所公署三尺深，溺死军民无数，且浸及凤阳行都督府祖陵〈孝陵卫〉。
为此明工部尚书：曾同亨，奏报此事上朝堂惹得群臣们议论纷纷，明神宗遂命明工科给事中：张贞观，前往凤阳行都督府泗州卫勘视水势。
9月12日，河套打儿汉子部首领：土昧，与河套永谢部首领：唐兀·明安，打算向朝廷提出互市请求，复开临边要赏，声犯内地以求赦书。
这引起了坐镇在陕西承宣布政使司的，明兵部尚书兼陕西三边总督：魏学曾，的注意他特地传令让，明延绥总镇总兵：杜桐，率军出击斩杀河套永谢部首领。
很快明延绥总镇总兵：杜桐，就与明延绥总镇巡抚：贾仁元，用计先出兵奇袭河套永谢部逼出首领追击。
在让明榆林卫右参将：张刚，出延绥总镇镇羌守御千户所神木县，明镇羌守御千户所游击将军：李绍祖，自延绥总镇孤山堡出击，主力方面由明延绥总镇总兵：杜桐，率领轻骑自延绥总镇榆林卫，三道并进夹击敌寇。
明军一遭遇到河套永谢部就力战，大破敌军斩首四百七十三人，河套永谢部首领：唐兀·明安，被明军火铳队射杀。
消息传开之后，河套部驻扎的漠南蒙古各部就像炸开了锅一样，以原大明袄儿都指挥使司，现今河套鄂尔多斯部为主打头阵，打算对明军进行报复，自此陕西承宣布政使司兵端复开。
河套永谢部首领之子：唐兀·摆言太，日思报复大明，打算联合明袄儿都指挥同知：孛儿只斤·卜失兔（大明顺义郡王兼漠南蒙古土默特部首领：孛儿只斤·扯力克，长子）、漠南蒙古多罗土蛮部首领：孛儿只斤·火落赤、河套鄂尔多斯部忙忽军民千户：垒青古拉齐（铁雷）、河套鄂尔多斯部万户兼吉能：孛儿只斤·诺延达喇，河套鄂尔多斯部干鲁忽奴千户：孛儿只斤·切尽黄台吉、漠南蒙古敖汉部首领：孛儿只斤·小歹青，等部进攻大明帝国。
导致明延绥总镇总兵：杜桐，先是被朝臣给弹劾罢免，后又以功劳，授封为「右军都督府都督佥事」。
10月初1日，明工部尚书：曾同亨，督工，请「清皇内府工匠」由其弟明光禄寺少卿：曾乾享，上疏请求；裁冗员以裕经费。
京营各路武官听信流言，误以为欲减其俸粮，共同起事拥兵从内城直入左右长安门，欲向皇城内的内阁群臣们控诉情况，恰好偶遇明工部尚书出朝至此，遂闹嚷大哗围而辱之。
明兵部尚书：石星，闻讯立即前往，传旨宣布解散闹事京营武将，并且惩罚掌管后军都督府事的明太子太保兼定国公：徐文璧，被夺俸半年，守门官由法司提审问罪。
同时明辽东总镇总兵兼宁远伯：李成梁，随着他官场的不断发展，为越发变得贵极而骄，奢侈无度，全辽的商民之利他都揽入自己名下，从此他结交权门和朝廷的官员。
在11月初9日，被明都察院山东道监察御史：张鹤鸣，给弹劾，不成想明神宗直接就罢免了李成梁在辽东都指挥使司的职务，仅仅以大明宁远伯的身份让李成梁来朝觐见。
之前明宁远伯：李成梁，在辽东都指挥使司的时候，所立的战功大多数都是在塞外，很容易缘饰真实情况。
如果敌寇进入内地，就以坚城清野作为依托，拥兵观望形势然后出击，甚至可以掩饰败绩变为功劳，杀良民冒充敌军的首级，也是常有之事！
导致阁部的官员们都被他所蒙蔽，总督、巡抚、监察御史，稍微有与他忤逆的意思，就被他排挤出去，以至于都不能检举他的不法行径。
先后有明辽东巡按兼都察院山西道监察御史：陈登云、明都察院河南道监察御史：许守恩，得到了他杀降冒功的罪证，想要上奏，却被明辽东巡抚兼都察院右佥都御史：李松、明都察院右副都御史：顾养谦，等人的阻止。