接下来是为红a和caster职阶的库丘林进行灵基再临。卫宫士郎重新为魔术阵填充了一些材料，先让红a站了上去。
在魔术阵运转起来后，前后经过了四次灵基再临。红a获得了saber和caster两个职阶，后面的两次灵基再临，将他的力量提升了许多，但他并没有获得新的宝具。
卫宫士郎看着从魔术阵中走出的红a，对他的变化再是熟知不过，所以士郎并未询问红a获得了什么能力。
红a这边，通过四次灵基再临，获得了其他职阶的灵基『插』件，对他的能力也是一次巨大的提升。获得了caster职阶的红a，因为‘道具做成’这个能力，意外的对他的投影魔术有了加成作用，使他投影的魔术得以降低了三分之一的耗魔量。再加上saber职阶的剑阶的灵基适『性』，让红a获得了一个特殊的能力——技能读取。
所谓的‘技能读取’，也叫做‘能力读取’、‘战斗经验复写’。红a可以通过投影的方式，从所投影的武器中，获取到原主的战斗经验。虽然这个能力仅限于剑阶兵器，但他可以从这个技能中，获得极大的好处。
接下来轮到库丘林则获得了lancer和rider还有berserker三个职阶的能力和力量。新的宝具也获得了几件，总的来说，提升很大，但比不上阿尔托莉雅的大。
最后一位轮到了吉尔伽美什。吉尔伽美什本来就很强，不过能变得更强他也不会拒绝。
本来他对这次的灵基再临不是非常上心，但他也不想被别人个拉下，所以也接受了这次的可以称之为灵基改造的灵基再临。
“哼，本王的灵基可不是区区凡俗能够限制的，既然如此，那本王一定要用最好的，和你们区别开来，才能显现出本王的不同！”如此傲慢地宣告着，吉尔伽美什一边从王之财宝里拿出一件件道具，一一填入魔术阵当中。那一样样珍宝，比起士郎为阿尔托莉雅准备的材料不知要好了多少倍。
伴随着士郎输入魔力，启动魔术阵，一道通天的金『色』光柱贯穿了夜空，照亮周边的范围。浩瀚的魔力波动，甚至惊动了暗藏的不祥阴影。看着远处升起的光柱，它们迅速向卫宫邸这边靠近过来。
卫宫士郎这边，因为事先早有准备，他早在附近布置了一些催眠结界，周边的住户在魔术的作用下全都陷入了沉睡中，不会因为这些魔术现象而惊醒了周边的住户。
仓库里，吉尔伽美什站在魔术阵中，身上闪耀着明亮的金『色』光辉，一丝丝鲜红纹路缠绕在他身上。四周的道具和材料在魔术作用下，分解成了无数光子的状态，环绕在吉尔伽美什身边。
很快，吉尔伽美什完成了灵基改造。经过改造后，他的职阶彻底变了。变成了一个他所独有的职阶——吉尔伽美什。这个灵基就是以他的名字命名的，所以不算在任何职阶里面。
原本的archer职阶，还有他所能获得的caster职阶和saber职阶，rider职阶，全都化为了类似‘吉尔伽美什’职阶的附属品，融入了这个职阶中。如果用电脑浏览器来比喻的话，吉尔伽美什改造的成的灵基就是浏览器本身的话，那些一般的archer，caster和saber还有rider职阶的灵基，全部就是浏览器的外扩『插』件。
不过，也许因为是灵基再临的原因，吉尔伽美什本身的脾气意外地变得好了许多。这么说吧，archer职阶的吉尔加美什，是他青年的暴君时期，脾『性』是他人生阶段中最坏的那个。
唯我独尊，霸道，不讲理等等让人厌恶的特质，都集中在了这个时段。而archer这个职阶，就是这段时期的体现，所以在所有职阶中也是最强的一面。
经过了灵基改造，完成了灵基再临之后，也许是因为其他职阶特质的中和，吉尔伽美什的脾气，有了很大的改善。虽然本身仍旧傲慢，但却不会如同archer职阶所展现的那样，完全的中二和一点就炸的脾气。
得益于这一点，大家和吉尔伽美什相处时的感官也好了很多。虽然伊莉雅仍旧对吉尔伽美什不喜欢，但她起码不会那么防备了。
就在他们完成了灵基再临的当晚，就发生了激烈的战斗。因为吉尔伽美什的灵基改造和灵基再临时，所发出的浩大声势，完全无法掩藏起来。间桐脏砚和间桐樱，率领黑saber和lancer还有rider、assassin，一起前来攻击。
黑无『毛』被蓝『色』的阿尔托莉雅给击退，库丘林对上了对面的rider，红a则和lancer美杜莎再次对决。至于剩下的assassin，被赫拉克勒斯给拦住。除了这四个老对手之外，对面甚至召唤出了新的archer——阿塔兰特，和新的berserker——贝奥武夫。
面对阿塔兰特和贝奥武夫这两骑从者，吉尔伽美什直接出手挡住了他们。
那边，间桐樱身穿着黑『色』的长裙，血『色』的纹路爬满了间桐樱的身躯。从她身上，卫宫士郎感受到了更加严重的恶意和不祥的气息。
士郎看着变成这样的间桐樱，不禁为她的变化而惋叹。远远地看着间桐樱，卫宫士郎叹息了一声，对她说道：“樱，你为何不放下心中的执念……”
“前辈——”间桐樱打断了士郎的话，“我就只有你了啊！连你都不要我了，这个世界上还会有谁来怜惜我呢？所以说，前辈，不要怪我！”
“……樱！”士郎看着叹息了一声，低低地说道：“抱歉！”
身影猛然动了，一刹那间，士郎脚踏瞬步，在下一瞬间，来到了间桐樱的面前。
“前辈……”间桐樱猛地一怔，随后身上爆『射』出一条条仿佛漆黑丝带一样的东西。
翻身，闪避，挥手格挡，魔术的光辉强化手里的武器，锋利的锋刃，切断了丝线的连接。由黑泥混合虚数属『性』形成的魔力触手，被士郎以专精针对魔术的武器给斩断。
“rule breaker！”斩断丝线后，士郎脚步一转，瞬步切换到了间桐樱的右前方，瞬间与她错身而过，手里的弯曲匕首，直直刺入了间桐樱的腹部。
“呃……”这一瞬间，间桐樱猛地顿住了，神『色』中全是怔愣和茫然。下一瞬间，浑身包裹的黑『色』连衣裙，瞬间化为黑『色』的魔力流，挥散一空。
这一刻，间桐樱浑身变成了赤『裸』的状态。微微撇过头，士郎投影出一片被单，将间桐樱给盖在了下面。
使用万戒必破之符，切断了间桐樱体内的残缺小圣杯与大圣杯的联系，间桐樱身上那庞大到挥霍不完的魔力，瞬间消退了下去。
使用了万戒必破之符，不止是小圣杯与大圣杯的联系，就连与servant的契约，都被这把专门针对魔术的宝具给切断。正在与这边servant进行战斗的敌方从者，瞬间被陷入了不利的状态。
刚刚才召唤出来的阿塔兰特和贝奥武夫两人，因为激烈的战斗，很快就被吉尔伽美什给击杀。