就在龙谦连日研究军队整编的时候，全*事局势再起变化。
10月9日，西南传来好消息。
第二师出广西后没有先定贵州而是先进云南，是因为就军事力量而言，云南强于贵州。另外，受孙文在两广武装反清的影响，云南的同盟会反清势力也较强。云南籍留日学生大批加入了同盟会，比较著名的有杨振鸿、罗佩金、唐继尧、叶荃等，这些人回国后大批发展同盟会势力，使得云南成为政治上倾向孙文的省份之一。西南诸省中，云南的军事力量也是比较强的，在1909年初，云南已成立了新军第十九镇，辖三十七、三十八两协四标，虽然装备训练比起北洋六镇差得多，但毕竟是一直成建制的军队了。
龙谦率第五镇进占两广后，即命情报处加强对云南的工作。在1908年初即组建了昆明站，开始了对云南各派力量的调查和渗透。而龙谦平息了新宁之乱，起兵反清后，反复指示经略西南的第二师要稳扎稳打，先切实控制广西后再西进云南。所以，在山东、北方两军捷报飞传，南方军主力势如破竹北伐的情势下，第二师（当时只有一个完整的建制旅）一直停在广西，一面招降清剿广西清军，一面组建训练第六旅，第一师打下长沙，第二师尚在广西停步不前。
长沙之战后，第四旅归建。蓝心治上报了进军西南的计划：集中第二师主力自广西挺进云南，先不管贵州，第一步解决云南问题。而第四旅不必折返广西而是自长沙西进，经湘西叩四川之大门，相机夺取重庆。第四旅的任务不是攻略四川，而是牵制西南，为师主力夺取云南创造条件。
该计划经总部反复研究后批准。但龙谦署名的电报指示蓝心治，就军事而言，第二师主力两个步兵旅加上师直属部队并不战局绝对的优势。尤其要考虑第六旅这支刚组建的部队严重缺乏战争的考验，不堪大用，还要考虑周冯事件后对第二师的影响，加上过于遥远的后勤补给路程。军事解决云南的难度是很大的。但云南问题的核心不在于军事，而在于政治。要善于利用蒙山军全国范围内大胜的声势，并且将这种声势发挥到最大。促使其内部发生有利于我们的变化，要相信，云南的地方势力（主要是满清势力）及同盟会势力在全国局势巨变的情况下是会产生动摇的，要促成这种动摇，以利于军事上的迅速解决。龙谦特别强调，不管什么人，只要愿意与蒙山军合作，一概给予团结。委以重任。
龙谦几次跟司徒均、曹敏忠等人谈起对第二师的担心。其中就有对蓝心治独领一军的担忧。但彼时别无他策了。不过，蓝心治在平定西南的过程中打消了龙谦的疑虑，这是他出任西南军区司令官的主要因素。
跟蒙山军高层预料的一样，南方军夺取长沙后，云南终于乱了。七十四标统罗佩金、二营管带刘存厚、一营管带唐继尧。七十三标三营管带李鸿祥，炮十九标管带刘云峰等利用蒙山军的声势发动了昆明事变，杀死了十九镇统制官，夺取了昆明城，云贵总督等满清高官乘乱逃走，云南成立了军政府，罗佩金为都督。云南脱离满清宣告独立。
按说云南起义后应当在政治上表态站队的，支持同盟会还是蒙山军？必须做出明确的选择。但奇怪的是云南军政府一直没有这样做，令蒙山军总部十分的不解。当时龙谦生病，王之峰自作主张派员携了伪造龙谦签名的信函到昆明，转交都督罗佩金，希望云南加入蒙山军阵营。王之峰这样做是征求了司徒均意见的。司徒均当时被龙谦的病吓坏了，觉得这样做也无所谓，没什么后遗症。等情报处特使去了昆明听了昆明站的介绍，方晓得云南在独立后分成了两派，一派以罗佩金为首。坚决支持孙文的民党，这不奇怪，本来他们就是同盟会嘛。另一派以唐继尧、刘存厚为首，却认为蒙山军大势已成，决不能与蒙山军为敌。两派谁也说不服谁，越谈越僵，渐有火并之势。
这大概就是云南虽然独立，但却在政治态度上模棱两可的缘故。
于是，特使找上了刘存厚和唐继尧，给他们看了伪造龙谦签名的信函，表示既然罗佩金不识大体，蒙山军总部一定支持刘、唐二人，希望他们切实控制手里的军队，待蒙山军第二师逼近昆明时做策应，将来自然跑不了开国元勋的待遇。
刘存厚和唐继尧自然非常高兴。表示一定按照龙大帅的指示办事。这个时候，封国柱已经取得了汀泗战役的胜利，武昌指日可下。刘存厚及唐继尧正想怎么联络蒙山军呢。现在龙谦的人带来了他的亲笔信，自然让决定改换阵营的刘、唐等人十分欣喜。
待第二师进入云南，逼近昆明，唐继尧和刘存厚设计，以大敌当前，云南部队应精诚团结共度时艰为由，邀请罗佩金、刘云峰等人到唐继尧家里商议大局。罗佩金不虞有诈，不听刘云峰劝告欣然赴会，被扣。唐继尧本来是要杀掉罗佩金的，但刘存厚不忍，只是将人给扣了下来。于是忠于唐、刘的部队猝然发难，包围罗佩金、李鸿祥的部队，将其强行缴械。然后派出联络官，引导第二师第五旅进入了昆明城。
蒙山军不战而平定云南。整个事件蓝心治第二师没有战死一人，倒是云南部队死了十几个，李鸿祥在事件中被杀。
这是10月8日的事。消息传至北京已是次日了。刚妥善解决北洋军改编的龙谦闻报大喜，立即以蒙山军总部的名义授予云南起义部队第二十二师的番号，任命唐继尧为第二十二师师长，刘存厚为云南都督。
这样凭空又多了一个师。尽管这个师的实力尚不清楚，更不能马上使用。但第二师主力兵不血刃解决云南，使得兵力本来捉襟见肘的西南方面立即变得宽裕起来，即使预定投放四川的曹锟第十三师不上去，第二师已有余力进军贵州，从南面威胁四川。促其转变了。
此时，挺进湘西的第四旅沿辰州、永顺已至酉阳，一路上倒是打了几仗，当地的防营怎么会是正规军的对手？第四旅目前已经进入川东。在酉阳、石柱间休整，准备向重庆进军。留守武昌统揽南方战局的司徒均下令第四旅暂缓前进，他认为云南问题解决后，贵州已是囊中之物。命令进入昆明的蓝心治相机派出不少于一个旅的部队北进贵州，逼迫四川做出最后的站队。
现在西南问题只剩了一个四川了。司徒均自武昌连发电报，建议在武昌补充休整的第三旅结束休整，沿长江西进，接应第二师向四川的进军。
此时各大军区已经成立，军区配属部队已经明确，但司徒均似乎不等曹锟师南下了。认为依靠原南方军现有兵力即可解决四川问题了。
在北京的龙谦将司徒均的电报转给了蓝心治。蓝心治迅速回电，不同意总参的意见，认为目前第二师主力仍需留驻云南，其第五旅可以北出贵州，但驻武昌之第三旅在东南问题尚未彻底解决。黎元洪第十四师未曾整编南下两广前不可轻动，建议曹锟之十三师立即南下，归西南军区直接指挥。即使曹师不能全师出动，至少应在数日内先期开动一个旅，该旅乘火车抵汉口后，立即装船，逆长江而上。攻击四川。此为万全之策。
龙谦同意蓝心治的意见。这份电报巩固了蓝心治的地位，龙谦认为其具备一个战区司令应有的全局观念。于是龙谦亲自拟写了关于西南战局的电文，发西南军区的同时转总参，强调西南问题应稳步解决，不可存了毕其功于一役的想法。
龙谦再次召见尚未返回衡水大营的曹锟，介绍了西南局势并转达了西南军区司令官蓝心治对使用十三师的意见后询问曹锟。可否在七至十日内完成一个旅的整编并统军南下？曹锟表示可以。提出了以原第三镇改编为十三师第三十七旅的意见，建议吴佩孚统领该旅先期北上，以完成总部对四川的军事计划。但曹锟提出了对原第三镇两个协统的安排要求，龙谦答应了曹锟的要求，答应将二人调回总部侯用。但龙谦强调三十七旅南下曹锟应当亲自统率，三十八旅及师部的组建，曹锟可委托蔡锷实施，具体问题可以电报指示。
曹锟领命后当日便与蔡、吴二人离京返回了衡水。
安顿了西南，龙谦将目光转向了西北。
再说西北。西北诸省以陕西为第一，西北的中心城市是西安，也是中原进入西北的门户。早在袁世凯发出归蒙山军的通电后，陕西省便通电拥护，但其过程也是一波三折，充满了戏剧性。
陕西虽为西北政治军事的中心。但兵力并不强。1906年，陕西巡抚李鸿勋将前任巡抚升允组建的常备军改编为陕西新军第二标，他自己又招募青壮千余人组建了第一标。算是搭起了一个协的架子。次年，即1907年，新任陕西巡抚恩寿奉旨编扩新军一镇，他委派道台王毓江主办其事，但钱粮被姓王的贪污，军队也没有编成。直到龙谦起兵反清，陕西的所谓正规军也就是两个装备训练均很差的步标，朝廷也没有授予番号。
陕西军事力量极差，但会党及随后发展势力的革命党力量却原来越强，各级官员对中枢越来越失望。宣统元年（1909年），西安街头便有民谣，“不用掐，不用算，宣统不过两年半。”新军军官陕南人钱鼎及咸宁人张凤翔都是同盟会成员，组织了“军事研究社”为掩护，积极从事反清工作。蒙山军举义，钱鼎、张凤翔等人认为时机已经成熟，于是在八月底举行了武装起义，哥老会首领万炳南积极协助，起义军顺利占领西安，连巡抚衙门都是哥老会攻占的。
于是，几经争议，以张凤翔为“秦陇复汉军政府”大统领，钱鼎、万炳南为副统领。陕西算是“光复”了。跟云南一样，光复后的山西面临站队问题，是向蒙山军靠拢还是拥护不成气候的民党？“秦陇复汉军政府”内部发生激烈的争吵，万炳南是极力主张归顺蒙山军的。钱鼎摇摆不定，张凤翔则主张立即联络同盟会要员前来主持大局。
九月初，陕人于右任奉孙文之命回到陕西，接管陕西军政。却引发了西安之变。此时。清廷已经退位，蒙山军夺取天下的大势已成，万炳南说服钱鼎，扣押了张凤翔及于右任，在袁世凯发出通电的第二天便宣告陕西归顺蒙山军总部。于是，吴念第七师经豫西西进，入潼关，顺利占领西安，也是一个兵不刃血的过程。
根据总部的指示，吴念在进驻西安后委任钱鼎为陕西民政长。目前正在整顿陕西部队，将其整编为第七师第二十一旅。主力暂时停在西安，停止了西进的步伐。
坐镇武昌的司徒均认为，东南战局已经明朗化，既然总部虑及两湖广大的地域间竟然没有一支蒙山军主力部队镇守而不准第三旅西进四川。所以，可令第三旅暂留武昌。待河南、湖北降军彻底整编后方可动用。但建议第一师立即西返，经武昌北上西安，抓紧进军西北。
司徒均分析了南方局势，认为东南虽然在军事上即将平定，但非驻重兵不可，仅靠一个第三师负责江苏、浙江、福建、江西四省军务是不够的！而且福建仍处于独立状态为实现军事上的占领。目前进入江苏腹地的第六师暂时不能返回山东。而广西民风强悍。第二师主力西移后，仍有部分地方势力采取观望态度，没有真正投诚我军。两湖至少应有一个主力师驻扎以策应南方与西南的变局。综算下来，司徒均认为南方军力至为空虚，应当抽调蒙山军老部队至少一个师南下“填补空白”。
龙谦接电后给司徒均回复了一份长电。通报了军事整编的总体方案，在原定的六大军区加一个卫戍区不变的情况下。国防军师级部队不是在武昌商定的十三个而是十七个了（含云南二十二师）。这样，总参所考虑的南方空虚的问题即将得到解决。第六师可暂驻江苏，待南方军区两个师及西南军区一个师组建部署到位后，总参所顾虑的兵力紧张的问题将迎刃而解。
龙谦电示司徒均，大军区组建令及司令官的任命将立即公布。总部将着手组建军事委员会以代行中央政府成立前的过渡阶段。总参机关在南方军区组建、胡宗玉就位后即行北上。
司徒均复电完全同意龙谦对于军务的安排，特别提醒龙谦关注北洋军的整编以及曹锟第十三师的南下。他汇报说，黎元洪非常配合，出任十四师师长至为妥当。
10月9日，蒙山军总司令部发布了组建北方、中央等六大军区的命令并公布了军区防区、驻地及司令官名单。
龙谦委托副总司令鲁山、宁时俊负责改编及组建新师。这事一件非常重要的任务，涉及到大量的部队调动、换防以及人事安排。但龙谦表示完全委托鲁、宁二人负责，方案报批后即行实施。
鲁山和宁时俊首先对北洋部队提出了整编方案：以原北洋第二、四镇组建第十二师，师长冯国璋，参谋长张清义（原25旅参谋长），辖第三十四旅，旅长陈光远；三十五旅：旅长李纯；以原北洋第三镇、第六镇组建第十三师，师长曹锟，参谋长渠庶士（26旅参谋长）；辖第三十七旅，旅长吴佩孚；三十八旅：旅长蔡锷。
为了控制两个由北洋整编的新师，鲁山从北方军调了三十名营连长充任两个新师的团参谋长、营长及连长。这是龙谦与北洋诸将商谈时确定的整编原则之一，同时，北洋军将抽调差不多同等数量的军官到国防军的几个新师中任职，职务一般不低于原职。
程二虎第四师、熊勋第五师、姜义柳第八师、丁小富第十五师、高虎子第十六师的组建将放在第二批。
鲁山与宁时俊拿出的意见是这样的，在完成第十二、第十三师的组建后，将首先组建熊勋第五师，因为该师将用于北方，在决定对外蒙出兵后，蒙山军老部队仅靠第九师及独立骑兵旅是不够的。计划从第25、26、28、29四个旅各抽调一个整团，加上原京师第一混成协的降兵及新招的新兵先将第五师的架子搭起来，然后出关整训，作为鲁山对外蒙进兵的后备部队。相关的炮兵、骑兵、工兵部队均从北方军抽调，山东方面迅速抽调新生产的武器补充该师。考虑到北方军原先的枪械为俄制口径，而山东军、南方军为德制口径，而山东的军工实力已经很可观，第五师部队就此换装德制枪械，以便后勤供应。
为此，鲁山、宁时俊给龙谦的报告中建议确定国防军武器标准，先将现有俄制枪械弹药集中于郑双庆第九师，待条件具备后逐步换装山东造武器。
随后是第十四师的组建，因为该师部队为原二十九混成协及黎元洪起义部队为主，鲁山、宁时俊建议该师的组建工作交给仍在武昌的总参谋长负责。
而姜义柳第八师将依托第一师组建，鲁山、宁时俊同样不负责不负责该师的组建，交由南方军区负责。
最后是预定划拨卫戍区的第四师、中央军区的第十六师及东南军区第十五师。由于兵员、武器的严重缺口，鲁山建议十六师在山东组建，第四师在京畿组建，时间要稍后一点。
而第十五师则参照第十四、第八师的办法，交由东南军区组建。
还有一份满清的“遗产”，及山西成立的第四十三混成协。在北洋通电后，山西第一批宣布归顺蒙山军。该混成协目前仍在山西，只有两个不完整的标。鉴于陕西驻有蒙山军主力，山西的稳定不存在问题，鲁山建议将山西新军整体划入熊勋第五师，番号为第十四旅，立即北上绥远，控制内蒙核心，为预定用于外蒙方面的北方军区独立骑兵旅后援。
龙谦批准了鲁山、宁时俊的方案。
安顿好这一切后，龙谦终于可以着手考虑政务问题了。