一切始于虚无：
在神奥传说中，虚无之地出现了一颗蛋，并孵化出名为阿尔宙斯的宝可梦，而后阿尔宙斯建立了宇宙，并且创造出帝牙卢卡、帕路奇亚、骑拉帝纳。帝牙卢卡与帕路奇亚拥有掌控时间与空间的能力，而骑拉帝纳则有掌控反物质的能力，它存在于毁坏的世界之中。接着，在世界诞生之初，阿尔宙斯创造了亚克诺姆、由克希和艾姆利多，分别代表共存于现代的人类和宝可梦之中的意志、知识与感情。它们存在于今天被称为立志湖、睿智湖、心齐湖等湖泊的异空间里，被称为湖之传说的宝可梦。宝可梦世界中出现了天冠山一类的地块，传说随着雷吉奇卡斯在陆地间的移动，形成了各个地区，在天冠山周围形成的是神奥地区。在这场造山运动中，神奥地区的东北部出现了严酷山，在其中的岩浆中诞生出席多蓝恩。
海陆空的决斗：
在丰缘地区，固拉多从地底的岩浆中诞生，盖欧卡在深海的海沟中出现，烈空坐则形成于臭氧层的物质中。烈空坐在臭氧层中盘旋，偶尔也会来到天空之柱休憩。固拉多和盖欧卡分别扩张着大陆与海洋。两只超古代宝可梦终于碰面，带来了为争夺在宝可梦世界之初的优势而进行的激烈战斗。烈空坐最终平息了这场战斗，并使得固拉多与盖欧卡回到各自长眠的洞窟中。为了防止两只超古代宝可梦再度醒来，朱红色宝珠与靛蓝色宝珠被制造，并保管于送神山。
日与月的开始：
同时，阿罗拉进入初始形成时期，但没有光明，天边三只传说中的宝可梦出现，索尔迦雷欧、露奈雅拉与奈克洛兹玛给阿罗拉带来了光明，随后奈克洛兹玛渐渐消失了光，进入沉睡之中，索尔迦雷欧与露奈雅拉也消失在了天边。
史前冰河世纪：
许多年之后进入了史前时代，并出现了多种存在于那个时期的宝可梦。考古学家已证实这些宝可梦分布于各个陆地，在今天形成了化石并包含着宝可梦的遗传基因。世界上更多地存在其它种类的宝可梦，除了宝可梦之外，宝可梦世界上还出现了人类。在石器时代、冰河时代和铁器时代，雷吉奇卡斯分别创造了雷吉洛克、雷吉艾斯和雷吉斯奇鲁，它们藏于丰缘地区，并作为打开在雪峰神殿雷吉奇卡斯封印的钥匙。而在伽勒尔地区，雷吉艾勒奇的力量给人们造成了灾祸，为了限制它的能力，古代的人们便在它身上安装了器具。雷吉奇卡斯还曾经试图用龙之能量的结晶制作雷吉铎拉戈，但却因结晶不够而只制出了它的头部。古代的人们害怕当有朝一日雷吉铎拉戈的整个身体都被制作出来，自己的国家会惨遭毁灭，因此便将其封印到了神殿深处。
广阔的大宇宙：
约年前，无极汰那伴随陨石降落到伽勒尔地区，扭曲着周围时空，散发的能量令那里宝可梦出现极巨化。无极汰那和代欧奇希斯等宇宙宝可梦一样来自地球以外，侧面证明了宝可梦星球以外存在宝可梦生命迹象。
为了吾之所爱：
约3000年前，卡洛斯地区发生战争。当时的国王az的宝可梦朋友花叶蒂死亡。az因而开发出了最终兵器。1500年前，最早的文字书写方式在阿露福遗迹、阿斯卡纳遗迹和随意遗迹出现。考古学家尚不能确定未知图腾和这种书写方式究竟哪个最先出现，但显然它们之间有某种关联。在此时期，鲤鱼王的种群发生突变，成为了最脆弱的宝可梦。约800年前，在临死之际，哲尔尼亚斯释放x\/伊裴尔塔尔 吸取Y了卡洛斯地区的生命能量，之后在森林x\/山脉Y陷入沉睡。
金银开始形成：
在700年前的近代，在缘朱市相继建造了9层高的铃铛塔和钟之塔。两座塔象征着宝可梦与人类之间的友谊和共同生活的希望。从塔顶一览的情景十分壮丽。西边的是唤醒宝可梦的钟之塔，而东边的塔是宝可梦的休憩之处。据说在当时，一只巨大的银色宝可梦栖息于钟之塔顶，相对的铃铛塔则住着彩虹色的凤王。然而，在150年前，一场闪电击中了钟之塔，剧烈的大火燃烧了整整三天，在一场倾盆大雨之后才被熄灭。洛奇亚和凤王逃离了这场灾难，之后洛奇亚到漩涡岛栖息。在那时起，第一届宝可梦联盟比赛开始举办。
第“零”区的建造：
200年前，在帕底亚地区，第零区观测队抵达了第零区最深处。观测队队员海哲撰写的探险记《朱之书》／《紫之书》开始发表并流行起来，但因内容充斥着难以置信的描述和荒唐无理的插画而被众人当作是超自然文学。在大约140年前，有人在第零区发现了太晶化的宝可梦，虽然人们把这些宝可梦从第零区带了回来，但它们失去了身体的光芒。之后很长的一段时间里，太晶化现象都被谜团笼罩。在距今10年前，奥琳博士／弗图博士解明了太晶化的原理并发明了太晶珠，让这项技术得以实用，并且提供给了宝可梦联盟和学校。
冲突长达十年：
在数年前，人类从梦幻的基因中克隆出超梦，超梦逃脱了人类的控制并破坏了红莲镇上的宝可梦屋。不久之后，红莲镇的火山喷发破坏了岛上的许多区域。在现代时期，秋叶原博士创造了第一只人造宝可梦多边兽。另外熔岩队和海洋队的老大唤醒了固拉多与盖欧卡并使它们再度交战，又再度被烈空坐平息。
在现代，由于环境的异常变化，神奥地区开始变得寒冷。邪恶组织银河队使用红色锁链使湖之众神召唤出了帝牙卢卡，帕路奇亚和骑拉帝纳。由于主角的干涉，银河队的计划没有得逞。那时在天冠山顶出现了一个时空裂缝，也是毁坏的世界的入口。骑拉帝纳和银河队老大赤日进入了毁坏的世界，之后这个入口的关闭让神奥地区恢复了平和。
在近年，以n为首的等离子队在合众地区活动。魁奇思以合众的建国传说四处游说，表面上是想解放宝可梦，实际上在酝酿更大的阴谋。而n则为他的理想捕捉了捷克罗姆或莱希拉姆，当击败冠军阿戴克后，主角在各个道馆馆主的帮助下，唤醒了另一条龙宝可梦在n的城堡及时阻止了n，但n幕后的魁奇思露出了他的真面目。由于主角的活跃，逮捕了魁奇思，n乘着捷克罗姆\/莱希拉姆飞走。国际刑警官员帅哥在主角的帮助，逮捕了等离子队余党，合众地区的风波被平定。2年后，等离子队分裂成两派。魁奇思带领等离子队企图用酋雷姆的力量冻结合众地区，后来被主角及n阻止。魁奇思却让酋雷姆和捷克罗姆／莱希拉姆 合体。最后，酋雷姆被主角制服，合众地区免于受到危机。
就在这段时间里，卡洛斯地区的闪焰队打算使用“最终兵器”改变这个世界。因而唤醒了哲尔尼亚斯x／伊裴尔塔尔Y。主角制服了它们以后，卡洛斯地区3000年前的国王az的后代，闪焰队老大弗拉达利使用能进行超级进化的宝可梦打算阻止主角离开闪焰队秘密基地。最后，主角成为冠军，回到密阿雷市接受表扬。az与花叶蒂再次相遇。卡洛斯地区脱离了危险。
近年，以太基金会理事长露莎米奈为收集究极异兽，她通过一系列手段打开了究极空间，但是她的女儿莉莉艾和儿子格拉吉欧都离她而去。之后以太基金会分部长扎奥博邀请了主角和哈乌来到以太乐园，在他们与露莎米奈一同见到了ub01：寄生物，之后乘势绑架了莉莉艾。在主角和哈乌解救出莉莉艾后，主角和莉莉艾前往到波尼岛，让小星云进化为索尔迦雷欧S／露奈雅拉m，并进入究极空间让露莎米奈迷途知返。在打败了露莎米奈后，露莎米奈理解了莉莉艾的感受。主角一行人乘坐索尔迦雷欧S／露奈雅拉m返回到阿罗拉地区。
若干年后，伽勒尔联盟的会长洛兹使用一系列手段唤醒了无极汰那，并称要“保护伽勒尔地区的未来”而获取无尽能源。后来，主角一行人来到了微寐森林并找到了腐朽的剑和盾。主角与赫普随即赶往拳关竞技场并来到了地下工厂中。主角遇到了洛兹并与他对战，洛兹在战败后阐述了他的理由。在拳关竞技场塔顶，丹帝试图使用精灵球捕捉无极汰那，可惜并未成功。这时，主角与赫普挺身而出，但他们的攻击对无极巨化后的无极汰那没有效果。此时，他们想起了腐朽的剑和盾，并拿出了它们，苍响和藏玛然特出现并与两人共同作战，最后成功击败了无极汰那。最后，主角在微寐森林再次与苍响\/藏玛然特相见，并让伽勒尔也恢复了和平。
在这之后，帕底亚地区的派帕为了寻找自己长期不露面的母亲奥琳博士／父亲弗图博士，与几名同学：主角、妮莫和牡丹前往帕底亚巨坑，在第零区内发现了被封锁的悖谬宝可梦。众人在第零区深处的零区研究所，惊讶地发现之前的博士是AI机器人的事实，真正的博士已经在一年半前因第4观测站发生的事故过世了。博士AI请求众人帮忙关闭能够捕捉不同时间线的宝可梦并将它们呼唤到现代来的时光机，以制止悖谬宝可梦再度被召唤而影响帕底亚地区的生态，但关闭时光机的同时博士AI会因保卫时光机的程序而进入战斗模式。在主角击败了博士AI之后，乐园防卫程序又接管了博士AI以阻止时光机的关闭，并封锁了众人的精灵球，放出了另一只故勒顿／密勒顿，千钧一发之际主角的故勒顿／密勒顿与乐园防御程序展开对战，最终恢复正常的AI一方面为了关闭时光机，另一方面也为了实现博士的遗愿，决定通过时光机前往古代／未来。