继柯南和爱丽丝后，又有新的转校生要转到班上来了。
三小只正和柯南与小女孩讨论新同学会是什么样的性格。
元太：“只要是可爱的女孩子就好啦。”
光彦：“不论是男生女生，性格好才是最重要的。”
步美：“柯南，还有爱丽丝，你们觉得呢？”
柯南：“我看，搞不好是个只会读书的书呆子呢。”
小女孩：“我觉得会是比较成熟稳重的人吧。”
步美：“我从教职工那里听说了，她姓灰原哦。”
元太：“灰原，好奇怪的姓啊。”
不一会，灰原哀就在老师的带领下走进了教室。
元太一脸激动地希望灰原哀能在自己边上坐下，但灰原却自顾自地走到柯南的另一边坐下了。
在坐下来之后，她还若有若无地瞥了一眼小女孩，随后才对柯南说了句请多指教。
放学后，少年侦探团的几位直接找上了灰原，邀请她放学路上一起走。
也许是招架不住几人的热情，灰原冷淡地说出了自己家的地址：“米花町二号街二十二号。”
柯南：咦，那不就是我家附近吗？但那附近没有姓灰原的人家啊。
在储物间，步美邀请灰原加入少年侦探团，同时，元太发现了自己鞋柜里对少年侦探团的委托信。
问清楚后才知道，原来是俊也同学的哥哥失踪了。于是众人就前往他的家中调查。
在房间调查一番无结果后，元太有些泄气：“你哥哥不会是离家出走了吧。”
“不大可能，离家出走一般都是会把钱包带上的。”柯南展示了一下手中刚搜到的钱包。
“这么看来，俊也同学的哥哥很可能被卷入什么事件难以脱身吧。”小女孩在一旁补充。
又过了一会，步美招呼大家过来看她在床底发现的画作。
元太：“好奇怪的画啊。”
小女孩：“毕加索、梵高、莫奈、高更、尤特里罗，都是名家的画作呢。”
灰原：“应该都是临摹作品吧，不过，爱丽丝同学懂得真多呢。”
小女孩：“我爸爸有一位意大利来的朋友就是画家，是他教给我这些的。”
柯南内心碎碎念：那位朋友不会是叫艾格·瓦尔登吧。
光彦：“这些作品都很像真的呢。”
元太：“啊？那他不会被抓去画画了吧。”
小女孩：“不，这些画作的笔触、色彩、技法还差得远，达不到赝品的水准。”
“爱丽丝说的没错，而且如果是绑架的话，绑匪的目的一定不是钱。”柯南边说边把下一张画作抽出。“这不是夏目漱石吗？”
俊也：“嗯，我哥哥的偶像就是他，哥哥还拿这张画去参加画展了呢，不过只有一个全身穿着黑色的奇怪女人夸赞了这幅画。”
一听到黑衣，柯南瞬间dNA动了，拉着众人就行动起来了。
“柯南，别着急，我记得夏目漱石是在一千元的纸币上......”小女孩出声提醒。
“对啊，也就是说，那些人可能是抓了你哥哥去画假钞了！”
碰巧的是，众人在便利店刚好遇到一个用一千元只买一包烟的奇怪男人，柯南小声对小女孩说：“爱丽丝，拜托你稍微拖住他们一下了，我不想让你们陷入危险。”说完他就追了上去。
用贴上追踪器的纸钞追踪到车站后，柯南又通过几位小店店员提供的线索，得到了确切的地点——大渡间车站。电车到站后，柯南就决定向房屋中介询问租房信息。
房屋中介：“喂，小朋友，你这样会影响我们工作的，快和你的朋友一起回去吧。”
“朋友？”柯南一回头，发现其他人正站在玻璃橱窗前盯着他。
光彦：“多亏了灰原同学，我们才能追到这里来哟。”
小女孩一脸歉意：“抱歉，我尽力了，柯南。”
根据房屋中介的线索，柯南他们知道了这帮印假钞的犯人就藏在警局旁边，简直是灯下黑。
但显然当地警察没把几个小孩子的话当真，柯南只好到一旁用工藤新一的身份打给了目暮警部。
此时的少年侦探团已经偷偷溜进了绑匪的老巢，绑匪们已经不满足于夏目漱石，准备进军福泽谕吉了。被发现的众人被一男一女的两个绑匪控制了起来，幸好柯南及时回来救场，制服了除黑衣女人外的其他歹徒。
就在黑衣女人试图捡枪还击时，灰原抢先举起枪，对着报社的玻璃来了一下，被枪声惊动的警方立刻出动，将匪徒抓捕归案了。
令柯南感到遗憾的是，这个黑衣女人与组织完全没有关系，让他不禁感叹白忙活一场。
最后，小女孩与柯南一起陪“被吓哭”的灰原回家。
走到半路，灰原冷不丁地发话：“Aptx4869，那就是你们服下的那种药的名称。”
柯南试图装傻：“你在说什么啊，我和爱丽丝同学才没有吃过那种药呢。”
“是吗，那是组织命令我制作的药品，我是绝对不可能记错的。”
“而且我和你们一样，都吃了那种药，身体缩小了。”
“而且，我不叫灰原。雪莉，就是我的代号。”
柯南心中警铃大作，但是令他想不通的一点是，为什么灰原说小女孩也吃了那种药？
“我说得没错吧，工藤新一，以及，德罗斯家族的现任家主，爱丽丝·德罗斯女士。”
柯南：？！爱丽丝就是德罗斯夫人？
“虽然那位奥尔菲斯·德罗斯将你的身份隐藏为自己的女儿，但是你似乎是突然出现在他身边，并且完全没有你婴儿时期的任何记录。所以你应该就是那位因意外报道神秘失踪的德罗斯夫人了吧。”
“还有你，糊涂大侦探，我家住在米花町二号街二十二号，还没反应过来吗？”
“那是，阿笠博士家，你把阿笠博士怎么了？”
“你觉得他会怎样呢。”
正当柯南焦急地打电话试图求证阿笠博士的安危时，一旁的小女孩突然发话了。
“很遗憾，你猜错了，灰原同学。我当然不是德罗斯夫人。”
“但家里确实不会有我婴儿时期的记录，因为我出生时就长这么大了。”
这下就是两人份的震惊了。
柯南：“所以，你是克隆人吗？”
“也可以这么说，毕竟，爸爸很想念妈妈嘛。所以我是从爸爸的‘回忆’里诞生的。”
小女孩走到两人身前，露出甜美又有些诡异的笑。
“这件事我从一出生就知道了。”