虽然古老封印在林羽等人的努力下得以加固，但宇宙似乎并未就此平静。在完成仪式后的日子里，林羽总有一种不安的预感，仿佛有一双隐藏在暗处的眼睛正窥视着他们的一举一动。
这种不安很快得到了印证。在一个偏远的矿业星球上，矿工们在挖掘作业时，意外地挖出了一些奇怪的晶体。这些晶体散发着诡异的光芒，并且有着与神秘势力相似的能量波动。消息很快传到了联合体系总部，林羽立刻带领一支调查小队前往矿业星球。
当他们抵达时，整个星球都被一种莫名的紧张气氛笼罩着。林羽等人来到晶体发现的现场，那些晶体被放置在一个临时搭建的研究站内。科学家们对晶体进行了初步检测，结果让所有人都倒吸一口凉气。这些晶体似乎是一种信号发射器，它们正在向宇宙的某个未知方向发送着信息。
林羽意识到，这可能是新的危机的导火索。他决定顺着信号的方向追查下去，看看幕后黑手究竟是谁。调查小队沿着信号的轨迹，穿越了几个星系，在一个黑暗且寒冷的星系边缘，他们发现了一艘巨大的废弃飞船。
这艘飞船的设计风格前所未见，船身上布满了神秘的符文和伤痕，仿佛经历了一场惨烈的战斗。林羽带领队员小心翼翼地进入飞船，里面一片死寂，但却弥漫着一股强大的能量气息。在飞船的主控室，他们找到了一些记录信息的设备，经过艰难的解码，信息显示这艘飞船来自一个早已被宇宙遗忘的古老文明。
这个古老文明在灭亡之前，似乎在研究一种能够控制宇宙能量的禁忌技术。而那些在矿业星球发现的晶体，就是他们研究的产物之一。更可怕的是，信息中提到，这种技术一旦被完全掌握，使用者将拥有改变宇宙规则的能力，甚至比之前神秘势力和古老邪恶存在带来的威胁还要巨大。
就在林羽等人还在消化这些信息的时候，飞船的防御系统突然启动。无数的能量射线和机械陷阱向他们袭来，调查小队陷入了绝境。林羽迅速组织队员进行抵抗和突围，在激烈的战斗中，他们发现这些防御系统似乎是被某个外部力量远程操控的。
经过一番苦战，他们终于逃出了飞船。但刚一出来，就遭遇了一支神秘的舰队。这些战舰的外形和那艘废弃飞船相似，显然是来自同一个源头。一场新的战斗就此打响，神秘舰队的攻击凶猛而精准，联合体系的调查小队逐渐处于下风。
林羽知道，不能让这些敌人逃脱，否则宇宙将再次陷入巨大的危机。他决定孤注一掷，他集中自己的全部力量，施展出一种全新的能量技能。这一技能爆发出了惊人的威力，将神秘舰队的阵型打乱。调查小队抓住机会，发起了猛烈的反击，成功地摧毁了大部分敌人的战舰。
然而，在战斗的最后时刻，一艘神秘的小型飞船趁乱逃离了战场。林羽知道，危机并没有解除，那艘飞船很可能会带来更多的麻烦。他带领调查小队返回联合体系总部，向大家通报了新的情况。联合体系再次进入高度警戒状态，各个文明纷纷加强防御，并开始研究应对这个新威胁的方法。
林羽明白，他的守护之路永无止境。他看着宇宙中那些为了和平而忙碌的身影，心中暗暗发誓，无论未来有多少艰难险阻，他都将作为宇宙的守护者，站在最前线，与黑暗势力战斗到底，守护宇宙的永恒和平。