成功摧毁海边要塞的核心装置后，联军士气大振，但林羽深知，这只是与神秘组织决战的序章。他们必须乘胜追击，不给敌人喘息的机会。
在短暂的休整后，联军根据新收集到的情报，锁定了神秘组织的总部位置。那是一座隐藏在崇山峻岭之间的巨大堡垒，四周被强大的能量护盾保护着，还有各种致命的防御武器。
林羽和各方首领再次聚首，商讨进攻总部的计划。这将是一场前所未有的艰难战斗，每一个细节都必须考虑周全。他们决定从空中、地面和地下三路同时发起进攻。
空中部队由各个基地中最优秀的飞行员组成，他们驾驶着经过改装的飞行器，携带大量高爆弹药。地面部队则是联军的主力，装备了最精良的武器，分成数个方阵，准备正面突破敌人的防线。地下部队由擅长潜行和爆破的人员组成，他们的任务是破坏敌人的能源供应系统，削弱能量护盾。
行动开始，空中部队率先发动攻击。飞行器如离弦之箭冲向堡垒，然而，刚接近能量护盾，就遭遇了密集的防空火力。一时间，天空中火花四溅，爆炸声此起彼伏。尽管损失惨重，但飞行员们没有退缩，他们凭借着高超的驾驶技巧，不断寻找着护盾的薄弱点。
地面部队在枪林弹雨中前进，他们遭遇了神秘组织派出的大量战斗机器人和变异生物。这些敌人配合默契，形成了一道坚固的防线。联军战士们奋勇作战，青年身先士卒，他手中的巨斧每次挥动都能将敌人的机器人砍成废铁。战士们在他的带领下，喊着口号，一步步向着堡垒推进。
地下部队则在复杂的地下通道中艰难前行。这里布满了各种机关和陷阱，但他们凭借着专业的技能和顽强的毅力，巧妙地避开了危险。在接近能源供应系统时，他们遭遇了敌人的巡逻队。一场激烈的地下战斗就此展开，双方在狭窄的通道中短兵相接，互不相让。
林羽在地面部队中指挥作战，他密切关注着各方的进展。当他看到空中部队损失惨重，却无法突破护盾时，他心急如焚。这时，少女带着几个有特殊能力的战士来到他身边。少女说，他们可以尝试用精神力量干扰护盾的能量频率。
林羽立刻组织起一支特殊小队，协助少女等人。在他们的共同努力下，护盾的能量出现了短暂的波动。空中部队抓住这个机会，集中火力攻击波动点，终于成功打开了一个缺口。飞行器鱼贯而入，朝着堡垒内部投下炸弹，给敌人造成了巨大的混乱。
地下部队也传来好消息，他们成功破坏了部分能源供应系统，护盾的强度明显减弱。地面部队趁此机会，发动了更猛烈的攻击。他们突破了敌人的防线，与堡垒内的敌人展开了激烈的巷战。
神秘组织的总部内一片混乱，但他们仍然负隅顽抗。联军战士们在各个角落与敌人展开殊死搏斗，每一个房间、每一条走廊都成为了战场。林羽带领着小队，朝着神秘组织的核心指挥室冲去，他们知道，只有摧毁那里，才能彻底结束这场战争。
在通往指挥室的道路上，他们遭遇了神秘组织的最后防线——一群经过特殊强化的超级战士。这些战士拥有超强的力量和速度，而且不惧疼痛。联军战士们再次陷入苦战，但他们的眼神依然坚定，为了人类的未来，他们愿意付出一切。