旧都南京也设六部，称南六部，另有一套职官，但又不全置，其职权远不如北京六部。一般是安置地位崇高的退闲大臣。
中央六部七品及以上文官167人，七品以下文官112人，共计约279人。南北六部共计约558人。
都察院设正二品左右都御史2人，正三品左右副都御史2人，正四品左右佥都御史2人，正六品经历1人，正七品经历1人，十三道正七品监察御史110人，七品以下5人，共123人。
南京都察院设正二品右都御史1人，正三品右副都御史1人，正四品右佥都御史1人，正五品经历1人，正七品监察御史30人。七品以下3人，共37人。
都察院掌管监察、弹劾以及建议。十三道监察御史巡按州县，专事官吏的考察、举劾，对中央各衙门实施全面、有效的审计监督。
都察院不仅可以对审判机关进行监督，还拥有大事奏裁、小事立断的权利，为最高监察机关。监察御史品级不高，出外巡查时权力却很大。
通政使司设正三品通政使1人，正四品左右通政2人，正四品誊黄右通政1人，正五品左右参议2人、正五品经历1人，正六品知事1人。七品以下2人，共10人。
通政使司掌管内外奏章传达封驳之事，接受四方建言、申诉冤滞、举报等事。
大理寺设从三品大理卿1人，从四品左右少卿2人，从五品寺正2人，从六品寺丞6人，从六品司直6人，七品以下主簿、评事共10人，大理寺一共28人。
大理寺负责复核刑部审判的案件，分理京畿、十三省刑名之事。
六部尚书与通政使、大理寺卿、都察院左都御史合称六部九卿。
大理寺与刑部、都察院并称三法司。刑部没有终审的权力，刑部负责审判，都察院监督刑部是否严格按照司法程序审判，大理寺负责复核。遇有重大案件，由三法司会审，亦称三司会审。
六科给事中设正七品都给事中1人，从七品左右给事中2人，给事中65人，共计68人。六科给事中掌管侍从、规谏、补阙、拾遗、辅助皇帝处理奏章，稽察六部事务。
都察院监察御史负责纠察百官作风，六科给事中监督政策得失，同时负责稽查六部，对六部工作进行督促检查。两者构成了明代纠察弹劾官员的科道监察体制，互为补充。
六科给事中在明代被称为科官，十三道监察御史则被称为道官，科官道官共计约210人。由于科道官员专职建言乃至风闻言事，故又称为言官。
太常寺掌管祭祀，七品以上11人，七品以下73人。光禄寺掌管宴享，七品以上12人，七品以下9人。太仆寺管马，七品以上9人，七品以下5人。鸿胪寺掌管招待外宾，七品以上10人，七品以下60人。
太常寺、光禄寺、太仆寺、鸿胪寺与大理寺并称为五寺。五寺七品以上60人，七品以下157人，共计213人。
翰林院设正五品翰林学士1人，从五品侍读学士2人，从五品侍讲学士2人，正六品侍读2人，正六品侍讲2人，殿试中状元者，授修撰，从六品；榜眼、探花，授编修，正七品。翰林院约66人。
翰林院掌管制诰、史册、文翰、讲读经史、修撰国史等事。
国子监设从四品祭酒1人，从四品司业2人，从六品监丞1人，从七品主簿1人，博士、助教、直讲60人，国子监约65人。
国子监掌管教育，下设绳愆厅、博士厅、典簿厅、典籍厅、掌馔厅五厅，率性、修道、诚心、正义、崇志、广业六堂。明成祖朱棣迁都北京后，南京仍设国子监，时称南监，北京则称北监。
詹事府是负责辅助太子的机构，设正三品詹事一人，正四品少詹事一人，正六品府丞一人。詹事府设左右春坊、司经局、主簿厅。
太医院管理宫廷及贵族诊断、制药，设正五品院使一人，正六品院判二人，正八品御医四人，从九品吏目若干人。
皇室机构宗人府，掌管大明皇帝九族的宗族名册，并按时撰写帝王谱系，记录宗室成员子女的嫡庶、名称封号、嗣职袭位、生卒年间、婚嫁、丧葬谥号等事。凡是宗室陈述请求，均为之向皇帝汇报，并引荐贤才、记录得失等。宗人府，以元勋外戚大臣兼领，由礼部负责具体事务。
明朝除宗室外，文武官的封爵分为公、侯、伯三级，封爵上各加地名为封号，只有岁禄，并非实际的封邑。
大明的官员分为9品18级，文散阶有42阶，武散阶30阶，文勋10级， 武勋6品12阶。
明初洪武时期全国文武官员约3万人，到正德年间文官2万，武官8万。万历时期维持在8万人左右。万历后期，缺官严重，言官一人兼三差，言官少了一半以上。
大明中央各部包括南京留都班子人员七品以上官员约1200人，七品以下官员约800人，共计约2000人。地方政府七品以上官员约2000人，七品以下官员约人，全国文官不包含吏，约1.6万人，武官6.4万。
万历时期在籍人口有6000万，但户籍制度不完善，实际人口有1亿多。按照公务员与总人口1%的最低比例，大明公务员需要约100万人。以现在大明的经济水平，大明的官员比例只多不少。缺的是吏，是执行具体事务的基层公务员。
大明的行政官制体系复杂，行政效率低下。经过200多年的发展，官员盘根交错，不动大手术是无法根治扭转的。
大明行政官制体系必须进行一场非常大胆、颠覆式的变革。
大明地方政府实行一省分置三司的制度，三司分别为承宣布政使司、都指挥使司、提刑按察使司。
承宣布政使司主管民政，由中央六部领导。都指挥使司主管军户卫所番汉诸军，听命于兵部和五军都督府。提刑按察使司负责监察司法，听命于刑部。
三司品级排名上，都司为最高，其次布司，最下按司。
布政使司设正二品布政使一名，从二品左右布政使各一名，掌管一省政务，其下辅官有从三品左右参政、从四品左右参议等。
各提刑按察使司设正三品按察使一名，其下有副使，掌管一省刑名按劾，包括司法、监察等多重职能，逢重大事宜可以交三司会议，或上报巡抚、巡按。
三司制度原为防止地方权力集中，不过在实际使用中体现出一定的不便。宣德年间开始派六部、都察院大臣以总督和巡抚的名义督抚地方行政。
景泰时期成为各省常制，凌驾于三司之上成为一省甚至跨省的最高长官。同时兼任巡抚与总督的，称督抚。还有以监察御史为巡按，任监察之职的。
巡抚与布政司的隶属关系不一。有的是一个布政司上面有数个巡抚，如北直隶有顺天巡抚、保定巡抚、宣府巡抚三巡抚；南直隶有应天巡抚、凤阳巡抚。
巡抚主理民政，每省皆有。总督分短期与长期两种，与只掌握一省行政事务的巡抚不同，总督兼管数省，同时在政务之外也兼掌军务。此外还有河道总督、漕运总督等专管某项政务的总督官职。
省以下的各府设正四品知府一名，辅官有同知、通判等，掌一府政务，包括清军、巡捕、管粮、治农、水利、屯田、牧马等。府以粮收入分为三等，粮20万石以上为上府，20万石以下为中府，10万石以下为下府。
府与省之间又设道，于布政使司置参政、参议，称分守道，于按察司置副使、佥事，称分巡道。还有整饬兵备道、协堂道、水利道、屯田道、管河道、盐法道等，非常复杂。
各州设从五品知州一名，辅官有同知、判官等。凡省下的直属州，其地位相当于府，而府下的属州，则视为府下的属县，不过州官的品秩并无区别。
府、州下有县，各县设正七品知县一名，辅官有县丞、主簿等。县也按粮食收入分为三等，粮十万石以下为上县，六万石以下为中县，三万石以下为下县。
各地的军民府、土州、土县等建制，仿照普通的府、州、县。
道分两类，布政使司置参政、参议，分司诸道，称分守道。按察司置副使、佥事，分司诸道，称分巡道。还在一些地方设整饬兵备道。又有协堂道、水利道、屯田道、管河道、盐法道等。道之制度，在明朝已颇复杂。