期间，佐助稳骑在忍鹰加尔达背上，那如鹰隼般犀利的目光紧紧锁定雨琉村子里的每一丝细微变化。当他目睹神农替雨琉挡下陷阱苦无而“战死”的那一幕时，心中不禁暗自冷哼：“神农果然心机深沉，若不是遭遇鸣人，他这精心筹谋的阴谋恐怕早已顺遂得逞。”加之零尾那诡谲且强大无匹的力量，以及那充满神秘色彩的空中要塞，佐助深知神农所图甚是宏大，此人具备成为第二个半神的潜质。
佐助眉头紧蹙，宛如深锁的山川，思绪在脑海中如电光石火般飞速翻腾。思索须臾后，他终是做出决定，以影分身谨小慎微地追踪鸣人一行，而自己的本体则仿若幽灵一般紧紧跟随着神农。
鸣人等人离开之后，佐助屏气敛息，整个人仿佛与周遭的环境浑然一体，耐心静候最佳时机。只见神农刚施展完再生之术，身体极度虚弱，豆大的汗珠如雨般簌簌从额头滚落。就在这电光火石的一瞬，佐助犹如敏捷的猎豹瞬间发动攻击。他的写轮眼飞旋转动，眼中红芒烈烈闪烁，千鸟查克拉模式刹那间启动，手中的草薙剑千鸟刀闪耀着令人胆寒的幽蓝光芒，伴随着凌厉呼啸的风声，如闪电般向着神农迅猛如雷地突袭而去。
与此同时，神农在佐助这突如其来的狂暴攻袭之下仓促进行格挡，手中武器与佐助的草薙剑千鸟刀剧烈碰撞，瞬间迸发出刺目耀眼的火花。然而，他显然力有不逮，处于绝对的劣势下风，脚步踉跄着不断后退。
佐助目光一凝，犹如寒星般冷冽，敏锐地捕捉到这难得的契机，毫不犹豫地开启咒印模式一。咒印的黑暗力量如汹涌潮水般在他身上蔓延开来，肌肉高高隆起，青筋暴突而起。强大的咒印千鸟瞬间爆发，挟带着毁灭一切的磅礴气势直直地击向神农。神农根本来不及躲闪，被这强大的力量悍然击中，身体如同断了线的风筝般飞了出去，鲜血四溅喷射，在地上拖出一道长长的血痕。
紧接着，佐助双手飞速结印，施展出写轮眼幻术。在强大瞳力的作用下，神农的意识逐渐模糊不清，眼神变得呆滞无神。佐助顺利地从他的脑海中获知了空之国飞行忍具和空中要塞的使用技巧、再生之术的存放之处以及神农珍贵的医疗心得。为了避免打草惊蛇，佐助通过写轮眼独有的催眠能力，致使神农的记忆出现缺失，遗忘了此次激烈残酷的战斗。
然而，佐助心中另有筹谋，他深知此刻并非杀死神农的最佳时机。于是，他暂且放过神农，转身朝着空中要塞悄然潜行而去。
不久之后，佐助宛如一道暗影，无声无息地先行寻到了空中要塞。他如同幽灵一般，行动间毫无声息，悄无声息地避开了巡逻的空忍。他那敏捷的身姿如同矫健的猎豹，超凡的隐匿技巧更是让他仿佛与周围的环境融为一体，就这样毫无破绽地成功潜入其中。
要塞内部犹如一座庞大而神秘的迷宫，通道纵横交错仿若蛛网，房间星罗棋布令人眼花缭乱。佐助凭借着神农记忆中关于空中要塞的详尽地图，在这错综复杂的环境中敏捷地穿梭前行。他终于找到了再生之术以及空中飞行忍具和空中打击武器的存放之处。
佐助眼神中闪过一抹决然，迅速施展精妙绝伦的封印术，动作行云流水，将四套空中飞行忍具和空中打击武器精准无误地封印在封印卷轴之中。
完成封印后，佐助如鬼魅般隐匿在一个昏暗幽深的角落，将自身的气息完全收敛，仿佛彻底融入了无边无际的黑暗之中，静静地等待着神农、鸣人和雨琉的到来。果如预想的剧情一般，神农率先抵达。只见神农神色阴翳，目光中透着令人不寒而栗的贪婪与狡诈，仿佛一条随时准备出击的剧毒之蛇。
不久之后，鸣人、雨琉也接踵而至。刚一见面，双方之间的气氛瞬间紧张到了极点，仿佛一点即燃的火药桶。神农率先发难，双手快速结印，口中念念有词，瞬间，各种诡异的忍术施展开来。黑暗的能量球在空中疯狂飞舞，诡异的光芒闪烁不定，带着无尽的压迫力如汹涌的浪涛般试图压制鸣人一行。
鸣人怒目圆睁，大喝一声：“休想！”他体内的查克拉如汹涌的波涛般剧烈翻滚，光芒从他身上璀璨绽放，瞬间照亮了这昏暗的空间。他身形灵活如燕，在神农那密集如雨、变化多端的攻击中左闪右避。神农双手舞动，不断变换手印，一道道黑色的光线如毒蛇般刁钻地射向鸣人。鸣人侧身闪躲，光线擦身而过，击中身后的地面，激起一片烟尘。
神农见攻击无果，双手再次结印。刹那间，四周涌起黑色的雾气，化作无数尖锐的冰刺，从四面八方以刁钻的角度刺向鸣人。鸣人临危不惧，脚下查克拉轰然爆发，身形高高跃起，避开冰刺的同时，双手快速结印。
“螺旋丸！”鸣人大吼一声，手中凝聚出一个蓝色的能量球，朝着神农猛掷过去。神农侧身一闪，螺旋丸在他身旁爆炸，掀起一阵狂风。
神农趁机再次发动攻击，黑暗的能量在他掌心迅速聚集，形成一个巨大的黑色能量球，朝着鸣人轰去。鸣人双手交叉，硬接下这一击，强大的冲击力让他后退了几步，但他很快稳住身形。
双方你来我往，战斗愈发激烈。鸣人凭借着顽强的斗志和灵活的应对，逐渐占据上风。他的攻击越发迅猛凌厉，让神农渐渐难以招架。神农的额头上开始冒出豆大的汗珠，呼吸变得急促而紊乱。
而此时，一直在暗中观察的佐助看准时机，果断开启了咒印一模式。他身上的咒印如毒蛇般迅速蔓延，散发着邪恶而强大的恐怖气息，力量瞬间呈几何倍数暴增。
就在此时，鸣人也爆发出了令人震撼的强大力量。九尾那狂暴至极的查克拉在他体内汹涌澎湃地疯狂涌动着，他的双目变得赤红如血，双手迅速结印，速度快到留下道道残影，一个巨大的九尾大玉螺旋丸在手中飞速凝聚。强大的能量波动让周围的空气都仿佛要燃烧起来，空间都出现了微微的扭曲。
佐助的咒印千鸟闪烁着蓝紫色的耀眼光芒，如划破夜空的闪电般迅猛地冲向神农。神农左支右绌，疲于应对，额头上豆大的汗珠不断滚落，呼吸也变得急促而沉重。
然而，神农并未轻易放弃，他咬牙切齿，面目狰狞得近乎扭曲，再次施展出更为强大的禁术。但这一切都无法阻挡佐助和鸣人强大的联合攻势。
最终，在佐助咒印千鸟那凌厉无匹的冲击和鸣人九尾大玉螺旋丸那毁天灭地的威力双重夹击之下，神农惨叫一声，声音中充满了绝望与不甘。他的身体瞬间被这无比强大的力量无情撕裂，鲜血四溅飞射，如破碎的玩偶般飞了出去，重重地摔在地上，发出沉闷的声响。他的身体残破不堪，生机迅速消散，命丧当场。
鸣人看着突然出现的佐助，惊讶地询问：“佐助，你怎么在这里？”佐助面无表情地回复：“执行大蛇丸任务。跟我来吧，我知道你旁边小姑娘的村民在哪里。”鸣人一边紧跟在佐助旁边，一边不停地说着一路上的经历。
佐助接着说：“鸣人，我需要你的力量，使用查克拉控制空中要塞降落。”鸣人毫不犹豫地应道：“没问题！”
不久之后，鸣人和佐助默契无间地配合，干净利落地解决了空忍，并成功救出了雨琉的村民，让其乘坐救生艇有序离开。随后，佐助和鸣人前往前往空中要塞控制室，准备操控空中要塞降落在安全的地方。
期间，为了避免零尾挣脱封印出来为祸人间，佐助再次施展封印术，将零尾牢牢封印。由于要塞的飞行需要消耗巨大的查克拉，鸣人不得不借助九尾的查克拉。然而，佐助担心鸣人会因此尾兽化失去理智，于是开启写轮眼，使用强大的瞳力幻术操控九尾，让其免费为鸣人提供查克拉。
在两人的共同努力下，空中要塞终于缓缓降落到了安全之处。佐助也解除了对九尾的幻术控制。
之后，佐助召唤出忍鹰加尔达，带着鸣人返回雨琉的村子。在途中，佐助趁机对鸣人使用幻术和写轮眼催眠，让其遗忘空中要塞的控制方法以及降落地点。
他还和九尾打赌：“九喇嘛，我以后会解除对鸣人的催眠并告知详情，希望你不要帮他解开。”九尾愤怒地吼道：“邪恶的宇智波小鬼，你怎么知道我的名字。”佐助神秘地回复：“你猜。”九尾虽然心中恼怒，但最终还是同意了佐助的条约。
这场激烈的战斗终于落下帷幕，佐助和鸣人在这紧张刺激的冒险中，又一次书写了属于他们的传奇篇章。