这天一早，孙恩大军进入会稽郡城区域，谢琰派出广武将军桓宝为前锋，率军前去试探一下。
桓宝是刘牢之赴京口前，留给谢琰的一支北府军。他们与孙恩军队交战，大胜，斩杀不少敌人。
谢琰心里更加轻视孙恩军了。
他在打算吃早饭，忽然情绪高昂，对众将笑道：“诸位，咱们干脆现在全军出击，一举拿下敌人，然后回来吃早饭。现在，本将军命令，反攻！”
于是，会稽郡城守军从各自营帐出发，出城迎战孙恩大军。
谢琰亲自带着几千人，沿着荷塘之间的窄道追击孙恩的船队。
孙恩船上突然发射密集箭矢。谢琰猝不及防，死伤惨重。
接着，两边山地里又冲出一万多五斗米教农民军，将谢琰的队伍团团围住。
谢琰下令突围。
正在这时，谢琰身边的都尉张猛突然反水，一刀斩断谢琰坐骑马腿。
谢琰堕马。被张猛手下人乱刀砍死。
谢琰身边两个儿子谢肇、谢峻同时遇害。
一代名将谢琰，淝水之战谢氏双雄之一，因为轻敌，就此陨落。
他至死都没察觉到：这次他的两个对手，并不是宵小，而是惊才绝艳之辈。
他们的信徒不仅只有底层农户，在军队、士族中也有铁杆粉丝。谢琰信任的都尉张猛就是。
未来许多年，孙恩、卢循还会继续书写历史性篇章。
谢琰将军战死，令司马元显万分意外，也非常紧张。
他晋升刘牢之为镇北将军、都督会稽五郡诸军事。命刘牢之立即率军东征孙恩。
孙恩此时又进攻吴郡，杀死内史袁山松。
刘牢之派出北府军第一猛将刘裕对付孙恩。
刘裕人高马大，作战时往往一马当先，几次在数千敌人里来回奔杀，无人能敌。
果然，刘裕一出马，孙恩大军就被打得丢盔弃甲，死伤无数。只得再次登船逃到海上。
孙恩在海上，有一千多艘船，十几万人。他想着刘裕在南部，便率领船队直接由海路进入长江，打算进攻京口。
刘牢之命令刘裕立即披星戴月赶路，由海盐（嘉兴）向北堵截孙恩。他自己带大军直扑京口包抄敌人。
孙恩与刘牢之、刘裕多次交手，损失惨重。只得再次逃往海上群岛（舟山）休整。
孙恩这么一大圈折腾，十几万人折损一半。没讨到任何好处。
但他的这几次行动，成就了两个人，害惨了两个人。
成就的两人是刘裕、桓玄。
害惨的两人就是司马道子父子。
刘裕祖上是汉高祖刘邦本家。不过早已衰败，属于典型的寒门。他早年不务正业、无所事事。直到生计难以维持，快三十岁才加入北府军，混口饭吃。
孙恩起事时，刘裕三十多岁了，在北府军冠军将军孙无终手下担任司马。
北府军的军阶，沿用魏晋旧制。依次是伍长、什长、队长（50人）、屯长（2队、100人）、军侯（5屯称曲、500人）、司马（2曲称部、1000人）、校尉或都尉（5部为营、5000人）、将军或副手裨将、偏将（2营为军、1万人）。
再往上是杂号将军、重号将军、大将军、大司马。
刘裕三十多岁还只是司马，带兵1000，只能算低级军官。这是因为他参军太晚，军功太少。
刘裕正愁无处立功，孙恩起事，算是刘裕机会来了。
他的上司孙无终十分欣赏他，便把他推荐给北府军统领刘牢之。也是希望他能建功立业、加官晋爵。
刘裕也没让孙无终、刘牢之失望。他与孙恩交战，几无败绩。
他在刘牢之手下，由参军做起，通过讨伐孙恩，屡战屡胜、屡胜屡升，一路高歌猛进。每次交战，他的战果都是斩杀、俘虏敌军数以万计。
很快，刘裕升到建武将军、下邳太守。
孙恩起事，也给盘踞长江中上游的荆州刺史桓玄，找到了率军东下的借口。
荆州是桓玄之父桓温经营了几十年的老巢。桓玄担任荆州刺史，犹如虎归深山、龙入大海。没用多久，他就富可敌国，操练出十几万水、陆强军。
桓玄多次请求沿江而下，进驻京口，参加镇压孙恩暴动。
他是什么意图，朝堂上下清清楚楚。
司马元显觉得自己的地位受到严重威胁。于是准备向西讨伐桓玄。
桓玄得到消息，不但不惧，反而主动出击，率军向南进攻司马元显。
司马元显派刘牢之率北府军前去抵御。
两军在溧阳驻军对峙。
刘裕请求出战，刘牢之不允。
刘牢之对司马元显的德行十分清楚，也相当忌惮。
他觉得，自己此时击败桓玄，那自己必定成为司马元显的下个目标。
于是，他派儿子刘敬宣去向桓玄求和。
刘裕和刘牢之外甥何无忌，坚决反对刘牢之的做法。但没效果。
桓玄最后攻入建邺，斩杀司马元显，流放司马道子。
不久，他又找机会杀死司马道子。斩草除根。
刘牢之也是一代名将。但他先叛老板王恭、投靠司马元显，导致王恭被杀；现在又叛司马元显、投靠桓玄，导致司马元显被杀。
桓玄控制了朝廷后，认为此人名声已毁，不适合担任北府军统领。于是打算撤销刘牢之兵权。
刘牢之再次露出反复无常的本性，鼓动手下将领一起反叛桓玄。
包括刘裕在内的一众北府军将领，无人再愿追随他。
刘牢之便弃官逃跑了。逃出去后，他却发现天下之大，无人愿意收留他。于是上吊自杀。
刘牢之打算背叛司马元显、投靠桓玄时，刘裕坚决反对。
后来刘牢之又鼓动大家反叛桓玄时，刘裕也是坚决反对。
桓玄欣赏刘裕的铁血军人性格和非凡作战能力，想拉拢收买刘裕为己所用。于是任命他为中军参军。
五斗米教教主孙恩得知晋国朝廷里，桓玄与司马元显打起来了，于是趁机又率军来攻打吴地。
但这次孙恩的运气极差。他的队伍一上岸就遭遇刘裕等几路大军围堵，最后在临海郡被太守辛昺击败。队伍只剩不到万人。
孙恩被围堵，不愿被俘，投海自尽。
他的妹夫、副教主卢循收拾残军，乘船逃走。
桓玄控制朝廷大权后，改年号为大亨。
他任命亲兄桓伟为荆州刺史，从兄桓修为徐、兖二州刺史，从兄桓石生为江州刺史，从兄桓谦为尚书左仆射，发小卞范之为丹阳太守…
桓玄封自己为太尉、平西将军、都督中外诸军事…
桓玄牢牢掌控朝廷大权后，罢黜奸佞、擢用贤臣。晋国出现短暂欣欣向荣气象。
但刘裕、何无忌等人看得清楚，深知桓玄目的是篡夺皇位。心中十分警惕。