刘裕既为盟主，树的是反玄复晋大旗，这就很正义了，也相当有号召力。
他任命孟昶为长史，驻守京口，檀凭之为司马，随他出击。
之后刘裕帅着这一千七百人，从京口向建康进发，京口就是江苏镇江，离建康太近了。
同时传檄远近，扬言益州刺史毛宝之孙，毛璩，已定荆楚；江州刺史郭昶之奉迎主上，正返寻阳，镇北参军王元德占据了要塞石头城，扬武将军诸葛长尼已据历阳。也就是说，我为诸君盟主，桓玄大势已去，大家别跟着他了！
桓玄听闻刘裕起兵，十分不安，任命扬州刺史桓谦为征讨大都督。
桓玄认为：“彼兵快速来攻，兵锋锐利，若行遣水军，不足相抗；如果战败，则大事休矣，不如屯兵覆舟山以待之。彼空行二百里，相持不下，锐气会挫，然后再发大军，围剿他们，必惊惧散去。”
桓谦等人却主张立刻迎击刘裕，他就1700人怕他个球啊，于是桓玄便派吴甫之、皇甫敷，两员猛将为先锋，带着荆州军的精锐部队，去迎击刘裕。
刘裕与吴甫之在江乘也就是今天的江苏句容北遭遇。
刘裕手持长刀，亲自冲锋陷阵，直奔吴甫之，两边众寡悬殊，刘裕只有这一招，擒贼先擒王，吴甫之与刘裕打在一处，他虽然悍猛，可是和刘裕还不是一个级别的，刘裕可谓是历史上武力值的最高的帝王，恶战不已，吴甫之被刘裕斩杀。
桓军败退，刘裕追至罗落桥。
这时皇甫敷数千大军杀到，众寡悬殊，将刘裕团团包围，刘裕手下大将檀凭之力战而死，刘裕被皇甫敷带军打得连连退后，只能背靠大树，手持大刀，但是仍然不停砍杀！
皇甫敷心想：刘裕，这回你完了？喝道：“刘裕，这回我看你怎么死？”
遂举起大戟就要刺，刘裕突然瞋目大叱，皇甫敷居然被吓得后退几步。
正在这千钧一发之际，一箭飞来，正中皇甫敷额头，他惊骇不已，直挺挺向后倒去！
原来是刘裕的同盟军到了，战场形势瞬息而变，皇甫敷部众逃跑，刘裕赶到皇甫敷跟前，他居然还没有死，眼睛望着刘裕，仿佛有话要说。
昔日同袍，刘裕也是于心不忍，于是蹲下身，皇甫敷断断续续地说：“我看得出来，你是有天命的人，你杀了我之后，我的子孙就托付给你了！”然后引颈待戮。
刘裕叹道：“你放心吧！我一定优待你的子孙！”然后一刀砍了下去。之后刘裕确实厚抚其孤。
刘裕刘毅合兵一处，稍作休整，刘裕等到大军食毕，道：“悉弃其馀粮，继续进发，下顿饭，在建康开火！”
眼前便是覆舟山，主将桓谦，他是桓冲的儿子，手下兵众确实精锐，可是这里有个问题，他所率领大部分是北府军的旧部，刘牢之死后，北府军分崩离析，有些被桓谦收编，所以说这些人内心会向着谁多一些么？肯定是刘裕啊。
桓谦及游击将军何澹之屯兵覆舟山东北，后将军卞范之则驻军覆舟山以西，合计兵力数万人。
刘裕观察战场以后，率精军轻装接近覆舟山以东，又派出老弱布疑兵，张举旗帜为疑兵，数道并前，布满山谷，迷惑桓玄。
桓玄的侦察兵赶紧回报：“刘裕军马四塞，不知多少。”
桓玄忧恐，急调武卫将军庾赜[zé]之，率精兵出援各军
此时风向大变，直向桓谦军阵，刘裕与刘毅裕等分为数队，突击桓谦；两人都是身先士卒，将士皆殊死搏命，果真以一当百，呼声动天地。刘裕借风纵火，烟雾漫天，鼓噪之音震耳欲聋，建康骇然，桓谦诸军大溃。
桓玄一见，这不完了吗？大事去矣，连哭带嚎的，顺长江而下！跑路了！
刘裕仅用四天，首发一千七百人，就拿下了建康！
可是进了建康，四处寻找，始终找不到晋安帝司马德宗！
去哪里了呢？一打听，被桓玄带走了！不但如此，还有两个皇后，司马家的一些亲贵，都被胁迫而走！逃亡荆州。
刘裕一捂脑袋，桓玄你他妈有病啊！你都篡位了，把皇帝给废了，你带着他的意义何在呢？
还能用这个被你拉下马的皇帝号令天下吗？谁听你的？
你要是把皇帝留下，我还未必追你，你把他带走了，我不追你行吗？你非得学孙恩啊？不让我追死不罢休啊！
于是刘裕坐镇建康，主持恢复朝政，刘毅和何无忌等人继续带军向西讨伐桓玄，晋安帝得追回来啊！