来到研究所，众人见到了优子小姐。优子说，伦多博士担心小超想去植物园找他，然后就被人群卷入了撤离的队伍中，现在在拉鲁斯市外面的观测塔。
优子道：“罩住整个拉鲁斯市的保护罩是代欧奇希斯形成的，而你们看，裂空座都无法进入。”优子将城市上空的监控视频调了出来，可以看见，裂空座正在试图突破保护罩，而代欧奇希斯还在持续释放分身，抓人类和宝可梦，似乎在找什么东西的样子。
优子继续道：“我们也没有办法出去了！而且也没有办法跟外界联络了，供给城市的用电也切换到了省电模式，街上的系统也完全停止。并且精灵球的管理系统也失效了，无法将宝可梦收回或者是放出。”
小瞬道：“我们之中似乎只有小智博士的精灵球没有任何限制。刚才本来我就想用毒蔷薇来帮忙的，却没有办法让毒蔷薇出来。”
小遥拿出了力壮鸡的精灵球，怎么按都没有反应，道：“现在我们都没有办法使用宝可梦了。”
小智同样拿出了自己的精灵球，与众人不同的是，小智的精灵球能很顺利的使用，他道：“我想应该是‘它’的存在影响的吧！小刚你将空间里的宝可梦召唤出来试试。”
小刚道：“好！”小刚手里凭空出现了一个精灵球，道：“出来吧，九尾！”
九尾从精灵球里出来了！
小智道：“看样子空间里的宝可梦没有受到任何影响。”小智的猜想得到了证实。
小瞬疑惑道：“你们越说我越来越听不懂了！”
小智道：“小瞬，别眨眼。”小智将小瞬带进了他的空间中，小瞬惊讶于眼前看到的这么多神兽，小瞬眼前的景物再次变换，回到了研究所里。
小智道：“小瞬你再试试你的精灵球。”
这次小瞬很顺利的唤出了毒蔷薇。小瞬道：“......太不可思议了！”
小智道：“这可是我的秘密，记得保守！好了，现在优子小姐小姐说的精灵球的限制对我们已经没有影响了。”
优子见状也没有多说什么，小遥问道：“优子小姐，代欧奇希斯到底是什么啊？”
优子解释道：“是生活在大气层中的宝可梦。四年前，在北极圈内有一颗陨石坠落，从那颗陨石中诞生出来的新宝可梦。伦多博士给那只新的宝可梦命名——代欧奇希斯。那个时候，裂空座突然出现，就像今天这样攻击代欧奇希斯。伦多博士猜想，应该是裂空座认为自己的领地被侵犯了，被打败的代欧奇希斯就消失在了大海中。”
小刚提出自己的疑问：“优子小姐，你不是说代欧奇希斯被裂空座打败并消失在海里了吗？那今天出现的代欧奇希斯......”
优子继续道：“被打倒的代欧奇希斯，一定是花了很长的时间再生！因为当时的研究表明，代欧奇希斯拥有强大的再生能力。与其说今天出现在天空中的大量代欧奇希斯是分身还不如说是影子。”
小胜道：“现在只希望代欧奇希斯的分身没有钻墙的能力了，不然研究所也不安全了。”
小遥忽然道：“只是现在肚子好饿啊！”
小刚道：“我们的背包和刚买的食材都放在了宝可梦中心，要是我们没有办法离开研究所迟早会被饿死的。”
小遥表示不满：“我一定不要饿死在这里！”
小智道：“现在距离天黑也还有很长的时间，这样吧！小刚我们两个去宝可梦中心拿回背包，而且我还有些事情想要调查。超梦就决定是你了！”
“超梦要是有什么情况，你断后！”
超梦道：“我知道了！”小智将超梦留给了小遥他们。
小瞬道：“小智博士你放心，还有我的毒蔷薇它们呢！”
小遥道：“我也有力壮鸡它们。你们放心去吧！”
研究所的大门被打开，小智与小刚分别乘坐着拉帝欧斯和拉帝亚斯直奔宝可梦中心。
小智道：“小刚找到没有！”
小刚道：“找到了，食材都在。现在去宝可梦中心的仓库将水带走就可以了！”小刚将小智的背包递给了小智，自己则背上了小遥与小胜和自己的背包。
小智道：“加快速度，我去仓库，小刚你到门口等我。”
小刚道：“小智你要小心。”
小智直奔地下仓库而去，找到水后就将其塞进了空间中，这样还能保证水的安全。小智回到了门口跟小刚汇合，再次坐上了拉帝欧斯与拉帝亚斯的背往植物园的方向飞去。
小刚问道：“小智我们回植物园干什么？”
小智道：“我在想，之前我们只是看到代欧奇希斯在抓宝可梦或者人类，但却只是把他们带走，并没有伤害他们的意思。我的直觉告诉我，它像是在找什么东西，整个拉鲁斯市只有植物园里的那个能量体给我的感觉很像是代欧奇希斯。”
小刚道：“小智你是说......那个能量体是代欧奇希斯？”
小智道：“没错！所以现在要调查，现在无法联系渡先生或者是大木博士，所以只能亲自去确认一下了。”小智只是这么说，他其实早就确定了，那个能量体就是代欧奇希斯的灵魂，而本体就在研究所里。
小智他们成功降落在植物园门口，被破坏的大门依旧敞开着，但小刚感到有些奇怪，道：“小智，我们一路来都没有遇到一只代欧奇希斯的分身很奇怪啊！”
小智道：“应该是去对付裂空座了，我能感觉到裂空座很快就要进入到拉鲁斯市中了，只要那个保护罩被打破，我们也就能跟外界联络了。”
小刚道：“趁着代欧奇希斯还没有来，我们也要加快速度了。”
小智开启了波导之力，找寻能量体的位置，道：“找到了！”小智道：“你就是代欧奇希斯对吧！现在整个城市都被你的同伴为了寻找你而搞成了现在这样的状态，跟我走，我帮你再生你的身体。”
淡绿色的能量体出现在了小智眼前，应该是答应了。
小刚道：“我们还是往地下室的通道走吧！”
小智道：“好。”
小智与小刚成功回到了研究所，众人在饱餐了一顿后，优子就带着他们前往了地下的研究室。
那淡绿色的能量体再次出现，围绕着小超转了几圈后，回到了那个研究室中心的绿色结晶中。小智道：“优子小姐，现在只有让这只代欧奇希斯再生，另外这只代欧奇希斯才会离开。”
研究所中这个地下的研究室就是为了再生代欧奇希斯才制作的，再生的机器也准备好了，只是......
优子为难道：“要想再生代欧奇希斯，光靠应急电源根本不够。”
小智道：“交给我吧！闪电鸟、电龙就决定是你们了！闪电鸟电磁炮、电龙打雷。”小智戴上了Z手环对皮卡丘道：“皮卡丘准备好了吗？”“皮卡！”
小智把自己的帽子给皮卡丘，道：“皮卡丘让我们一起使用我们的超全力把，使用千万伏特！”
皮卡丘的千万伏特加上闪电鸟和电龙的电力完全超过了运转机器需要使用的电力，甚至现在的电压足够运转整个拉鲁斯市的运行了。
优子赶紧操作机器，抓紧了时间完成了所有的设定，道：“准备完成，现在开始启动机器。”随着优子按下了按钮，四道喷射而出的光芒照射到了代欧奇希斯的晶体上，耀眼的光芒晃了众人的眼睛。
绿色晶体的代欧奇希斯复活了！
此时空中，裂空座将保护罩打碎了，冲进了拉鲁斯市，开始消灭代欧奇希斯的分身，分身全都被裂空座消灭后，代欧奇希斯的本体被裂空座抓住，重重地摔在了地上。