碇真嗣现在的问题就是父母的不和的问题，他们的目标相差太远了，碇唯惦记的不是自己的幸福，而是全人类的机会。而碇源堂就想着自己，连儿子都顾不上。
由《人类补完计划》衍生出来的三大派系，一seele为引导的补完派，二以碇唯为核心的选择改良派，三碇源堂的篡夺派。当然后来还有以葛城美里为核心的反对派，她想要阻止补完计划，维持现状。
一个计划就能衍生出四个不同的选择，可以说是君子和小人的大决战了。君子和小人并不在才华、天赋、知识、手段等方面有差距，只是在立场上有差距。
所以站在各自的立场上来看自己都是君子，对方才是小人。
当两个完全相反的立场出现，可能是一个对，也可能两个都错。因为不能两个全对，所以只能不断厮杀。
剧场版最后葛城美里一方对碇源堂一方的战斗，就是计划篡夺派对反对派的对决。seele代表的计划原教义派一早就被碇源堂给踢出了计划，早早就被消灭了，也是呜呼哀哉。
而碇唯所代表的选择改良派是静观其变，反正待在初号机里就能保护最后的选择。就算真的发生了补完，只要初号机驾驶员还活奔乱跳就还能重新开始。
所以人类的争斗真的是不可避免，一件事情就能冒出四个立场，甚至一家人都能站在对立面。每次遇到这种事情，杜兰都会很高兴，是深怕他们不能互相伤害。一家人因为吸引而走到一起，又因为立场而对立，人的多样性莫过于此。
不过对碇真嗣而言，这肯定不是什么幸福的事情，父母因为各自立场对立，自己作为儿子就很尴尬了。只能说有这样的父母，碇真嗣应该早点成长和接受。可惜他身边全是谜语人，一个个都不愿意好好说话，更不会让他知道自己父母的目标。
杜兰也不去管碇源堂现在还想要故技重施，反正该说的他都说了，碇源堂既然还想继续这么做，那么杜兰能做的也只能不断提升碇真嗣还有碇唯的实力。
能力越大，责任越大，碇唯的责任越大，她肯定会越来越远离碇源堂的，她不会停下来，会不断向前。碇源堂如果追不上，那也只能望尘莫及。
碇源堂从姓氏来看就知道他是入赘的，因为一般来说岛国夫妻结婚，妻子要随丈夫的姓氏。但现在却反过来了，丈夫随妻子姓，只有在妻子地位远高于丈夫的时候才会如此。入赘，就说明了碇源堂没什么自主性，是依附碇唯的，所以他只能去追碇唯，但他的老婆那么优秀，总是先他一步。
有杜兰的帮助，初号机里的碇唯实力不断提升，有一种得道飞升的感觉。
“你对碇唯做了什么？”碇源堂本来还想悄悄地和碇唯见面，却发现碇唯的灵魂好像消失了一样，不是从初号机里消失了，好像是从宇宙里消失了，他感觉不到了。以前不管他和碇唯相隔多远，他都能感受到妻子在等他重逢，但现在这种感觉没有了。
“宇宙不仅仅有眼前的神经元，还有诗和远方。”杜兰说道：“我提升了碇唯的力量，她现在已经可以离开初号机到处神游了，她要探索广袤的宇宙。怎么了，你的表情好像很不高兴？难道你觉得碇唯就应该留在你的身边做个花瓶么？你怎么敢随意定义一位女性的职业？”杜兰打起女拳也是毫无章法。
碇源堂知道杜兰就是故意拆散他和碇唯，这个家伙不怀好意。可是他能说什么呢？杜兰这个家伙根本不讲道理，根本不能理解人的悲欢离合。
“你肯定在想我是个没有同理心的人，一点也不理解你们夫妻之间的感情。”杜兰笑了起来说道：“这句话也适用在你身上，你也是个没有同理心的人，你心里只想着自己，却没想过这个世界还有很多相爱的人会因为‘人类补完计划’而结束。”
“他们会在黑之月中永远幸福。”碇源堂表示自己可没拆散别人，大家都能在黑之月里继续过日子。
“没有什么幸福是可以永远的，如果黑之月就是永远的幸福，那么它为什么又会诞生出使徒？再说了，你以为的幸福不代表别人也幸福，你代表不了所有人。”
碇源堂却说道：“为什么不能代表？不回归黑之月，这个社会充满了心之壁，到处都是不信任，不信任催生猜疑链，猜疑链催生厮杀，这个社会的每一个人都好似带枪的杀手，随时会对身边的人痛下杀手。父亲信不过儿子，哥哥信不过弟弟，更不要说陌生人之间更是毫无信任。”“在社会中要建立信任需要制定契约，要制定契约需要一个大家都接受的分配关系，而要大家都支持的分配关系，又要大家互相信任。人类就是处于一个死循环中，根本无药可救，只有回归黑之月，人类的心之壁才会消失，大家才能互相信任。”
这是一点也没错的，seele也是因为苦于人类的弊病才会选择融合，并且获得了大量知识分子支持，seele的成功就说明知识分子也是这么认为的，认为人类自己解决不了内部矛盾。
“人类确实有弊病，有矛盾。但你们也是把黑之月想得太美好了，首先黑之月并不完美，也就代表了黑之月也有内生矛盾。既然有矛盾就会产生你现在这样的情绪，你现在这种情绪就是逃避，不敢面对现实，你老婆已经不要你了，你也没养好儿子，你是个失败的人。进入了黑之月也并不能代表你就一定成功，碇唯依旧会以更高的方向为目标，而你永远只能做碇唯的追随者。说到底还是你对碇唯的依附关系产生了现在的问题。作为追随者，你却希望碇唯停下来等你，你说你这是不是自私？”
碇源堂瞪着杜兰，很不服气。没有杜兰的话，碇唯也不会撒丫子跑那么远，现在自己连的车尾灯都看不见了。没有杜兰的话，碇唯就困在初号机里，碇真嗣完全可以追上去，但现在是真的追不上了。他就是喜欢碇唯这种仰望未来的性格，但这也是碇唯离开家庭的原因。
矛盾的内生性，矛盾的对立统一，就是这么无情，碇源堂知道杜兰只是顺从碇唯的心意，反而自己现在是要逆着碇唯的心意。这个杜兰就好像是邪恶的第三者，专门破坏他们夫妻感情。
碇源堂是真的怒发冲冠，但理智告诉他生气没用，于是他沉沉地说道：“你到底想要我怎么样？到底怎么样才能让我和碇唯重逢？”
杜兰心想自己的态度不是很明显么？就是要碇源堂突破局限，接受真爱不分种族，到时候他自然就会幸福。