前情提要：富士博士为了寻找让自己夭折的女儿小爱复活的方法，与火箭队的合作，在新岛上研究克隆技术。他复制了关都的最初的伙伴，接着又 用梦幻的睫毛化石制造出了超梦。他还尝试制造出具有小爱意识的生命体，他们与幼年的超梦成为了朋友。但实验最终失败，除了超梦外的克隆体都消失了，超梦险些失控。富士博士使用镇定剂使其陷入沉睡，超梦也因此失去了这些记忆。
多年后，超梦再次苏醒，对自我产生了疑问，暴走并摧毁了新岛的实验室。坂木试图利用超梦的力量，但最后也无法束缚它，超梦从此销声匿迹。
立志成为宝可梦大师的小智一行人依然进行着旅途。一日，当小智与宝可梦训练家的战斗结束之后，他们收到一封由快龙送来的神秘招待券。招待券中自称最强宝可梦训练家的神秘主人邀请小智一行人参加宴会，好奇的小智他们毫不考虑地朝向新岛的宝可梦城出发。
当一行人到达老海岸码头时，受超梦的影响，天气不佳，前往新岛的船只暂停行驶。港口经理波佳为了不让宝可梦和他们遭到任何的意外，坚决不让众人出航，女警君莎也赞同波佳的看法。 但为了参加这场难求的宴会，众多宝可梦训练家选择搭乘宝可梦渡海。正当小智烦恼无法前往新岛之际，港口出现了一艘小船，船家答应让小智他们渡海。可谁知船家原来是火箭队三人组！好巧不巧地，小船被大浪打翻，众人落入海中，小智和小霞赶紧叫出杰尼龟和宝石海星让众人抓紧，终于游到新岛。
在到达新岛之后，一名很像宝可梦中心护士乔伊（实际上确实为乔伊，被超梦绑架并操控）的女子带领小智一行人前往宝可梦城。而当领路的女子介绍最强的宝可梦训练家出场时，没想到出现在众人面前的竟然是超梦。其他训练家一个接一个被打败，他们的宝可梦也全部被克隆，然后克隆体与本体再次进行战斗。
后因梦幻的到来，更激怒了超梦，两者在赛场大打出手。为了阻止超梦和梦幻的战斗，小智被攻击并被石化，宝可梦们的泪水最终唤醒了小智。而被小智的行为感动的超梦与梦幻带着复制宝可梦离开了新岛，同时消去了所有在场人员和宝可梦的记忆，并把它们送回老海岸码头。
回想着关于前世的一些记忆，翔太站在一栋高楼上，看着在老海岸码头人头涌动。
这些训练家彼此相互吹捧，但实际上内心的都相互不服输，这或许就是他们为什么会参加这种来路不明挑战的原因。
就在人们还在等待的时候，快龙从云层中飞了出来，随后朝天空大喊一声。
训练家们似乎听到了某种信号，他们纷纷踏上已经租好的船，朝着信上标记好的目的地赶去。
“喂，叫我回来干嘛？”
玛夏多轻松的躺在躺椅上，手上拿着果汁，还有爆米花，正悠闲的晒着太阳。
翔太感觉这个家伙好像已经从伊布的阴影中走了出来，想了片刻，翔太开口说道：“我叫你回来的原因，是因为不想让你面对一级神的恐惧，或者说，我并不想让你死在那里。”
看着翔太有些严肃的眼神，玛夏多从躺椅上坐了起来，想了片刻之后，他小声的开口说道：“谢谢。”
“没什么，我只是提醒你不要这么松懈，时常待在我身边的你，大概率也能从我的梦话中猜出一些事情。”
翔太转过身，直面玛夏多继续开口说道：“希望你不会沉沦在那种轻松惬意的氛围当中，因为，我们时常处于危险当中，稍有不慎，便会轻松送命，而且你的生命，早就已经不属于你了。”
听了翔太的话，玛夏多呆愣了一下，最后将手上的饮料丢弃在地上，化作黑影消失在了原地，估计又是吸附哪个影子去模仿训练了。
翔太看着头顶上缓缓飘过的白云，再看一下他前面那已经开始出现黑云以及闪电的乌云群。
“看样子，第1波的筛选已经开始了。”
……
在暴风雨当中，火箭队三人组坐在一个木筏上，与其说是坐，不如说是趴在，应该说紧紧抓着木筏，雨水打在他们的身上，汹涌的海浪卷起他们，但是他们就是像打不死的小强一样，在一波海浪过后，依旧稳稳地吸附在木筏之上。
“武藏！我就说了不要拿经费去寻找那个已经半死不活的小子，现在好了吧，喵。”
“喵喵你也不要说武藏了，现在的当务之急是找到一块能够靠岸的礁石，我感觉我们的木筏已经快要散架了。”
“小次郎说的对，还是先找到一块礁石，对于之后的经费，我会尽可能减少用于寻人的。”
“那小子估计已经被关进监狱，或者说已经…”
就当喵喵还要再说下去的时候，一个海浪将他们冲飞了起来…
……
另一边，一名头戴粉色护士帽的乔伊小姐来到了小智一行人以及其他幸存下来的训练家面前，开始按照原剧情带领他们来到了超梦的面前。
不可避免的，他们的精灵都被超梦复制了一遍，随后便是本体与复制体的一番打斗。
而在另一边，翔太正驾驶着游艇向着新岛的方向奔驰而来。
而在他的头上，还趴着一只像粉色猫的精灵，这只精灵正是梦幻。
“人类，前些年，你似乎偷了我很多果子，这一次就当算是你给我的一些报酬了，再开快一点，我可不希望那个新诞生的孩子给其他孩子带来很严重的影响。”
翔太感觉挺无奈的，原本在海上行驶的他突然感到有一股强大的超能力锁定的自己。不过好在梦幻对他并没有什么敌意，或者说，梦幻的本身作为大多数宝可梦的始祖本身就是慈爱，但却又是调皮的。
但是令翔太疑惑不解的是，他好像并没有偷过梦幻的果子，或许是他忘了，毕竟经历的事情那么多。
正当翔太想着的时候，游艇已经稳稳的停靠在了一块礁石的旁边。