日军一准备撤退，林远部队的进攻阻力就小了不少，他们随即向肖英武进行了报告，肖英武听说日军撤退，立刻找来众参谋，说道：“不少日军放弃了阵地，我看日军是要进行战略撤退。”
一个参谋说道：“可是日本的国土本来就狭小，缺乏战略纵深，濑户内海又被我们控制，他们会向什么地方撤退呢？”
肖英武用手往地图上的大分县一指，说道：“这里应该就是日军想要去的地方。”
众参谋纷纷点头，说道：“大分县四面环山，适合防御，不过这里的山并不高，不足以成为抵抗我军的堡垒。”
肖英武说道：“就算是这样我们也不能让他们顺利进入大分县，命令南部四个师，向东侧运动，阻截日军的撤退部队，同时命令左翼第２、３、３３师加快迂回包抄速度，拦住日军部队。”
命令一下，各部队立刻按照命令向日军攻去，最先发起进攻的是福冈右线的第５师和第８师，在所有参战部队中，这两支部队始终打的都是防御战，以凶猛的火力杀伤敌军，所以战斗力保存得比较完整，于是反攻就由他们首先发起。
而福冈东线的四支日军师团却一直在打进攻战，损耗比较大，而且也没有部署防御阵地，在撤退的时候没能组织起有力的防御，后卫部队根本没能挡住林远部队，林远部队直接咬住了大部队，乃木希典只好命令大部队回头防御，可就在这段时间里，林远部队的第２师等部队迅速击溃了日军的左翼，向日军的后方包抄过来。
原来日军左翼部队的指挥官没有部署好撤退计划，导致后卫部队兵力不足，部署又分散，很快就被林远部队分割包围，彻底吃掉，乃木希典听到这个消息，一边痛骂第１０１师团的指挥官一边命令部队加紧撤退。
可是日军的速度终究比不上林远部队，原因很简单：林远部队使用汽车进行机动，而日军却是用两条腿机动，相差悬殊，虽然日军也装备了卡车，可是日军已经没有油料了，而且日军的卡车技术源于中国，中国在出售技术的时候，换用了发动机的相关部件，导致出口卡车的每公里油耗比林远部队自用型号高０．０３升，虽然数字很小，可是卡车的装备数量庞大，行驶里程数更大，所以日军的油料负担要比林远部队重得多。
日军被四面包围在十几个城市和村镇之中，上午十一点，林远指示参战部队：“采用‘乱刃分尸’战术，迅速瓦解日军。”“乱刃分尸”战术是林远部队在成功包抄敌军之后进行歼灭的经典战术，这个战术充分发扬林远部队武器装备精良，单兵作战素质强的优点，把部队分成小型作战组，在敌军阵型中大胆迂回穿插，扰乱、歼灭敌军，曾经的俄军和清军都曾经当过这个战术的“刀下鬼”。
就在林远部队各部使用“乱刃分尸”战术之时，第２４师、第４８师、第４９师挥师北上，加入战场，日军节节败退，下午四点，日军在村镇外围搭建起来的临时防线全部崩溃，日军被迫转入城区与林远部队巷战，此时乃木希典的指挥部里一片混乱，最忙碌的人就是通讯员了，由于日军各部离开原来位置，导致新电话线一时间没有接通，而日军又不敢长时间使用电台，于是有很多部队乃木希典都找不到了。
指挥部成员又一次感到了失败的来临，水木长田对乃木希典说道：“将军，我看我们还是尽快撤回本州岛吧，虽然海面上有林远部队，如果我们乔装改扮，打扮成普通百姓，林远部队是绝对找不到我们的。”
乃木希典黯然说道：“这一场大败，我们大日本帝国损失了八个师团，将近五十万人！这么大的损失，我还有什么面目去见天皇？”
水木长田说道：“将军，现在林远部队的前锋距离我们这里只有不到一公里的路程了，如果我们不尽快撤退，林远部队一定会发现我们的。”
乃木希典刚要说话，突然听见外面传来一阵急促的枪声，一个浑身是土，满脸黑灰的军官急急忙忙冲进指挥部，高声叫道：“将军，不好了，林远部队过来了，已经在和我们警卫大队交火了。”
指挥部里的人听见这话都面露惊慌，乃木希典厉声吼道：“慌什么？林远部队的枪不是还没有顶在我们脑袋上吗？”乃木希典的威严让众人慌乱的心情平静了一下，乃木希典这才说道：“我命令:向东边撤退，靠近第一师团。”
指挥部的众人听见命令急忙收拾东西，外面的林远部队此时根本不知道乃木希典的指挥部就在眼前这几所小房子里面，他们见到这里有大批日军守卫，知道这里可能是某个指挥所，他们想要打进去，可是见到外面的日军部队战斗力极强，一时也吃不动，于是决定：不和这股日军纠缠，继续向日军纵深处穿插，可是迫击炮和炮弹背着太沉了，不如把炮弹扔到那些小房子里面去！
于是指挥官便命令部队摆好迫击炮，对准小房子轰击，一连串炮弹便飞了过去，有一枚炮弹正好落在乃木希典所在的屋子上面，爆炸震塌了屋子的横梁，横梁摔落下来正好砸中乃木希典的头，乃木希典当场昏死过去，水木长田于是带着人把乃木希典带走，一路向海边而去，想要找船出海，回到本州岛。
晚上十点，战斗基本结束，参战日军的八个师团全军覆没，九州岛战役宣告结束，这场战役，日军投入了八个师团，共计五十余万兵力，林远部队先后投入了十三个师，两个旅，共计四十三万人的兵力，双方参战兵力接近一百万，这在人类历史上也是少有的。
由于双方使用了大量高射速武器和现代化运输机械，这场参战规模高达一百万人的战役竟然只用了两天的时间就尘埃落定，这更让人们体会到了现代战争的残酷。