之后的日子里，成吉思汗每天都会召邱处机前来，主要是学习养身之法。邱处机认真的教，成吉思汗认真的跟着他学，并请耶律楚才做好记录，有空的时候翻译成蒙古文字，以便自己可以时时阅读。
成吉思汗对身边的侍卫们说，长春真人讲的养生之道，很合我意。不过这些都是天机，你们可不要把这些道法随意泄露到外面去。
此时已到九月，花剌子模南部地区战事已稳。成吉思汗准备回师撒马尔罕。
九月十五日，成吉思汗命令拖雷率领其所部一万骑兵、一万重兵器车兵、一万后勤步兵，继续驻守申河北岸，自己率领蒙古骑兵主力返回撒马尔罕。邱处机也随驾北上，不时的向成吉思汗讲解道法。
九月三十日，蒙古骑兵主力返回撒马尔罕。成吉思汗入住行宫，邱处机上奏说不习惯住在城内，想回到城北山崖原来阿拉丁摩诃末苏丹的行宫住宿。成吉思汗表示同意。
十月六日，成吉思汗召邱处机觐见。成吉思汗说，五天时间没有见到真人，都觉得十分想念，还是请真人随我左右，寸步不离，如何？
邱处机说，山野之人修行已经有很长时间了，喜欢在安静的地方单独修行。而您的行宫之内，除了忽兰汗妃，还有许多女眷，如果随您一同起居活动，多有不便，也让我精神苦闷。要不这样，贫道还是住在北面山崖，此处离行宫不足二十里，成吉思汗如要召见贫道，半个时辰贫道就可以赶来。
成吉思汗只得同意。
之后邱处机一行一直住在撒马尔罕北面山里原阿拉丁行宫，成吉思汗派人给他们送来大量粮食物资。邱处机每次进城向成吉思汗讲道时，都会看见沿途有很多饿死的百姓。于是邱处机让弟子们把多余的粮食搬上他的马车，遇到饥饿无食的百姓，就把粮食送给他们食用，救活了很多百姓。当地百姓都尊称邱处机为“邱神仙”。
邱处机觉得时机成熟了，就对成吉思汗说，蒙古大军在外征战三年有余，将士们十分辛苦。现在花剌子模已经完全被占领，成吉思汗可能还是要考虑回师蒙古草原的事，不能一直呆在异国他乡吧。
成吉思汗说，其实我早有此意，我也六十有余了，时刻感觉到长生天神的召唤。虽然真人传我养身延命之法，但我在这方面悟性甚低，迟迟不得要领。我怕再这样下去，就不能返回蒙古草原了。
邱处机说，成吉思汗，您被酒色伤身，也不是一日两日的事了。您现在修习龙门丹道的养身之法，也仅一月有余。只要您能摒弃酒色，假以时日，定能增加阳寿。不过这里的气候不适宜您的体质，如果您能返回蒙古草原进行修行，一定能够提升养身效果。
成吉思汗说，是啊！不光如此，我还要回去看看母亲，她老人家临终时，我也没能在她身边尽下孝道。我还要回去看看孛儿帖、合答安，看看华筝别姬、阿剌合别姬，不知道她们怎样了，现在过得好不好……
成吉思汗说到这里，眼泪都流出来了。
这时天空突然响起巨雷。
成吉思汗担忧的问邱处机，真人，冬天打雷，是不是因为我们触怒了长生天神？
邱处机说，我听说蒙古人不在流动的河里洗澡、洗衣服，可能是因为畏惧天威吧，但这并不是奉行天道的做法。三千种罪之中没有比不孝更大的罪过，上天特意用打雷来警醒人们。蒙古将士出征三年有余，都没能孝敬父母，不知道上天是不是用这种方式来警醒我们。
成吉思汗思绪良久，然后斩钉截铁的对耶律楚才说，传我的命令，大军班师，返回蒙古草原！
十月二十六日，成吉思汗正式下诏，蒙古大军主力回师蒙古草原。同时命令哲别和速不台所部人马也通过钦察草原直接返回蒙古草原；术赤率领所部人马镇守玉龙杰赤和花剌子模西部地区，察合台率领所部人马镇守撒马尔罕和花剌子模东部地区；拖雷率领所部人马镇守花剌子模南部地区和申河北岸。
十月二十七日，成吉思汗率领五万蒙古骑兵和一万步兵正式启程，回师蒙古草原。