玉龙杰赤使者进入帅帐后朝三位王爷行了跪拜大礼说，我是玉龙杰赤的警长，也就是负责警戒的官员，我受城内官员委托，特来乞降。
察合台说，你们现在才想起来乞降，晚了！
该警长说，我们抵抗蒙古大军半年有余，确实罪该万死，但是我们城内还有一百多万人口、十多万人马，如果您们不给他们一点活路，他们肯定也会拼死抵抗，就算全部杀死，也会折损不少您们的人马，请三位王爷三思。
察合台冷笑着说，那又怎样？你们那一百多万人口都是老弱病残，我们一个蒙古骑兵可杀你们一百人！
术赤则沉默不语。
窝阔台却朝察合台使了一个眼色，然后说，本来应该把你们斩尽杀绝的，但是按照成吉思汗旨意，玉龙杰赤以后就是我大哥术赤的领地了，我还是要给他留点可以管理的百姓吧。你回去告诉城内百姓，让他们明天早上出来投降吧。
该警长欣喜若狂的离去。
术赤疑惑的看着窝阔台。
窝阔台却朝术赤跪下来说，对不起大哥，弟弟本来也想给你留些城内百姓，但汗命难违，臣弟又打着你的旗号骗降玉龙杰赤城内百姓，请大哥饶恕。
术赤扶起窝阔台说，既然是父汗的命令，我们就坚决执行吧，一切等拿下玉龙杰赤再说。
次日凌晨，窝阔台等人率领蒙古骑兵来到东门口，玉龙杰赤警长命令守军打开城门，迎蒙古军队入城。
来到玉龙杰赤城墙，窝阔台下令把所有守军赶下城去，然后召开军事会议，商议下步军事行动。
窝阔台对术赤说，据哨探来报，玉龙杰赤城内百姓估计还有一百余万，另外还有十余万守军也换上百姓衣服，逃到百姓家中。按照父汗旨意，玉龙杰赤所有军民必须全部杀死！大哥，你有什么意见吗？
术赤说，既然父汗下了这个命令，我没有意见，只能坚决执行。不过城内守军和百姓还有一百多万人，而我们现在仅有五万余人，如果直接屠城，他们肯定会躲在家里，使用菜刀、木棍等进行激烈反抗，这样不知道又要折损多少将士啊。
窝阔台想了想说，我倒是有一个办法，我们可以以清查户口为名，把他们赶到城东一个凹地，再杀死他们。
察合台拍手说，此计甚好，就这么办。
术赤沉默不语。
郭宝玉说，请窝阔台王爷让臣负责警戒，臣不愿意承担屠城的任务。
窝阔台说，父汗曾经说过，郭宝玉不是蒙古人，可以不承担屠城的任务。
郭宝玉说，谢王爷体谅。
会议结束后，窝阔台指挥蒙古骑兵，以清理户口的名义，把玉龙杰赤所有军民，全部赶到城外的一片凹地里。经蒙古骑兵粗略清点，足足有一百万余人。
当花剌子模百姓进入凹地后，三万骑兵开始朝人群放箭，瞬间数以万计的玉龙杰赤百姓被射死。
玉龙杰赤警长冲到最前面，气愤的说，你们这些蒙古人，为什么要失信于我，你们真的是一群残忍的野兽！
玉龙杰赤警长还没有说完，就被蒙古骑兵放箭射死了。
一刻钟后，蒙古骑兵进入凹地，举起马刀向手无寸铁的玉龙杰赤百姓继续屠杀。
屠杀从早上持续到晚上，超过一百万的玉龙杰赤百姓全部被杀光，窝阔台才下令收刀，全军返回城墙上，生火做饭、进行休整。
次日凌晨，窝阔台召集军事会议。窝阔台说，据哨探来报，有十多万守军还躲藏在百姓家中不出来参加户口清查，要作困兽之斗，我们的火箭石块消耗完了，强攻的话，可能造成我军很大伤亡，必须的想一个万全之策才行。
术赤和郭宝玉皆沉默不语。
察合台却说，我有一法，或许可行。
窝阔台说，什么办法？
察合台说，我想起父汗率领我们第三次进攻西夏的情景，我们可以使用水功，定能大获全胜！
窝阔台说，我想的也是此法。
于是窝阔台等人率领蒙古军队来到阿姆河，窝阔台命令攻城步兵掘开阿姆河河提，将河水引入内城。
窝阔台站在河对岸，看见无数的花剌子模守军从废弃的房屋跑出来，很多被淹死，有些识水性的想游往东桥对岸，也被蒙古骑兵放箭射死。
至此，玉龙杰赤被蒙古军队全面占领，城内一百五十万余军民几乎全部被杀。
遵照成吉思汗旨意，术赤作为术赤汗国国王，带着他的直属万人队留在了玉龙杰赤，他自己可能也没有想到，这一留下来就是永远。