扩大战争
1941年2月3日，面对德国在欧洲大陆的胜利，日本政府提出 1941年裕仁一家的合影了《帝国对印度支那、泰国实施纲要》，裕仁的说法是:“我自己的原则是不喜欢乘人之危提出要求，干所谓趁火打劫的事，但面对今日世界的大变动，如果造成宋襄公之仁的后果也不好。”
1941年发动太平洋战争特别是对美开战前夕，他的真实想法是:“日本拥有一支多年培养起来的陆海军精锐部队，如果关键时刻不允许它崛起，那么随着时间的流逝，石油便会渐渐枯竭，舰队便会开不起来，如果人造石油对此可以进行补给，那么日本的产业几乎全部都要毁掉的。那样的话，就要亡国。这样一来，如果被提出无理要求，就要无条件投降。国家就会灭亡。”这说明他是铁了心的准备开战的。但他又顾虑如果战争失败，将会累及皇室，于是让皇族担任的海陆军两总长辞职，换上杉山元和永野修身担任海陆军总长。杉山元保证“百日之内即可告捷”。裕仁却反问道:“中国战事不是还没有解决么?那 1943年召开会议太平洋岂不是比中国更大?”军令部长永野修身从旁辩解，只能像对待重病病人一样，开刀死中求活。裕仁还是顾虑风险太大，不同意组成皇族内阁，他准备万一战争失败才这么干，实际上也是失败后才组织东久迩稔彦皇族内阁收拾残局。他对换上东条英机接任总理表示满意，理由是东条做好了战争准备。东条后来在审判的时候说漏了嘴。东条说据他所知道的，整个日本军队，就没有人敢违抗天皇的意志，连出现这种想法都是荒唐的。人是不可能和神对抗的。天皇哪怕一个微小的暗示，就足以让军部费尽心思猜测圣意如何了。在开战的最后一刻，裕仁吟颂他祖父在日俄开战前下决心的诗:“四海皆兄弟，何缘起风波。”批准了对美开战。对珍珠港的袭击，裕仁也是亲自向海军军令部长永野质询。“海军决定何时出击?”“12月8日。”“那岂不是周一?”“夏威夷时间正好是周日。”“那朕就可安心了。”
在经过了初战重创珍珠港美国海军并侵 1943年视察军队占了东南亚的辉煌胜利后，日军在中途岛惨败的消息震动了裕仁，其曾不安地表示，“目前战局难以乐观，一旦丧失了制空权，就会有被切断、各个击破的危险。我的陆海军，就是败在了对于美军的过于轻视。”
昭和19年(1944年)新设军需省，对于飞机的产量以年产5万架为目标。不过，裕仁对于时局也有了些比较清醒的认识，“陆海军总是缺乏协调，万一出什么意外，必然雪上加霜。5万架谈何容易?恐怕连一万架都很难吧?军部定这种目标真是有问题。”虽说如此，不过并不意味着裕仁可以如同一个“天使”一般对战争不用负责。
西南太平洋溃败后，他不断敦促日军发动反攻以振作士气，结果日军就发动了一号作战以打通大陆交通线。菲律宾决战中，也是他不明实际，听信了海军台湾海空战大捷的假情报，命令参谋濑岛龙三把决战地点从菲律宾改到莱特岛，结果造成空前的惨败。当海军向其报告“神风攻击”的消息后，他立即表示，“非这样不可么?不过这样做很好。”
1945年4月，在冲绳战役期间，冲昏了头的裕仁问海军军令部长及川古志郎，“海军难道没有军舰了吗?”逼得海军赶快搞了个“大和”号自杀冲锋。
战败投降
随着战事的吃紧，裕仁则开始更关心自己的命运，也就是日本天皇制能不能得到保留。
1945年3月18日，裕仁巡视了遭到美军大轰炸后的东京市区，不由感叹其惨象尤胜当年的“关东大地震”。在美军于广岛，长崎投下原子弹后，裕仁终于意识到了败局已定。8月9日下午11点50分，紧急于防空洞召开了御前会议，同意外务大臣的意见:投降。
裕仁和当时的首相铃木贯太郎主张日本投降。由于委员会中的政治和军事成员就是否投降无法达成一致意见，首相要求天皇做出最后的决定。
1945年8月14日早上，最后一次的御前会议上，裕仁特别穿上了陆军元帅服，左胸佩带象征皇室的菊花勋章，无可奈何地同意投降接受波茨坦公告。作为决心停战的理由，天皇在独白录中举出以下两条:第一，如果这样下去，日本民族就会以灭亡而告终，我就不能保护赤子了。第二，在扞卫国体这一点上，木户也与我的意见相同，如果敌人在伊势湾附近登陆，那么伊势、热田两神宫就会立即在敌人的控制下，来不及转移神器，也就没有确保它们的希望了，这样就很难扞卫国体了。所以，当时我想，即使牺牲，也一定要讲和。也就是说，估计守麦克阿瑟和裕仁住三种神器中的伊势神宫的八咫镜和热田神宫草剃剑无望，是决心停战的理由。
其中“无条件投降”暗含一个条件:不废除天皇。他对坚决反对投降的前侍从官、现陆军大臣阿南惟几说，你放心，我有把握保持国体。结果阿南只能去自杀。之后，NhK录制了裕仁的投降公告。整个录音为30分钟，地点是皇宫的进口大厅。裕仁念错多处，直到第三遍才勉强合格。次日，又发生了一幕极端分子抢夺录音的闹剧。但是其所谓的“御音放送”的投降诏书录音还是得以播出。此段广播被称为“玉音放送”。使用大量汉语文言的《终战诏书》使很多日本平民无法具体理解广播的内容。他只字未提投降或日本打输了这场战争，他只是说世界形势发生了巨大的变化，他要求臣民“要忍受难以忍受的现实。”由于首次听到“鹤声”，许多人都放声哭了起来。
战后昭和
战后，包括苏联在内的国家要求废除天皇，但是美国为稳定战后东亚形势，需要建立一个反共产主义的经济强国，如果没有天皇，日本国内秩序将难以协调，因为之前日本长期推行神话天皇、效忠天皇的教育，天皇已经成为多数日本人心中的精神支柱。所以因美国策略上需要，道格拉斯·麦克阿瑟将军和其他官员共同表示，裕仁对第二次世界大战并不负主要责任。这一观点得到了日本人民的极大欢迎。
1946年元旦，裕仁发布《人间宣言》，否定了天皇的神圣地位，承认自己与平民百姓一样也是人，而不是神。美国占领日本后，道格拉斯·麦克阿瑟是实际上掌控日本统治权的人。在他的干预下，1947年通过新的《日本国宪法》，确定天皇为国家的象征，提出最高统治权归人民所有，真正实行立宪民主。但是实际上日本“天皇”对日本政界的影响仍然是巨大的。
为了与宪法的变化一致，战后裕仁把自己打扮为一位尊重民主的君主:与平民会面，允许皇族成员被拍照。他还访问过灾区，视察日本的战后建设(这次旅行可能为盟军领袖所安排，因为当时一直有天皇可能被审判甚至绞死的传言，安排天皇巡视灾区正好可以安抚人心)。皇太子明仁亲王也打破传统，和一位普通女性而不是贵族家庭成员结婚。1971年裕仁访问西欧，1975年访问美国，这是第一次以天皇的身份访问外国。因为是海事类出身，裕仁对水产有许多研究，最后出版了“水母的书”为代表作。
1975年10月31日，裕仁在结束对美国的访问回到日本后，在皇居接受了日本记者俱乐部的采访，这是日本天皇首次正式会见记者。
人物逝世
1987年9月22日，昭和天皇在消化系统问题持续数月之后接受了胰脏手术，其后被诊断出十二指肠癌。次年8月15日，静养中的昭和天皇被日本陆上自卫队的一架直升机从那须御用邸送至日本武道馆，出席1988年全国战没者追悼式，这也是昭和天皇最后一次出席全国战没者追悼式。9月19日，昭和天皇在吹上御所吐血，此后病情持续恶化且需不断输血。皇太子明仁也在此期间摄政。日本社会亦开始“自肃”，停止公共娱乐活动或缩减娱乐活动的规模，甚至有人担心当年的第39届NhK红白歌合战能否举行(但最终仍如期举办)。日本放送协会等媒体亦持续报道天皇病情。截至1988年12月，昭和天皇为当时世界上在位时间最长的君主。
1989年1月7日早6时33分，昭和天皇于吹上御所驾崩，享寿87岁。这一消息于当天早晨7时55分由宫内厅长官藤森昭一宣布，NhK随后于当天早晨7时57分播出黑底白字的“天皇陛下崩御”静态字卡。藤森亦公布了天皇患癌的详情，而宫内厅在公布天皇死讯前，从未向外界透露天皇患癌一事。天皇驾崩后，亦有数人殉死。其中1月7日当天，和歌山县一名87岁男子和茨城县一名76岁的原海军少尉相继自杀。
天皇驾崩当天，日本政府决定1月7日及其后的6天内为各自治地方的哀悼期，2天内为民间哀悼期。内阁呼吁控制公共娱乐活动。NhK部分电视剧因此停播一周，如晨间剧《小纯的加油歌》，电视广告亦在天皇驾崩后大规模停播。类似的临时停播情况亦发生于1995年阪神大地震期间和2011年日本东北地方太平洋近海地震期间。包括1988年度全国高等学校英式橄榄球大会在内的体育活动亦因此中止或延期举行。
驾崩后不久的天皇在1月7日至1月31日的时间段内被称为大行天皇，而“裕仁与美国总统里根昭和天皇”这一谥号于1月31日由海部俊树公布。2月24日，昭和天皇的葬礼(大丧之礼)在新宿御苑举行。包括西班牙国王胡安·卡洛斯一世、瑞典国王卡尔十六世·古斯塔夫、比利时国王博杜安一世、汤加国王陶法阿豪·图普四世、约旦国王侯赛因·本·塔拉勒、文莱苏丹哈桑纳尔·博尔基亚、不丹国王吉格梅·辛格·旺楚克、卢森堡大公让、联合国秘书长佩雷斯·德奎利亚尔、美国总统乔治·赫伯特·沃克·布什、法国总统弗朗索瓦·密特朗、菲律宾总统柯拉蓉·艾奎诺、印尼总统苏哈托、丹麦亨里克亲王、英国菲利普亲王、泰国王储玛哈·哇集拉隆功、中国国家主席***特使外交部长钱其琛等在内的各国代表出席了葬礼。昭和天皇于当天下午被葬在八王子市的武藏野陵，陪葬品达一百余件，其中包括昭和天皇生前采集的贝类标本、生前爱用的显微镜等。