政治
康熙亲政不久后，便宣布停止圈地，放宽垦荒地的免税年限。他还着手整顿吏治，恢复了京察、大计等考核制度。为了防止被臣下蒙蔽欺骗，康熙还亲自出京巡视，了解民情吏治。其中最着名的是六次南巡，此外还有三次东巡、一次西巡，以及数百次巡查京畿和蒙古，此举极大的促进了康熙对民情的了解，他还亲自巡视黄河河道，督察河工，并下令整修永定河河道。
康熙晚年倦勤，导致官吏贪污，吏治败坏。康熙四十九年（1710年），御史参劾户部堂官希福纳等侵贪户部内仓银六十四万余两，牵连的官吏多达112人。康熙说“朕反复思之，终夜不寐，若将伊等审问，获罪之人甚多矣”。最后只把希福纳革职，其余官吏则勒限赔款。
军事
统一台湾，开府设县
初步形成了剿抚并用的方针，即“乱则声讨，治则抚绥”（《清圣祖实录》卷180，康熙36年2月壬寅），“仰凭天道，俯惬人情，以万不得已而用兵”（《御制亲征平定朔漠方略序》）。康熙认为：“帝王治天下自有本原，不专恃险阻”，“守国之道惟在修德安民，民心悦则邦本得，而边境自固，所谓众志成城者是也”（《清圣祖实录》卷151，康熙三十年五月丙午）。为了维护祖国统一，康熙二十二年（1683年），康熙以施琅为福建水师提督，收复了台湾。康熙二十三年（1684年），清政府在台湾设一府（台湾府）三县，即台湾县（今台南）、凤山县（今高雄）、诸罗县（今嘉义），隶福建省，并在台湾设巡道一员，总兵官一员，副将二员，兵八千。在澎湖设副将一员，兵二千。从而加强了中央对台湾的管辖，促进了台湾经济文化的发展。
平定三藩
所谓“三藩”，是指镇守云南的平西王吴三桂，镇守福建的靖南王耿精忠和镇守广东的平南王尚可喜之子尚之信。自清初以来，他们各霸一方，形成几股割据势力。“三藩”都拥有大量武装。特别是吴三桂，“功最高，兵最强”，积极储将帅，习武备，使“四方精兵猛将，多归其部下”。他们仗着自己日益壮大的力量，飞扬跋扈，不听约束，给清廷以很大威胁。而且所耗军费巨大。写真1673年三月，以尚可喜请求归老辽东，但请求留其子之信继续镇守广东为引线，引发了是否撤藩的激烈争论。最后康熙帝认为“藩镇久握重兵，势成尾大，非国家利”，决定下令“撤藩”。
十一月，吴三桂在云南发动叛乱，提出反清复明，并于次年派将率军进攻湖南，攻陷常德、长沙、岳州、澧州、衡州等地。他又派人四出散布檄文，声讨清朝。广西将军孙延龄、四川巡抚罗森等许多地方大员纷纷反清。接着，福建耿精忠亦反。在短短数月之内，滇、黔、湘、桂、闽、川六省收复，一时间清帝国危在旦夕。随后，陕西提督王辅臣、广东尚之信等也相继反叛，叛乱扩大到广东、江西和陕西、甘肃等省。
1676年（康熙十五年）十月，福建耿精忠在清军进攻下，被迫投降。广东的尚之信也于1677年投降。闽、粤以及江西都先后陷落。1678年八月，吴三桂死，其部将迎立其孙吴世璠继位，退居云贵。此后，清军先后收复湖南、广西和四川。1681年，清军攻破昆明，吴世璠自杀。
平定准噶尔叛乱
清初，西北方居住的蒙古分为漠南蒙古、漠北喀尔喀蒙古和漠西厄鲁特蒙古三大部。漠北喀尔喀蒙古内部又分为扎萨克图、土谢图、车臣等三部漠西厄鲁特蒙古内部又分为准噶尔、和硕特、杜尔伯特、土尔扈特四部。清军入关之前，漠南蒙古就已归附大清，喀尔喀蒙古和厄鲁特蒙古各部，也与清政府关系密切。
噶尔丹起兵被粉碎以后，喀尔喀蒙古各部又回到了原来的居住地。在清政府的帮助下，噶尔丹暂时退兵。
玄烨设置将军和参赞大臣率兵驻守科布多和乌苏雅台等重镇，加强了对喀尔喀蒙古各部的管理和统治。
雅克萨自卫反击战
明末清初，沙俄在亚欧大陆上不断向东扩张，并于17世纪中期侵入了东北亚外东北地区。沙皇多次遣使来清，要求建立外交和通商关系，但[因俄国侵占清帝国领土等问题而遭到清政府拒绝]。此外，由于清初帝国内部尚未安定，所以直到17世纪80年代中期，康熙才对黑龙江地区的俄国据点雅克萨采取了有力的军事行动，扞卫了东北边疆一百五十多年的和平稳定。
管理西藏
在西藏问题上，康熙除了承继顺治帝尊敬并册封达赖政策外，还派兵于1718年至1720年（康熙五十七年至康熙五十九年）间入藏，击败了占据西藏北部的准噶尔汗国军队。此后，清朝分兵驻藏，并任命康济鼐和颇罗鼐二人协助达赖班禅分理前后藏事务。
经济
康熙认为“家给人足，而后世济”，在继续采取轻徭薄赋，与民生息的政策的同时，又采取了一系列措施，体现了他仁爱的一面。
其一，是废止“圈田令”，即废止贵族圈近京州县田地的特权，将土地让与百姓耕种；康熙在诏书上说：“自后圈占民间房地，永行停止，其今年所已圈者，悉令给还民间。”
其二，延长垦荒的免税时间。清初规定垦荒三年内免税，以后改为六年；康熙十二年重申新垦荒田十年后征税。这一政策刺激了农民垦荒的积极性，使耕地面积迅速增加。
其三，实行更名地政策。对于农民耕种的原先属于明朝宗室的土地，康熙下诏农民可以不必支付田价，照常耕种。对于已交过“易价银两”的，可以从来年的常税中冲洗。
其四，蠲免钱粮。康熙提出“藏富于民”的思想，在陕、云、贵、川、粤等省全国二十多个省区蠲免钱粮丁银、通赋，其中重大蠲免计32次。并从康熙五十一年（1711年）开始，在全国范围内普免天下钱粮。下令“凡遇蠲免之年，免业主七分佃，户三分。”使佃农也能得到好处。在康熙皇帝在位的61年间，清政府蠲免钱粮共计545次，免除天下钱粮计银1.5亿两。
其五，地丁合一。康熙对按丁征收丁税的方法进行改革。改革的经过分为两步：第一步是康熙五十一年（1712年）清廷决定，以康熙五十年（1711年）的丁税额数作为定额，以后新增人丁，不收丁税。这就叫做“盛世滋生人丁，永不加赋”。这样丁税额数便固定下来了；第二步是实行地丁合一。这种办法先在康熙末年开始行之于广东、四川等省，到雍正元年（1723年）以后，又相继在各省普遍推行起来。
其六，修治黄河，淮河和永定河。清朝初年，黄河多次泛滥成灾，在河南、安徽一带经常决口，后来竟改道与淮河合流，从今天的苏北地区入海，既影响了漕运，又使许多良田成了沙洲，严重的威胁着国库的收入和人民的生活。对此，康熙帝表示十分关切。他曾把“三藩、河务、漕运”作为其时三件大事，并亲自书写成条幅，悬挂于宫中大柱上。他选派靳辅为河道总督，又对治河专家陈湟，委以重任。经过十年（1677年—1687年）的辛苦经营，终于使黄河、淮河各归故道。永定河原名浑河，又称“小黄河”，在流经北京附近时，常常淤塞成灾。康熙三十七年（1698年），清政府招募了十几万民夫，在芦沟桥附近的良乡到东安，开掘了一条200里长的新河道，使原来的斥卤之地，成为膏腴良田。康熙曾亲自视察，并将浑河改名为“永定河”赋予永远安定之义。
其七，废除匠籍制度。清朝初年，凡手工业工匠，均另有匠籍，要按政府规定服劳役，或者交纳班匠银代役。康熙三十九年（1700年），康熙下令将班匠银并入田赋中征收，从而使工匠们摆脱了人身的控制，有利于促进手工业发展。
文化
康熙强调兴礼教。他在康熙十八年下诏说：“盛治之世，余一余三。盖仓廪足而礼教兴，水旱乃可无虞。比闻小民不知积蓄，一逢歉岁，率致流移。夫兴俭化民，食时用礼，惟良有司是赖。”康熙自幼就对儒家学说充满浓厚兴趣，认为“殊觉义理无穷，乐此不倦”。康熙十六年（1677年）十二月，他在御制《日讲四书解义序》中，明确宣布清廷要将治统与道统合一，以儒家学说为治国之本。
他曾多次举办博学鸿儒科，创建了南书房制度，并亲临曲阜拜谒孔庙。康熙还组织编辑与出版了《康熙字典》《古今图书集成》《历象考成》《数理精蕴》《康熙永年历法》《康熙皇舆全览图》等图书、历法和地图。
康熙对西方文化也十分感兴趣，向来华传教士学习代数、几何、天文、医学等方面的知识，并颇有着述。康熙对基督教也很有好感，后来康熙逐渐发现罗马教廷试图过多的干预清朝政治，并且皇子信仰基督后以此作为争权夺利的工具，遂开始有所抵制天主教。也有人指出康熙对科学的所谓兴趣，一方面是用来炫耀，另一方面则也是当玩具供他个人取乐消遣的意思。而不是用于实际需要。
亦有学者指出，有才华的传教士被皇帝欣赏和重用，西方先进的科学技术也被推崇和应用。而在民间，民人与西方传教士能够互相交游，西学在社会中得以自由传播，亦指出分别由康乾敕辑的丛书－《古今图书集成》和《四库全书》亦收录了传入中国的西方科学技术。
康熙除了学习西方科技之外还会应用实践，其最突出的成就，就是在发现原来的地图绘制方法相对落后之后，用科学方法和西方仪器绘制全国地图。康熙亦会利用巡行和出兵之便，实地测量，吸取经验。在康熙四十六年（1707年）委任耶稣会士雷孝思、白晋、社德美及中国学者何国楝、明安图等人走遍各省，运用当时最先进的经纬图法、三角测量法、梯形投影技术等在全国大规模实地测量，并于康熙五十七年（1718年）绘制成《康熙皇舆全览图》，其作被称为在当时世界地理学的最高成就，英国李约瑟亦称之为不但是亚洲当时所有的地图中最好的一幅，而且比当时的所有欧洲地图都要好、更精确。
康熙还以巡视之便访求民间的有才之士，例如将在数学方面有很大成就的梅毂成调进宫中培养深造。梅毂成亦通过学习西方数学知识，重新令在明朝被废弃的中国古代数学受到重视。
康熙对于宗教基本上是宽容的，不仅仅是满洲的藏传佛教信仰，他也大致接受基督宗教传教士讲道，还褒封道教白云观方丈王常月，并依于门下。
康熙时文字狱则相对有所减轻，比较着名的有《南山集》案。戴名世仅仅因为赞同方孝标给南明正名的观点，结果就被斩首，家人好友等也被牵连为奴。还有朱方旦案、王锡侯案，以及亲政前鳌拜等顾命大臣发起的《明史》案。