后妃
孝端文皇后，博尔济吉特·哲哲（所有博尔济吉特氏都是蒙古科尔沁部人）。正宫皇后。生三女，下嫁额哲、奇塔特、巴雅思祜朗。
孝庄文皇后，博尔济吉特·布木布泰。永福宫庄妃。生一子，顺治帝。三女，三女分别下嫁弼尔塔哈尔、色布腾、铿吉尔格。
敏惠恭和元妃，博尔济吉特·哈日珠拉。关睢宫宸妃。生一子，二岁而殇。
懿靖大贵妃，博尔济吉特·娜木钟。麟趾宫贵妃。生一子，博穆博果尔。一女，下嫁噶尔玛索诺木。
康惠淑妃，博尔济吉特·巴特玛璪。衍庆宫淑妃。改嫁给皇太极
元妃（1593―1612），钮祜禄氏。弘毅公额亦都的女儿，皇太极元配夫人，首任大福晋。生一子，洛博会，幼殇。明万历四十年卒，年二十。
继妃，乌拉纳喇氏。生二子，豪格、洛格。一女，下嫁旺第。
侧妃，叶赫那拉氏。生一子，硕塞。
侧妃，扎鲁特博尔济吉特氏，戴青贝勒女。生两女，一女固伦公主下嫁夸扎，一女下嫁哈尚。天聪九年十月初七日，扎鲁特博尔济吉特氏被皇太极给了叶赫部的南褚[10]。
庶妃，纳喇氏。生一子，高塞。二女，下嫁辉塞、拉哈。
庶妃，奇垒氏。察哈尔部人。生一女，第十四女建宁公主，下嫁吴应熊。
庶妃，颜扎氏。生一子，叶布舒。
庶妃，伊尔根觉罗氏。生一子，常舒。
庶妃，生一子，韬塞。
庶妃，生一女，下嫁班第。
折叠子女
皇太极生有11子14女。
子
豪格，长子，肃武亲王。
洛格，次子，活至十一岁死亡。
洛博会，三子，活至七岁死亡。
叶布舒，四子，辅国公。
硕塞，五子，承泽裕亲王。
高塞，六子，镇国悫厚公。
常舒，七子，辅国公品级。
八子，早殇。（1637年8月27日—1638年3月13日），崇德二年七月初八日生，生母为敏惠恭和元妃博尔济吉特氏（蒙古族人）。崇德三年正月廿八日殇，年二岁，未封，未命名。他们母子最受清太宗皇太极宠爱。
福临，九子，清世祖，顺治帝。
韬塞，十子，辅国公。
博穆博果尔，十一子，襄昭亲王。
女
长女：敖汉固伦公主，母继妃乌喇那拉氏，嫁蒙古敖汉部郡王班第。
次女：固伦温庄长公主，名马喀塔，母孝端文皇后，先嫁蒙古察哈尔部林丹汗之子额哲，再嫁额哲弟阿布奈。
三女：固伦靖端长公主，母孝端文皇后，嫁蒙古科尔沁部奇塔特。
四女：固伦雍穆长公主，名雅图，母孝庄文皇后，嫁蒙古科尔沁部弼尔塔哈尔。
五女：固伦淑慧长公主，名阿图，母孝庄文皇后，先嫁正黄满洲旗人索尔哈，再嫁蒙古巴林部色布腾。
六女：固伦公主，母侧妃博尔济吉特氏，嫁满洲旗旗人夸札。
七女：固伦淑哲长公主，母孝庄文皇后，嫁镶黄满洲旗旗人喇玛思。
八女：固伦永安长公主，母孝端文皇后，嫁蒙古科尔沁部巴雅斯护朗。
九女：母侧妃博尔济吉特氏，嫁博尔济吉特氏哈尚。
十女：县君，母庶妃纳喇氏，嫁满洲旗人瓜尔佳氏辉塞。
十一女：固伦端顺长公主，母懿靖大贵妃，嫁博尔济吉特氏噶尔玛索诺木。
十二女：乡君品级，母不明，嫁博尔济吉特氏班第。
十三女：母庶妃纳喇氏，嫁满洲旗人瓜尔佳氏哈拉。
十四女：和硕建宁长公主，母庶妃察哈尔奇垒氏，嫁吴三桂之子吴应熊。
为政举措
对本族
改女真族名为满洲族。
对汉民
他提出“治国之要，莫先安民”，强调满洲、蒙古、汉人之间的关系“譬诸五味，调剂贵得其宜”。他决定：汉人壮丁，分屯别居；汉族降人，编为民户；善待逃人，放宽惩治——“民皆大悦，逃者皆止”。
对汉官
汉官原从属满洲大臣，自己的马不能骑，自己的牲畜不能用，自己的田不能耕；官员病故，妻子要给贝勒家为奴。皇太极优礼汉官，以此作为笼络汉族上层人物的一项重要政策。对归降的汉官给予田地，分配马匹，进行赏赐，委任官职。皇太极重用汉官，范文程是一个例子。“太宗即位，召直左右”，参与军政大计。每逢议事，总问：“范章京知道吗？”遇有奏事不当之处，总是说：“为什么不和范章京商量呢？”大家说：“范章京也这么说。”太宗就认可。有一次范文程在皇宫里进食，看着满桌佳肴美味，想起老父亲，停箸不食。太宗明白他的心思，立即派人把这桌酒席快马送到范文程家里。后来，范文程做到内秘院大学士，这是清朝汉人任相之始。
对汉儒
“士为秀民，士心得，则民心得矣”，谁占有更多的优秀人才，并发挥其才能智慧，谁就能战胜对手。大明有人才却不能用，大顺没有鸿儒俊彦，牛金星不过是个举人，而决定大清能否在这场龙虎斗中取胜的关键也在于能否大量地占有人才。努尔哈赤对明朝生员屠杀过多，对所谓通明者“尽行处死”，其中“隐匿得免者”约有300人，都沦为八旗包衣下的奴仆。皇太极下令对这些为奴的生员进行考试，各家主人，不得阻挠。这是后金科举考《清太宗圣训》试的开端，结果得中者共200人。他们从原来为奴的身份，尽被“拔出”，获得自由，得到奖赏。后又举行汉人生员考试，取中228人，从中录取举人，加以重用。这项举措，反响强烈，“仁声远播”。
族名满洲，建号大清。皇太极做了两件大事，影响千古，史册永存。一件是改族名女真为满洲。天聪九年（1635年）十月十三日，天聪汗皇太极发布改族名为满洲的命令，从此，满洲族（简称满族）的名称正式出现在中华和世界的史册上；另一件是改国号大金为大清。天聪十年（1636年）四月十一日，皇太极在沈阳皇宫大政殿举行即皇帝位的典礼，改国号“大金”为“大清”，改年号“天聪”为“崇德”。因为皇太极有两个年号：一个是天聪，另一个是崇德，所以清朝出现十二帝十三朝的现象。皇太极为什么改国号为“大清”呢？有一个传说：努尔哈赤早年逃难时骑着一匹大青马，慌急赶路，马被累死。努尔哈赤难过地说：“大青啊，大青，将来我得了天下，国号就叫大清！”当然这是一个传说故事，不必深究。皇太极改国号、称皇帝意在表明：自己不仅是满洲的大汗，而且是蒙古人、汉人以及所有人的大汗，是大清国臣民的皇帝。
“南面独坐”，完善体制。随着后金的发展，皇太极改革并完善政权机构。一是，除掉二贝勒阿敏、三贝勒莽古尔泰，又挟制大贝勒代善，废除大汗同三大贝勒并坐制，改为皇太极“南面独坐”，强化君主极权；二是，巩固和完善八旗制度，逐步设立八旗汉军，以管理汉军及其眷属的军、政、民等事宜，并扩编八旗蒙古，加强对蒙古的统辖；三是，创设蒙古衙门（崇德三年改称理藩院），以专门处理民族事务；四是，仿效明制，设立内三院、六部、都察院，形成内三院、六部、都察院和理藩院所谓“三院六部二衙门”的政府架构，基本完善了政府组织的体制和架构。
继位之迷
后金天命十一年（1626）八月二十一日，努尔哈赤毒疽发作而死，皇太极继承汗位。关于皇太极是如何继位的问题，有不同的说法。
据朝鲜史籍《鲁庵文集》记载：“老汗（努尔哈赤）临死曰：洪佗始（皇太极）能成吾志。终无所命而死。”因而皇太极得汗位，是符合努尔哈赤临终之命的。
长期以来，一些明清史专家认为，皇太极汗位是从其幼弟多尔衮手中篡夺来的。清人蒋良骐的《东华录》顺治八年（1651）二月己亥诏内载，多尔衮声称“太宗文皇帝（皇太极）之位原系夺立”，暗示皇太极篡夺汗位。据说，努尔哈赤生前已立多尔衮为嗣子，而皇太极用阴谋狡诈的手段从其幼弟手中夺取了汗位，为去除篡位障碍，还逼迫多尔衮生母大妃纳喇氏死殉。此说受到一些人怀疑，因为努尔哈赤痛恨多尔衮生母不忠，去世前特命她死殉。当时多尔衮才十五岁，既无功业，亦无威望，故不可能立多尔衮为嗣。皇太极即位后，对多尔衮“特加爱重”，大力培养提拔，多尔衮对皇太极的恩育万分感念，尽心尽力辅佐皇太极，勋劳卓着，成为皇太极最得力的助手。总之，皇太极与多尔衮兄弟感情较好，无法想像皇太极对多尔衮干下篡位、杀母的勾当。
有的则认为，皇太极的汗位是通过激烈争斗，力克竞争对手而得到的。努尔哈赤死后，皇太极与诸贝勒争夺汗位的斗争白热化，最后皇太极击败对手自立为汗。其间，皇太极与代善的争斗尤为激烈，代善有勋绩，有声望，也有势力，长期以来一直是汗位的有力竞争者，皇太极抓住一切机会打击代善，如利用代善与大妃纳喇氏的暧昧关系，推波助澜，借助舆论，促使努尔哈赤罢黜大妃，代善威望遭受损害。努尔哈赤死后，又逼大妃死殉，削弱代善的势力，最后压服代善，夺取汗位。
还有学者认为，皇太极汗位并非夺立，而是由诸贝勒推举产生。太祖努尔哈赤生前未立嗣子，而是确立了八和硕贝勒共治国政的制度，为汗者须请贝勒推举产生。当时诸贝勒中，数皇太极实力最强，努尔哈赤死去当天，代善长子劝代善说：“四大贝勒（皇太极）才德冠世，深契先帝圣心，众皆悦服，当速继大位。”代善表示同意。次日，在诸贝勒大臣聚于朝时，代善提议举皇太极为汗，请贝勒“皆喜曰善。议遂定，乃合词请上即位”。《鲁庵文集》所记更富戏剧性：代善表示，按努尔哈赤遗愿，当立皇太极为汗。皇太极推辞，主张代善当立，并“相让走避”。国不可一日无一君，大臣们一会儿去请代善，一会儿去拉皇太极，“号呼奔走于两间者再三，凡三日”，最后还是代善使人“群拥”皇太极即位。这里不见刀光剑影、不择手段的权力争斗，代之以和平友好的互相谦让。这与贯串清朝特别是其前期血腥的最高权力之争，形成强烈反差，令人难以置信。其中虽有言过其实之处，但按当时情况，民主推举皇太极为汗，还是有可能的。因为，当时人们相当崇尚武功，而皇太极的武功远远超过才十几岁的多尔表，与代善比也不相上下；此外，在政治识见、军事才能和个人威望上，皇太极都高出请贝勒一筹，由于君主专制制度尚未发展完善，遇大事须协商办理，因而推举才能卓着的皇太极即位，是不足为怪的。
传国玉玺
据野史记载，天聪九年九月初六，察哈尔林丹汗之子额尔克孔果尔率众归附皇太极，并献上历代传国玉玺。为此，皇太极特率众贝勒迎至盛京城外南冈，设香案拜天受之。这块传国玉玺出自汉代，后数传至元代，至元顺帝被明洪武帝所败，弃都城，曾携玉玺逃至沙漠，后死于应昌府，玉玺遂遗失。据传说二百年后，有牧羊人在一处山冈下放羊，见一头山羊三日不啮草，而不断用蹄子刨一个地方，牧羊人很奇怪，就在那块地方挖起来，发现了汉代的这块传国玉玺。后被元后裔博硕克图汗所宝藏，察哈尔林丹汗打败了博硕克图汗，传国玉玺再易其主。这块传国玉玺以璠玙为质，雕交龙纽，上有汉篆“制诰之宝”四字，并非是卞和得于荆山下的和氏璧。史上赫赫有名的和氏璧，由楚文王得到后，流传于战国时期的赵国，秦昭王曾允以15城换取此无价之宝，赵国使臣蔺相如凭借大智大勇，终于使之完璧归赵。秦始皇统一全国后，命良工将和氏璧琢为玉玺，秦相李斯书大篆“受命于天，即寿永昌”由玉工孙寿雕刻于玺上，其形如鱼龙凤鸟。西汉末年王莽篡位，逼窦太后交出传国玉玺，窦太后怒骂而用玉玺掷之，使和氏璧一角残破，遂用金镶之，由此便有金镶玉一说。东汉末年，群雄争霸，孙坚袁术曹操先后曾拥有此传国玉玺，后归为西晋，再流传于北方十六国至隋唐，公元936年后唐废帝李从珂带玉玺登玄武楼自焚，传国玉玺至此失踪，其后世典籍再无记载。
去世原因
关于皇太极之死，历史上有很多争议。有关清代官书上记载“无疾而终”：崇德八年（公元1643年）农历八月九日，已勤于政务一天的清太宗晚上亥时（21点至23点），在清宁宫南炕突然死亡。但据史料记载，崇德五年，皇太极“圣躬违和”，崇德五年农历七月到鞍山温泉疗养。崇德六年松山大战前夕，前线告急，皇太极原定于崇德六年农历八月十一日亲征，却因鼻衄推迟三天。崇德七年，因“圣躬违和”，在大清门外大赦人犯；崇德八年又“圣躬违和”，不但正月初一免了庆贺礼，而且再次大赦，并向各寺庙祷告，施白金。皇太极一生勤于政事，事必躬亲，导致积劳成疾，加之宸妃之死，悲痛不已，使潜伏的重病一朝突发，瞬间猝死，遂引起诸多猜疑。