天命六年（1621年），努尔哈赤迁都辽阳，兴建东京城。
天命七年（1622年），努尔哈赤大败辽东经略熊廷弼和辽东巡抚王化贞，夺取明辽西重镇广宁（今辽宁北镇市）。紧接着后金连陷义州、锦州、大凌河等辽西四十余城堡。熊廷弼、王化贞率明军残部与数十万流民往山海关而去。
天命十年（1625年）三月，努尔哈赤迁都沈阳。在统治辽东期间，多次在征战中进行血腥杀戮。
天命十一年（1626年）一月，努尔哈赤发起宁远之战，明朝守将袁崇焕以葡萄牙制的红夷大炮击败之，兵退盛京（沈阳）。同年四月，努尔哈赤又亲率大军，征蒙古喀尔喀，“进略西拉木轮，获其牲畜”。五月，明将毛文龙进攻鞍山，努尔哈赤回师盛京。五月二十一日，努尔哈赤出城迎接前来沈阳的科尔沁部奥巴贝勒。
天命十一年（1626年）七月中旬，努尔哈赤身患毒疽，七月二十三日前往清河汤泉疗养，八月初，病势转危，遂决定乘船顺太子河返回沈阳，八月十一日，乘船顺太子河而下，病死于叆（ài）福陵隆恩门鸡堡（今沈阳市于洪区翟家乡大挨金堡村），终年六十八岁。努尔哈赤葬于沈阳福陵（今沈阳东陵），庙号“太祖”。
政治
努尔哈赤制定了厚待功臣的重要国策。在用人问题上，努尔哈赤强调了六项原则：一是必须任用贤人。二为不论亲疏门第，公正举人，“勿论根基，见其心术正大者而荐之。莫拘血缘，见有才者即举为大臣”。三系不拘一格，用其所长，“有临阵英勇者，用以治军。有益于国政之忠良者，用以辅理国政”。四乃举贤贬奸，因“善良公正之人不举不升，则贤者何由而进。不肖者不贬不杀，则不肖者何由而惩”。五是奖惩分明，功必赏，过必罚，“有善行者，虽系仇敌，亦不计较，而以有功升之。有罪者，虽亲不贯，必杀之”。六为赏赐效劳官将，视其所需，赐与马、牛、阿哈、食谷、衣服、财帛和妻室。
对于早年来投、率军征战、尽忠效劳的“开国元勋”，如费英东、额亦都、何和里、扈尔汉、安费扬古等“五大臣”及杨古利、冷格里等人，给予特别礼遇和优待，赐给大量人畜财帛，任为高官，封授爵职，联姻婚娶，荣辱与共。当这些功臣出了差错时，他着重指出“贫时得铁，犹胜于金”，常以其功而从轻处治。努尔哈赤招徕了许多有才之人，他们献计献策，多次进入大明掠夺使女真部逐渐“民殷国富”，为建立和壮大后金国，奠定了牢固的基础。
军事才能
努尔哈赤戎马生涯长达44年，史称他“用兵如神”，是一位优秀的军事统帅，在军事谋略上，在指挥艺术上，集中兵力、各个击破、围城攻坚、里应外合、铁骑驰突、速战速决，体现了高超的智慧。他在萨尔浒之战中，采取“恁（nèn）尔几路来，我只一路去”，就是“集中兵力，各个击破”的兵略，成为中国军事史上集中兵力、以少胜多的经典战例。他在军队组织、军队训练、军事指挥、军事艺术等方面的作为，都可圈可点。特别是他在作战指挥艺术上，对许多军事原则，如重视侦察、临机善断努尔哈赤御用剑、诱敌深入、据险设伏、巧用疑兵、驱骑驰突、集中兵力、各个击破、一鼓作气、速战速决、用计行间、里应外合等，都能熟练运用并予以发挥。
同时，努尔哈赤注重兵器的革新，努尔哈赤在与明朝交战中，多次遭遇明军活力阻击，深知火器的厉害，知道欲破城垒“非炮不克”。除用缴获的大批枪炮弹药武装军队外，还命令归顺的汉军官兵“准备”一定数量的火炮，以加强攻坚力量，并演练出新的战法，据徐光启《略陈台铳事宜并申愚见疏》记载，努尔哈赤攻城时，先用大型火铳在百步外专打城墙，然后再乘机用云梯等攻城器械进行攻击而野战时，总会部署大大小小各种火器为先锋，阵型整齐的冲过来，没有必中的把握就不发射。
创建八旗
女真民俗壮者皆兵，素无其他徭役，平时多以渔猎为生。每次作战或行猎，女真人依家族城寨出师，以十人以一人为牛录额真总领其余九人负责各方动向。努尔哈赤起兵正是利用女真人这种传统的狩猎组织形式，牛录额真也成为建州治下的官名之一，起初总分为环刀、铁锤、串赤（铁丳皮牌）、能射四军，成为后来创建旗制的基础。
随着努尔哈赤兵马越来越多，万历二十九年（1601年），努尔哈赤在吞并乌拉以后对属下人马进行一次整编，以三百人为一牛录，设置一牛录额真（后称佐领）管理，并以黄、白、红、蓝四色为四旗。万历四十三年（1615年）十一月，努尔哈赤乌拉后，规模更为扩大，于是以五牛录为一甲喇，设一甲喇额真（后称参领）；五甲喇为一固山（旗），设一固山额真（后称都统），以梅勒额真（后称副都统）二人副之；固山额真之上则由努尔哈赤之子侄分别担任旗主贝勒，共议国政。旗的数目又在原有四旗基础上再增镶黄、镶白、镶红、镶蓝四旗为八旗，分长甲、短甲、巴雅喇三兵种，分别是清朝时期前锋、骁骑和护军营的前身。此后随着势力的进一步扩张，接下来的几代统治者对旗制又有所改进，但八个旗这一数目未再有任何变动。
除了军事外，八旗制度还兼有行政、生产、司法、宗族诸职能。努尔哈赤创制八旗使来自不同地区、凝聚力涣散的女真部民整合为一组织纪律性很强的社会整体，增强了军队战斗力的同时也成为了努尔哈赤成就霸业的一把利刃。
战略方针
在军事与外务上，努尔哈赤制定了具体的方针、政策和策略。采取了“恩威并行，顺者以德服，逆者以兵临”，即以抚为主，以剿相辅的方针。其具体内容有三：
一为抗拒者杀，俘获者为奴。因纳殷部七村诸申降后复叛，据城死守，“得后皆杀之”。额赫库伦部女真拒不降服，努尔哈赤遣兵攻克，斩杀守兵，“获俘一万”，灭其国，“地成废墟”。
二是降者编户，分别编在各个牛录内，不贬为奴，不夺其财物。原是部长、寨主、贝勒、台吉，大都封授官职，编其旧属人员为牛录，归其辖领。
三为来归者奖。对于主动远道来归之人，努尔哈赤特别从厚奖赐。当他听说东海虎尔哈部纳喀达部长率领一百户女真来投时，专遣二百人往迎，到后，“设大宴”，厚赐财物，“为首之八大臣，每人各赐役使阿哈十对、乘马十匹、耕牛十头”，以及大量皮裘、貂帽、衣、布、釜盆等物。
努尔哈赤还采取了正确的用兵策略，一般是由近及远，先弱后强，逐步扩大。他积极争取与蒙古联盟，尽力避免过早地遭到明朝的打击，直到万历四十六年（1618年）以七大恨发动叛乱以前，没有受到明军的征剿，这极大地有利于统一女真事业的顺利进行。充分发挥了军事指挥才干。他长于用计，重视保密，多谋善断，议即定，定即行，出兵犹如暴风骤雨，迅不可挡，经常以少胜多，变被动为主动。
蒙古族
努尔哈赤兴起后，对蒙古采取了既不同于中原汉族皇帝、也不同于金代女真皇帝的做法。他用编旗、联姻、会盟、封赏、围猎、赈济、朝觐（jin）、重教等政策，加强对蒙古上层人物及部民的联系与辖治。后漠南蒙古编入八旗，成为其军政的重要支柱；喀尔喀蒙古实行旗盟制；厄鲁特蒙古实行外扎萨克制。后康熙帝说：“昔秦兴土石之工，修筑长城。我朝施恩于喀尔喀，使之防备朔方，较长城更为坚固。”清朝对蒙古的抚民固边政策，其经始者就是努尔哈赤。
汉族
努尔哈赤开始占据辽东的时候，对汉人实行“拒敌者杀之，不与敌者勿妄杀”的政策，他优待“尼勘”，给予了归降的汉人以民的地位，从他们享有的权利和应尽的义务看，其身分接近于后金国人，亦即牛录属员。考虑到这些汉民与满洲的文化传统迥异，努尔哈赤也没把他们编入八旗。而对即对据城不降、不服从命令的汉人则实施镇压、屠杀。
努尔哈赤曾直言不讳地对俘获的汉人说：即使杀了你们，夺取的财物能有多少呢？那只是暂时的，有限的。如果收养，你们的手可以出任何东西。用出的东西做生意，生产的好果实、好东西，那是永久的利益。
努尔哈赤晚年对汉族政策的急转直下，进占辽沈地区后，获得大片土地。他实行屯田制，颁布“计丁授田令”，属民平时自耕自产，战时为兵。与此同时，后金进入辽沈，战胜后抢掠财产、多次毁城，辽民被杀者数以万计；被俘的汉人则按照以往，强迫剃发易服，且多被编入女真人家为仆役、或编入农庄为农奴，许多汉人不堪奴役，起而反抗导致了天命晚期后金社会的不稳定。