军制改革同样是第二次党代会的重要内容。军队的重要性无需多说，与会代表中，有三分之一的人是军队现役高级干部，有三分之二的人有过军队工作经验。
复兴军现有的编制结构、兵种设置，基本是在五年前第一次党代会上确定的。随着形势的转变、对手的转变、作战任务的转变，新一轮军制改革迫在眉睫。
二次西征时，吴捷指示左七军军长、湖南军政委员会冯桂芳在湖南展开试点，兴建野战部队、守备部队、民兵三级武装体系。
半年来，试点工作初见成效。执委会军事部根据湖南方面的试点成果，按照吴捷的指示精神，形成了新一轮军制改革草案。
军制改革至关重要，是共和党日后问鼎天下、对抗列强的前提。作为军队的实际缔造者，吴捷亲自主导新一轮军制改革，广泛征求意见，确定了新一轮军制改革方案，其要点有：
第一，复兴军改称革命军，分设陆军、海军两大军种。
革命军的作战任务是统一华夏，抵御外敌入侵，维护国防安全。
革命军为共和党治下唯一合法武装，脱胎于太平军。太平军已经不能胜任领导革命的重任，也无力实现“有田同耕、有饭同食、有衣同穿、有钱同使”的理想。
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华夏境内的太平军残军，必须服从革命军的领导，接受革命军的改编。
不仅如此，革命军以外的所有武装，包括太平军、捻军、民团、天地会武装等武装力量皆为非法，必须在规定时间内接受改编，或直接解散。
第二，军政、军令分离。
革命军实行政令分离，从制度上保证革命军的高度集中统一，防止部队尾大不掉。
（一）军政。
撤销执委会军事部编制，在原军事部的基础上，成立军事委员会，作为革命军的最高领导机关、军政机关。
作为革命军的最高领导机关，军事委员会有权调动、指挥任何一支武装力量。
军事委员会与执行委员会平行，不相隶属，同为共和党军政委员会下属常设机关。
军事委员会是革命军最高领导机关，下辖办公厅、作战处、监察处、战略规划处、情报处、管理处、训练处、动员处等部门。
其职权有：任免、赏罚师级以上军官、规划长期国防建设；推动大项国防工程；编制年度国防预算；制订战略计划；战时转为统帅部，制订作战方略……
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吴捷本人兼任军事委员会主任，委员有陆军司令冯桂芳、海军司令史潘西。
（二）军令。
成立陆军司令部、海军司令部，分别作为陆军、海军的军令机关。
陆军司令部驻江苏南京市，首任司令为原左七军军长冯桂芳。冯桂芳不再兼任湖南军政委员会主任之职，留下的空缺由共和党粮食部长张欣填补。
海军司令部驻上海，首任司令为原右二军军长史潘西。
陆军司令部、海军司令部主要负责指挥打仗、管理、训练，具有任命团以下军官的权限。
通俗地讲，海军司令部、陆军司令部只管与训练打仗有关的事，其他诸如国防预算分配、确定作战战略、国防工程建设等事务，都由军事委员会统筹安排。
第三，不惜代价兴建海军。
废除右二军水师称号，改称革命军海军。海军基本继承原右二军水师，但右二军编制较为粗疏，仅有一师、二师、三师等编制，不能体现海军特有的专业性、特殊性，必须进行一番大刀阔斧的改革。
革命军海军下辖东海舰队、长江舰队、海军陆战队三大部队，首任司令员为原右二军军长史潘西。
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（一）东海舰队。
东海舰队顾名思义，是一支外海舰队，防区覆盖整个东海，主要任务是保卫海疆，以外国列强为假想敌。
东海舰队首任司令员为史潘西，副司令员为原右二军一师师长朱俞鸣。海军司令员兼任东海舰队司令，从中不难看出东海舰队的重要性。
东海舰队主要继承右二军第一师的人员装备，司令部驻上海，在浙江宁波、上海金山建有大型海军基地。
目前，东海舰队现有装备以小型铁甲炮艇为主、只能在近海航行。
近期，两艘500吨级铁甲舰在姑塘相继下水，将成为东海舰队的主力战舰，有望脱离海岸线，进入外洋作战。
中兴公司以炼钢技术作交换，从米国造船厂拿到了大型蒸汽战舰的设计图纸。尽管中兴公司给出的炼钢技术、米国造船厂交换的战舰设计图纸都不是最先进的，这依然有助于双方的互利共赢。
姑塘造船厂在上海收购了一家美国造船厂，将在上海兴建战舰。有了厂房、船坞、图纸，东海舰队有望得到大大吨位战舰。
（二）长江舰队。
长江舰队司令部驻江西九江，在江苏南京、安徽安庆、湖北武昌、湖南岳州等地分驻部队。
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首任司令员为原右二军参谋长肖扬，其主要任务是围剿境内水寇，支持陆军日后进取四川、陕西、河南、广东等地。
关于是否保留长江舰队，执委会曾有过一番争论。有人认为，共和党已经尽占长江中下游，没必要再保留长江舰队，可以把节省下来的经费留给东海舰队。
吴捷力排众议，力主保留长江舰队。南中国水网密布，从湖北溯汉江北上可以攻陕西、河南，溯长江西进可以攻四川，从湖南溯湘江南下可以攻广西、广东。届时，一支灵活机动的长江舰队是非常有必要的。
保留长江舰队遂成定议。
长江舰队基本继承右二军第三师的人员、装备。右二军第三师原本任务是水上运输，装备很一般，以汽轮为主，还有很多传统帆船。
长江舰队将从东海舰队接收一批100吨以下的铁甲舰，充作作战船只，再逐渐淘汰传统木制帆船，以小吨位铁甲舰、蒸汽汽轮为主战装备。m.qqxsnew
（三）海军陆战队。
海军陆战队主要执行两栖突击作战任务，可利用海军所属所有战舰船只，快速机动至预定作战地域，单独或支持陆军作战。
海军陆战队首任司令员为原右二军第二师师长杨易峰，人员装备主要继承右二军第二师。右二军第二师主登陆作战，曾屡次深入敌后，出奇制胜，令敌人闻风丧胆。
因为功勋卓着，作用突出，有人建议将海军陆战队从海军中独立出来，单独成立一个军种。
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经过反复论证，吴捷还是否决了这个提议。海军陆战队对海军依赖性强，必须与海军紧密配合，得到海军战舰、运输船的支持，方能发挥出最大作用。
若把海军陆战队独立出来，就得为其增配战船、运输船，这将增大本就紧张的财政负担。以革命军现有的协同能力，把海军陆战队独立出来，不如让她继续隶属于海军。
第三，继续大力建设陆军。
湖南试点经验表明，吴捷分层分类建设陆军的思路是正确的。具体来说，就是要建成野战部队、守备部队、民兵三类武装力量，共同组成陆军。
（一）野战部队。
主要包括五个步兵师、一个炮兵师、一个骑兵师，直属陆军司令部。各地军政委员会均无权调动、指挥野战部队。
第一步兵师驻浙江，二师驻江苏，三师驻安徽，四师驻湖南，五师驻湖北。炮兵师驻江西，骑兵师驻安徽。
野战部队编制员额较多，步兵师编制在两万五千人左右，配有工兵、炮兵、骑兵等兵种部队，可独当一面，单独执行战役级任务。
炮兵师编制一万人，骑兵师编制一万五千人，战时配属给步兵师。
（二）守备部队。
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主要包括近卫师和各省守备师。
近卫师编制两万人，平时驻守国都，战时随统帅部行动。近卫师负责保卫统帅，直属于军事委员会，对军事委员会主任负责。
陆军司令部、军政委员会均无权调动近卫师。
各省编配一个守备师，编制员额一万人，负责守卫地方，一般不出省作战。
守备师受陆军司令部、各省军政委员会双重领导。若两者有冲突，以陆军司令部的意见为主。
（三）民兵。
民兵由不脱产的工人、农民组成。在党政机关、工矿企业，应普遍建立民兵组织。
民兵受陆军司令部、省军政委员会双重领导。若两者有冲突，以军政委员会的意见为主。