天文十四年（1546）年4月8日，甲骏联军和三好-长尾联军在愿教寺展开血战。双方你来我往，几乎将这座古寺打得千疮百孔，却仍然没能分出胜负。另一边，本打算回援的陶隆房在看到愿教寺的战局稳定下来后，也腾出手来，全力猛攻身前的北畠军、北条军。
与此同时，本想绕到随林寺偷袭东寺的织田信长在看到大友军回援以后，果断北上，从东寺和长福寺之间横穿而过，径直向着主战场愿教寺西北的法光寺而去。但织田家这一走，可就把北军的侧翼给卖了，正在长福寺东北抵抗大内军的南军各部的左侧现在处于无人防守的状态。
大友军自然不会放过这样的好机会，稍作休整后，立刻从东寺反身东进，再次杀向了长福寺。北畠晴具本来正在一线指挥作战，一直到大友军冲到寺外了才注意到异动。可寺内留守的少数北畠军根本不是对手，瞬间被大友军突入了长福寺核心。大友军和大内军一北一西，两面共同夹击东山桥和长福寺间的北畠军和北条军。
北畠军瞬间就是阵脚大乱，关键时刻还是北条纲成站出来力挽狂澜。他带着自己的旗本逆着人流西去，冲到长福寺东门口挡住了汹涌而来的大友军，为南军争取了时间。斋藤道三一看局势恶劣到这种地步了，也不好继续坐视不理，赶忙派人过河支援，但还是陷入了颓势。
另一边，天高任鸟飞的织田军则一路北上，当着愿教寺周围四家军队的面，大摇大摆地向着法光寺冲去。
“织田信长怎么在这里？”武田晴信看到织田家的旗号后，惊讶地嘴巴都合不拢了，回头一看，才发现南边的战局已经恶劣到了这种程度。
“又是织田军。”三好长庆眯着眼打量着那面木瓜纹下的青年武士，“不按常理行事者，最需留意。只有3000人而已，他就两般闹出这样的名堂。若是给他人，整个天下不得被他搅反了天？”
“织田三郎到了这里？”今川义元诧异地看了眼织田信长的马印，余光里却看到了本阵发现燃起的狼烟。朝着本阵方向望去，可以看到一面今川家的二引两旗在快速出现在视野可及的范围内——那是留守本阵的太原雪斋派来向自己传令的吗？
随后，那面旗帜不断挥舞——这是让今川军向西南挺近的指示。
“西南——”今川义元于是扭过头去——那是东寺的方向。在大友军离开了东寺后，那里已经几乎是空置的了。
“去通知大膳殿下，准备撤离战场，今川军要去东寺，和他说是雪斋大师的指示。”今川义元于是向早坂奈央吩咐道。虽然眼前的战况极度焦灼，两边几乎都是吊着一口气在奋战，谁也不愿意轻易退缩——但今川义元还是选择毫不犹豫地相信太原雪斋的判断。
“既然是雪斋大师吩咐的……”得到通知的武田晴信尽管遗憾万分，但他也知道以今川义元的性子，此刻肯定会听太原雪斋的话撤退，自己也没有办法单独坚持下去了，“那就照做吧。”
在各自发动一轮佯攻后，今川军和武田军各自退出战场。随后武田军转向列阵，掩护今川军撤离，今川军则飞速向西南挺近，直奔东寺而去。就在大友军完整地夺回东福寺之际，东寺也被今川军拿下了。随后武田军也尾随而来，进驻了随林寺。眼看侧后方受到威胁，大友军也不敢继续进攻，而是开始在东福寺稳固防守，北畠军、北条军和斋藤军终于得到了喘息的机会。
另一面，腾出手的三好军则开始试图寻捕满地图乱窜的织田军。而长尾军则不管不顾，仿佛一个认准武田晴信的痴汉一样，直接追击武田军就往随林寺而来。
而织田信长这次的路线更加飘忽不定了，居然没往二条城和皇宫去，反而在占领法光寺后，直接走小巷往东北的新善光寺绕去，让北上法光寺的三好军扑了个空。紧接着，织田军直接从七条大桥上跑了过去，窜到了鸭川东岸——第一次京都合战时，就是织田军从鸭川东岸窜到鸭川西岸，把战局彻底打乱——这次他们反而是反过来了。
驻扎在七条大桥旁的三十三间堂里的部队是一色军和三村军这两支鱼腩，而三十三间堂因为上一战中的大火，院墙损毁非常严重。以至于一色军和三村军看到神兵天降般出现的织田军时，吓得根本不敢动弹，还以为整个北军的一线部队都瓦解了
而织田信长也没有搭理他们的意思，径直南下，直奔泷尾神社而去。泷尾神社内的山名军和河野军本来正在全力应付朝仓-浅井联军的攻势，丝毫没有注意到背后的不速之客。织田信长直接打破北门，突入神社内，泷尾神社瞬间陷入了极大的混乱之中。
朝仓宗滴见状，立刻指示浅井军让开泷尾神社的东门，而朝仓军则猛攻南门和西门，围三缺一。他只想拿下泷尾神社，不愿意和困兽犹斗的关西军队死拼而付出伤亡，自然乐意放他们离开。军心大乱的山名军和河野军也领了情，二话不说就开门逃窜，投奔智积院的游佐军和波多野军去了，泷尾神社也被南军成功占领。
随着天色渐晚，南北两军也逐渐偃旗息鼓，脱离了接触。南军在一天的攻势内，成功拿下了东寺。随林寺和泷尾神社。然而，由于长福寺的得而复失，目前位于东寺的今川军和随林寺的武田军，却被和鸭川东岸的南军主力分割开来了。
于是，天文十四年（1546）年4月9日起，南军为了打通两部之间的联系，开始集中兵力猛攻作为战略枢纽的长福寺。北军自然也不会轻易放弃这个抓手，将丢失了阵地的山名军和河野军也调到了西岸，由他们和毛利军、大内军、大友军、赤松军、浦上军一起，轮流进入长福寺戍守，抵御南军的攻势。
毛利家是大内家的从属，大友家和河野家是盟友，大内家和大友家也是同盟，而他们和山名军之间又有着共同的敌人尼子家——这几家大名在地缘利益上颇为一致，没有什么矛盾，也不会刻意地出卖友军，配合融洽。反观南军各部，从西边攻来的今川家与武田就爱和从东边攻来的斋藤家和北条家之间却是不对付。此消彼长之下，长福寺也是久攻不下。
而在鸭川东岸，朝仓军、浅井军、织田军、六角军、若狭武田军则在联合攻击三十三间堂、智积院一线的北军。这几家大名之间的利益纠葛同样错综复杂，难以全力以赴。奋战多日，才终于拿下了智积院。可随着游佐军和波多野军退到新日吉神宫，与作为二线预备队的尼子军会和后，东岸的南军就再也难以突破了。养精蓄锐的尼子军以雄厚的兵力发动多轮反击，险些将智积院又夺了回去。
就这样一直拉扯到了天文十四年（1546）年5月1日，战线还是毫无变化。细川晴元终于坐不住了，下令全线停止进攻，东寺和随林寺的今川义元和武田晴信也带着侍从从小路绕回了南军设在光明院一代的新本阵，重新召开评定会议，商讨对策。
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“这样拖延下去，什么时候才是个头？”久攻不下的细川晴元不由得有些烦躁起来，“皇宫和二条城一直落在逆贼手中，也不是办法，诸位爱卿可有良策？”
“一直这样纠结于一寺一社的得失是没有用的，千辛万苦打下一个地方，说不定转瞬又会被抢回去。而且打下一个地方，就要耗上十几天，一地一地磨蹭到二条城去，不得耗个一年？时间拖得越久，北军的防御工事修的越完善，我们越难打。”织田信长当仁不让地率先拍案而起。
“那依织田三郎的意思，是要想办法把局面搅浑？”一段时间的相处以来，朝仓宗滴似乎对织田信长愈发欣赏，“还是像我们在4月初的那一战那样，在多个寺社间快速迂回包抄，打穿北军的防线，从而想办法一口气夺取多个聚点？”
“不大现实吧……”六角定赖皱着眉咳了两声，“那一战能有奇效，是因为长尾家放弃阵地突入了鸭川东岸，这才露出破绽。经此一役，北军必然强调了此事，怕是再难有这样的机会了。各部都严守驻地，哪有什么穿插的机会？”
“我觉得说不定有机会。”向来都不参与军情讨论的今川义元罕见地发了话，却是不怀好意地看了眼武田晴信，“不知道为什么，长尾家的那位大人一见到大膳殿下就会红了眼，不顾一切地也要追杀他。如果让武田军在前线突出部诱敌的话，说不定可以引出长尾军，扰乱他们的战线。”
“治部殿下……”武田晴信感到十分无语地瞥了今川义元一眼，随后开口道：“大家不必在意，请继续讨论吧。织田三郎，到底有何高见，不妨明言？我是觉得眼下没有什么机会突破北军的防御了。”
“我的意思是，直接纵火就好了。”