织田军出风头的后果就是，在三好家数路大军的围追堵截下，差点被包了饺子。最后，还是好心的老丈人斋藤道三来到京都西侧接应，才让织田信长侥幸逃出生天。等到织田军和斋藤军返回设立在伏见稻荷大社的本阵时，夜已经深了。
不过，战后的评定会议却丝毫没有结束的意思。灯火通明的营帐内，各家的武士都在愤怒地控诉着对方出卖友军的行径——即使他们自己也毫不犹豫地出卖过友军。
当然，这样的争吵在织田信长和斋藤道三走入营帐后迎来高潮——毕竟整场合战里，就数他们两个最过分。
“山城守，还有织田三郎，我觉得你们有必要好好解释一下。”筒井顺昭也顾不上佛门礼节和往日修行所养成的气度，看到斋藤道三和织田信长回来后，立刻调转枪口，抢先对他们发难道——毕竟南军各部就只有他筒井家被坑得最惨：
“你们在搞什么？三十三间堂不是被你们打下来了吗？之后呢？你们去了哪里？三十三间堂上明明还插着旗帜，为什么没人驻守？让北军直接越过三十三间堂打到泷尾神社？我筒井家死了多少人，你们怎么交代？”
“恶劣至极。”同样因为织田军和斋藤军的玩忽职守而不得不硬抗北军主力的北畠晴具也站出来大骂道：“可知你们到底是在干什么？纵敌南下！这种行为与通敌何异？管领殿下，请立刻惩处织田家和斋藤家的行径！”
筒井顺昭和北畠晴具开口，营帐内顿时便是群情激奋，但织田信长对此却是不以为然，双手叉腰，理直气壮地大声喊道：
“我想着的就是赢，为我们打赢这场仗，所以我要一路往北打到皇宫去，打到二条城去，北军的阵线上哪里有破绽我就往哪里冲。难道要学你们吗？打下了一座破旧寺社就猫在里面不动了，干坐到天黑。要是都像你们这样，这仗有可能赢吗？这天下还有可能重新太平吗？我打到了二条城，在二条城上插上了织田家的旗帜，插上了我们南军的旗帜，北军宵小为之气夺！全天下都会传颂我织田家的武威！你们呢？干了什么？”
“这没礼貌的小子！”织田信长的话引起了众怒，连和织田家利益比较接近的几家大名也忍不住出言谴责。不过织田信长倒是依然故我，歪着脑袋一副桀骜不驯、谁也不服的样子。
“诸位还请息怒，都是上洛勤王的义士，我又怎么可能行此大逆不道之事呢？其间周折，还请听我慢慢道来。我那小婿年轻气盛，说话冲了些，但也是满心忠义，一门心思想着平定叛贼。他的不是，我替他向诸位赔罪了，还望诸位海涵。”斋藤道三却是不慌不忙，不断压手示意大家平静下来，随后笑意吟吟地开口道：
“我那小婿一马当先地拿下三十三间堂后，发现北军在西岸的防线侧后有空档，立刻就渡河钻了过去。我赶紧率部补上三十三间堂的防线，可却发现他在新善光寺一代中伏，陷入危机。毕竟是守望相助的友军，又是我女儿的夫婿，总不能见死不救吧？可是斋藤军毕竟兵力有限，难免顾此失彼。我害怕最后两头都捞不着好处，便将所有的兵力都渡河西进，而在三十三间堂虚设旌旗，想要骗过北军的部队。只是没想到那大友军如此直横，竟然硬闯了过来，实在是失算！是我的责任，诸位还请息怒！”
“山城守说的倒是好听。若真是这么想的，为何却不将行动告知友军？完全撤出自家阵地，却连一个使者都没派来，什么意思？”筒井顺昭却是不买他的账，几乎要捏碎手里的念珠，咬牙切齿地对斋藤道三道：“筒井家此役死伤的近千信徒，都是拜您所赐啊！我们筒井家和您斋藤家无冤无仇，何必下此毒手？”
“顺昭大师何出此言？我分明是派了使者的。”斋藤道三脸不红心不跳地扯谎道：“只是可能兵荒马乱的，我们斋藤家又实在不认识这京都的街巷，所以没能成功传达信息，就被敌人截杀了。”
“当时三十三间堂以南都是我军控制的，哪里来的敌军截杀？”筒井顺昭根本是一个字都不信，继续开口追责。眼看着局势要不断激化，细川晴元终于忍不住拍了拍手道：
“好了，诸位，大敌当前，不必再做这些亲者痛仇者快之事了。大家初次配合，难免有所生疏。不过，像织田家和斋藤家这样的失职，绝不可再有下一次了。否则修怪我无情，也要予以惩处。念在你们不远千里上洛勤王的忠心，这次就放过你们。至于因为你们两家的过错而蒙受损失的筒井家和北畠家，事后就从给你们的封赏里扣除，补偿给他们。”
“谢管领殿下。”斋藤道三赶忙俯身道谢，同时摁着身旁不情不愿的织田信长也乖乖行礼，筒井顺昭和北畠晴具见状也没有继续纠缠。
“当务之急，还是要想着如何克敌制胜。”细川晴元沉吟了片刻，还是选择把目光投向了一直比较安静的另一侧——太原雪斋、今川义元、武田晴信、朝仓宗滴、六角定赖等人并没有加入争吵，而是始终保持着沉默。
“既然抢攻已经失败，那当下之际也为由按部就班地拿下京都了。”六角定赖率先开口，“我们各自步步为营，一个寺社一个寺社，慢慢地将推进战线，把北军赶出去”
“既然如此，今日又为何要撤兵？”织田信长马上又插嘴道：“本来我都已经拿下二条城了！你们但凡继续进攻，牵扯三好军不能回援，这仗都赢一半了？”
“织田三郎，你的补给够吃几天？”朝仓宗滴抬眼看向织田信长，后者立刻说不出话了。
“我们此役是抢攻，只带了少量兵粮，就是想试试看能不能再长尾家赶到之前，打北军一个出其不意。既然没能成功，那就只能从长计议。先把补给线铺设过来，疏通好粮道后，再向京都深处推进。”武田晴信也为自己的指挥方针辩护道：“十万人级别的对决，不要想着毕其功于一役，除非有一方出现离谱的失误，否则是很难在一天里分出胜负的。做好长久拉锯战的准备吧。”
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天文十四年（1546）年4月7日，京都。
经过后勤调整后，南军将补给线顺利地从槙岛城延伸到了京都南段。以伏见稻荷大社为粮仓，大规模地囤积来自于南北近江和大和国的粮食。也以伏见稻荷大社为本阵，开始发动对京都的攻略。
南军变阵后，北军也改变了战略随林寺-长福寺-泷尾神社-智积院一线，准备充分利用京都的每一寸土地，和南军展开拉锯。在第一次京都合战中消耗较大的大友军、大内军、尼子军、三村军、一色军和毛利军被替换到了二线，这次驻扎到一线的则是上次被部署在后方担任反击预备队的生力军们：随林寺的长尾军、长福寺的赤松军和浦上军、泷尾神社的山名军和河野军、智积院的游佐军和波多野军。
与之相对，南军同样让先前损耗较大的部队留作二线，选择让“静坐”了大半天的部队们率先发起攻势。其中，斋藤军、织田军、北条军经由东山桥进攻长福寺、随林寺；朝仓军、浅井军进攻泷尾神社；六角军、若狭武田军进攻智积院。
可战斗开始的第一天，战况就不容乐观。
与第一次京都合战不同，这一次北军的抵抗意志要更加坚决。之前能轻易占据的泷尾神社和智积院，这次却遭遇了激烈的反抗。朝仓军也是南军劲旅，可耗时大半天，仍然只是夺下了泷尾神社的一半建筑，不过总算是压制住了山名军、河野军。朝仓宗滴本想指示浅井军迂回到侧面进攻，可浅井军的战力实在不敢恭维，迂回行动也被轻易地挫败了。
而在另一边的智积院，面对游佐军和波多野军，六角军和若狭武田军却几乎毫无建树。六角定赖的军略造诣虽然远在游佐长教和波多野晴通之上，可六角军已不再是当年那支能征惯战的劲旅，更别提若狭武田军这种鱼腩。与之相比，游佐军和波多野军近年却一直过着刀头舔血的日子，士气高昂，死守不退之下令六角军和若狭武田军没有办法。猛攻到下午，仍然难以突破智积院的阵地。
但比起西行进攻东山桥的织田军、斋藤军和北条军，鸭川东岸的南军已经算好的了。赤松军和浦上军的战斗力虽然不行，很快就被南军夺下了东山桥的控制权。然而作为先锋的北条军连脚还没站稳，不幸就已经发生了。