地球，纽约，嘉文的研究所。
因为蛇盾局数十次潜入研究所的技术失败，手合会忍者，在纽约海边“制造”了上百具无头尸，如此惨案理所当然的引起了纽约警方和联调局关注，因为那些尸体丢在距离研究所不远的海滩上。
得到嘉文的命令，研究所不允许任何外人进入，就连离职的老员工，兼实验材料和设备供应商托尼·史塔克，都被拒之门外。
对于拿着搜查令上门，试图搜索研究所的纽约警察和FBI探员，负责研究所安保，脑子里只有忠诚，只会执行命令，已经没有多少理智的村上、索达旺两人，直接动手杀死了强闯者。然后他们便引来了驻扎郊外的军队，让战争过去没多久，正在重建和恢复秩序的纽约，又响起了枪声和爆炸声。
有蛇盾局在背后推波助澜。
军队都出动了。
就算手合会忍者都装备了热武器，也经过军事训练，枪法有所提升，但作为手合会指头之一的索达旺，曾经只是一个军火商，最高成就也只是在非洲当小军阀，所以他能提供的武器，无论是威力和数量，都比不过美利坚军队。
而嘉文的克隆体。
因为没有他的分神控制，没有他的平行世界意识控制。
全部都是没有自主能力的躯壳！
“剩下的忍者都在前面这个实验室里，所有人小心，如果可以尽量活捉！”
“小心手雷！”“蓬~！！！”“GoGoGo！”
手雷开路，炸翻两个守在实验室门口的忍者，美利坚大兵立刻发动了最后的冲锋，精锐军方战士已经攻陷研究所，仅存的几名忍者被村上、索达旺带着，躲到了存放克隆体的实验室中。
发生研究所沦陷的情况，史登博士已经被亚历珊德拉从密道带走，村上和索达旺留下除了要销毁实验数据和各种变种基因，还要转移嘉文的克隆体。
没承想。
克隆体未转移完，美利坚大兵就气势汹汹的攻了进来。
研究所外。
知道嘉文的可怕实力，发现那些无头尸体都是蛇盾局的特工，“特工之王”尼克·弗瑞终于察觉到，军队进攻研究所，试图获取研究所内关于嘉文的秘密。因此而来的寡姐通过警方的封锁线，听着激烈的枪声，脸上浮现担忧之色，对身边的鹰眼道：“这趟任务恐怕很危险。”
鹰眼拿出弓：“我们就是干这个的。”
寡姐摇头：“不，我感觉，那个家伙随时可能回来，因为他能瞬间移动。”
鹰眼调试机械弓的动作一顿：“有什么计划？”
寡姐：“你留在这里接应。”
两人是互相信任的搭档，都很了解对方，尽管知道寡姐在担心什么，但作为特工的鹰眼不会感情用事，点了点头就转身去找制高点。
研究所内，村上和索达旺死守实验室，杀死了一波又一波美利坚大兵。
从军队进攻研究所到现在，美利坚士兵已经覆灭三个连队，惨重的伤亡让军方指挥官压力巨大，但指挥战斗的将领依然命令士兵尽量活捉，因为那个将领是九头蛇的人，无论付出多大代表，他们都要得到关于嘉文的秘密。
跟在一队士兵身后，寡姐神不知鬼不觉的潜入研究所中，通过通风管道进到村上、索达旺死守的实验室里。
挡住一波又一波美利坚大兵的猛攻，手合会忍者均已全灭。
只剩下村上和索达旺两个指头。
他们以两人之力，跟三支精锐特种作战小队，正打得不可开交，先前又为了守护研究所，转移克隆体消耗极大，根本没发现寡姐进了实验室。
想从两人背后防冷枪偷袭，寡姐又突然放下枪。因为她看到了被撞向的三个嘉文克隆体。不想这些嘉文的克隆体被军方带走！联系在研究所外待命的蛇盾局特工，让他们从侧面潜入，利用通风管道进实验室，便冲了出去加入战斗，配合正面强攻的军方作战小队发动夹击。
眨眼间，筋疲力尽的村上、索达旺后背中枪，身子一软就昏死过去。
“我是CIA特工！”拿出假证件，寡姐马上向军方的士兵‘表明’身份，然后大声吩咐道：“倒下的人还没有死，你们立刻制服！”
士兵得到的命令就是活捉村上、索达旺。
见两人遭到偷袭倒下，连忙让医疗兵查看情况，确定他们未死，便通知上官，让等候在外的人立刻冲进来。
“等一下，这两个俘虏，我们CIA也要带走一个！
我有重要的事情审问！”
寡姐叫住了试图带走俘虏的士兵。
“不行。”带着医疗组进来的中校道：“CIA也无权接管我们的俘虏！”
“砰！”寡姐抬手打了一枪天花，有些胡搅蛮缠道：“没有我的帮忙，光凭你们这三支无能的作战小队，根本不知道要牺牲多少人，用多长的时间才能拿下他们，我们CIA有资格带走其中一个俘虏。”
“慢着！”FBI联邦调查局的人跑了进来：“我们要一个俘虏！上百人的死亡跟这家研究所有关，我们必须审问其中一个俘虏！”
CIA来要俘虏，至少还帮忙了，FBI什么都没做却想要人？
暴躁的中校怒道：“没门！谁敢抢就开枪！”
“立刻把俘虏的回基地！”进来的军方将领不管寡姐和FBI的人，命令道：“封锁整座研究所！”
FBI高管：“你要阻止我们调查案件？”
军方将领：“等我们审问过俘虏，会把人给你们。”
FBI高管：“那我们要调查研究所。”
军方将领：“等着吧，在我们调查研究所过之后，你们就可以进来了，现在赶紧给我出去！”
除了来不及送进密道的三个克隆体，研究所内全部重要的东西均已被转移，军方接管研究所也注定一无所得，因为三个没有意识的嘉文，都落到了蛇盾局手里，堵在实验室门口的寡姐，也装作要不到俘虏气愤的功成身退。
“他们就是托尼所说的，那家伙的克隆体之一？”
护送三个克隆体上了直升机，而嘉文全程没有出现，鹰眼就驱车来接寡姐。
寡姐：“应该是。”
鹰眼：“你觉得他会不会知道？”
“一定会。”寡姐凝重道：“我们得做好应对大麻烦的准备。”